Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 AL121956.5-201ENST00000625261 221 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 SLC25A46-201ENST00000355943 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 AC004448.5-201ENST00000579897 567 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 KMT5A-202ENST00000402868 3140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 KRCC1-201ENST00000347055 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD4P09016 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms