Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
EXOSC4Q9NPD3 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC22.54■■□□□ 1.2
EXOSC4Q9NPD3 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
EXOSC4Q9NPD3 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
EXOSC4Q9NPD3 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
EXOSC4Q9NPD3 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
EXOSC4Q9NPD3 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
EXOSC4Q9NPD3 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
EXOSC4Q9NPD3 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
EXOSC4Q9NPD3 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
EXOSC4Q9NPD3 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
EXOSC4Q9NPD3 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
EXOSC4Q9NPD3 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
EXOSC4Q9NPD3 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
EXOSC4Q9NPD3 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
EXOSC4Q9NPD3 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
EXOSC4Q9NPD3 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
EXOSC4Q9NPD3 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
EXOSC4Q9NPD3 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
EXOSC4Q9NPD3 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
EXOSC4Q9NPD3 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
EXOSC4Q9NPD3 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
EXOSC4Q9NPD3 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
EXOSC4Q9NPD3 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
EXOSC4Q9NPD3 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
EXOSC4Q9NPD3 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
EXOSC4Q9NPD3 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
EXOSC4Q9NPD3 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
EXOSC4Q9NPD3 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
EXOSC4Q9NPD3 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
EXOSC4Q9NPD3 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
EXOSC4Q9NPD3 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
EXOSC4Q9NPD3 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
EXOSC4Q9NPD3 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
EXOSC4Q9NPD3 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
EXOSC4Q9NPD3 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
EXOSC4Q9NPD3 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
EXOSC4Q9NPD3 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
EXOSC4Q9NPD3 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
EXOSC4Q9NPD3 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
EXOSC4Q9NPD3 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
EXOSC4Q9NPD3 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC22.45■■□□□ 1.18
EXOSC4Q9NPD3 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
EXOSC4Q9NPD3 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
EXOSC4Q9NPD3 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
EXOSC4Q9NPD3 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
EXOSC4Q9NPD3 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
EXOSC4Q9NPD3 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
EXOSC4Q9NPD3 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
EXOSC4Q9NPD3 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
EXOSC4Q9NPD3 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
EXOSC4Q9NPD3 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
EXOSC4Q9NPD3 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
EXOSC4Q9NPD3 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
EXOSC4Q9NPD3 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
EXOSC4Q9NPD3 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
EXOSC4Q9NPD3 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
EXOSC4Q9NPD3 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
EXOSC4Q9NPD3 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
EXOSC4Q9NPD3 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
EXOSC4Q9NPD3 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
EXOSC4Q9NPD3 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
EXOSC4Q9NPD3 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
EXOSC4Q9NPD3 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
EXOSC4Q9NPD3 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
EXOSC4Q9NPD3 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
EXOSC4Q9NPD3 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 80.4 ms