Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 KHNYN-206ENST00000556842 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 SPAST-203ENST00000615843 5212 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC17.73■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
ATG4BQ9Y4P1 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms