Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 KCNQ2-213ENST00000626839 9213 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 JAG1-201ENST00000254958 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 ZDHHC2-201ENST00000262096 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 ADNP2-201ENST00000262198 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 GLDN-201ENST00000335449 4971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 EPB41L3-207ENST00000545076 3190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 TRA2A-211ENST00000538367 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.1 ms