Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC19.49■□□□□ 0.71
HOXD3P31249 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
HOXD3P31249 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
HOXD3P31249 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
HOXD3P31249 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
HOXD3P31249 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
HOXD3P31249 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
HOXD3P31249 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
HOXD3P31249 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
HOXD3P31249 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
HOXD3P31249 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
HOXD3P31249 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
HOXD3P31249 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
HOXD3P31249 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
HOXD3P31249 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
HOXD3P31249 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
HOXD3P31249 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
HOXD3P31249 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
HOXD3P31249 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
HOXD3P31249 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC19.46■□□□□ 0.71
HOXD3P31249 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
HOXD3P31249 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
HOXD3P31249 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC19.44■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC19.44■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC19.44■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC19.44■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.44■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC19.43■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC19.43■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC19.42■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.4■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.4■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC19.4■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC19.4■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.7
HOXD3P31249 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC19.39■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC19.37■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXD3P31249 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC19.33■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC19.33■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms