Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

Predictions only

Length 660 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC23.04■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
ZNF540Q8NDQ6 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
ZNF540Q8NDQ6 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
ZNF540Q8NDQ6 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
ZNF540Q8NDQ6 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
ZNF540Q8NDQ6 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
ZNF540Q8NDQ6 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
ZNF540Q8NDQ6 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
ZNF540Q8NDQ6 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
ZNF540Q8NDQ6 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
ZNF540Q8NDQ6 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
ZNF540Q8NDQ6 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
ZNF540Q8NDQ6 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
ZNF540Q8NDQ6 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
ZNF540Q8NDQ6 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
ZNF540Q8NDQ6 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
ZNF540Q8NDQ6 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
ZNF540Q8NDQ6 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
ZNF540Q8NDQ6 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
ZNF540Q8NDQ6 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
ZNF540Q8NDQ6 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
ZNF540Q8NDQ6 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
ZNF540Q8NDQ6 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
ZNF540Q8NDQ6 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
ZNF540Q8NDQ6 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC22.96■■□□□ 1.27
ZNF540Q8NDQ6 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
ZNF540Q8NDQ6 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
ZNF540Q8NDQ6 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC22.89■■□□□ 1.26
ZNF540Q8NDQ6 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
ZNF540Q8NDQ6 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
ZNF540Q8NDQ6 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
ZNF540Q8NDQ6 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
ZNF540Q8NDQ6 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
ZNF540Q8NDQ6 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
ZNF540Q8NDQ6 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
ZNF540Q8NDQ6 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
ZNF540Q8NDQ6 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
ZNF540Q8NDQ6 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.2 ms