RNA–Protein interactions for RNA: YOL004W

SIN3, Transcript of Component of both the Rpd3S and Rpd3L histone deacetylase complexes, yeast

Gene SIN3, Length 4,611 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SIN3	YOL004W	MTC1	P47018	478 aa	Known RBP	6.65	□□□□□ -1.34
SIN3	YOL004W	RSE1	Q04693	1361 aa	Known RBP	6.51	□□□□□ -1.37
SIN3	YOL004W	MIF2	P35201	549 aa		6.32	□□□□□ -1.4
SIN3	YOL004W	INO80	P53115	1489 aa		6.3	□□□□□ -1.4
SIN3	YOL004W	YFR006W	P43590	535 aa		5.79	□□□□□ -1.48
SIN3	YOL004W	KOG1	P38873	1557 aa		5.74	□□□□□ -1.49
SIN3	YOL004W	ABP1	P15891	592 aa	Known RBP	5.71	□□□□□ -1.5
SIN3	YOL004W	MON2	P48563	1636 aa	Predicted RBP	5.69	□□□□□ -1.5
SIN3	YOL004W	SPA2	P23201	1466 aa	Known RBP	5.67	□□□□□ -1.5
SIN3	YOL004W	DNA2	P38859	1522 aa		5.56	□□□□□ -1.52
SIN3	YOL004W	SWR1	Q05471	1514 aa		5.55	□□□□□ -1.52
SIN3	YOL004W	DRS1	P32892	752 aa	Known RBP	5.52	□□□□□ -1.53
SIN3	YOL004W	PRI1	P10363	409 aa		5.29	□□□□□ -1.56
SIN3	YOL004W	RQC2	Q12532	1038 aa	Known RBP	5.28	□□□□□ -1.56
SIN3	YOL004W	LTE1	P07866	1435 aa		5.22	□□□□□ -1.57
SIN3	YOL004W	YTA7	P40340	1379 aa		5.22	□□□□□ -1.57
SIN3	YOL004W	TCB3	Q03640	1545 aa	Known RBP	5.2	□□□□□ -1.58
SIN3	YOL004W	SGS1	P35187	1447 aa		5.18	□□□□□ -1.58
SIN3	YOL004W	GEA2	P39993	1459 aa	Known RBP	5.14	□□□□□ -1.59
SIN3	YOL004W	MMS1	Q06211	1407 aa		5.12	□□□□□ -1.59
SIN3	YOL004W	RRD1	P40454	393 aa	Known RBP	5.11	□□□□□ -1.59
SIN3	YOL004W	TAF2	P23255	1407 aa		5.11	□□□□□ -1.59
SIN3	YOL004W	DRS2	P39524	1355 aa		5.1	□□□□□ -1.59
SIN3	YOL004W	BFR2	Q06631	534 aa	Known RBP	5.08	□□□□□ -1.6
SIN3	YOL004W	TFA1	P36100	482 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SIN3	YOL004W	REV3	P14284	1504 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SIN3	YOL004W	BUD4	P47136	1447 aa		5.03	□□□□□ -1.6
SIN3	YOL004W	ECM5	Q03214	1411 aa		5.03	□□□□□ -1.6
SIN3	YOL004W	DNF1	P32660	1571 aa		5.01	□□□□□ -1.61
SIN3	YOL004W	URN1	Q06525	465 aa	Known RBP	5.01	□□□□□ -1.61
SIN3	YOL004W	UBP1	P25037	809 aa		5.01	□□□□□ -1.61
SIN3	YOL004W	NSR1	P27476	414 aa	Known RBP RIP-Chip data	5	□□□□□ -1.61	not detected
SIN3	YOL004W	MET5	P47169	1442 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SIN3	YOL004W	BPT1	P14772	1559 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SIN3	YOL004W	MDS3	P53094	1487 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SIN3	YOL004W	THO2	P53552	1597 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.62
SIN3	YOL004W	ENV9	Q08651	330 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SIN3	YOL004W	BNR1	P40450	1375 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SIN3	YOL004W	YMR196W	Q04336	1088 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SIN3	YOL004W	HSL1	P34244	1518 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SIN3	YOL004W	YKR023W	P36119	530 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SIN3	YOL004W	ESC1	Q03661	1658 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SIN3	YOL004W	ITT1	Q04638	464 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SIN3	YOL004W	UGA2	P38067	497 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SIN3	YOL004W	SSA1	P10591	642 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SIN3	YOL004W	SSK2	P53599	1579 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SIN3	YOL004W	YCF1	P39109	1515 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
SIN3	YOL004W	LEU3	P08638	886 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SIN3	YOL004W	YJL181W	P46987	611 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SIN3	YOL004W	TAF7	Q05021	590 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SIN3	YOL004W	SPT6	P23615	1451 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
SIN3	YOL004W	MYO2	P19524	1574 aa	Known RBP	4.77	□□□□□ -1.65
SIN3	YOL004W	EDE1	P34216	1381 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SIN3	YOL004W	GTT3	P39996	337 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SIN3	YOL004W	TRM732	Q03496	1420 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SIN3	YOL004W	GLN1	P32288	370 aa	Known RBP	4.71	□□□□□ -1.65
SIN3	YOL004W	YAH1	Q12184	172 aa	Known RBP	4.71	□□□□□ -1.66
SIN3	YOL004W	SKI3	P17883	1432 aa	Known RBP	4.7	□□□□□ -1.66
SIN3	YOL004W	RTT106	P40161	455 aa		4.69	□□□□□ -1.66
SIN3	YOL004W	YMR074C	Q04773	145 aa		4.69	□□□□□ -1.66
SIN3	YOL004W	RPA190	P10964	1664 aa	Known RBP	4.69	□□□□□ -1.66
SIN3	YOL004W	PEX21	P50091	288 aa		4.68	□□□□□ -1.66
SIN3	YOL004W	ALD2	P47771	506 aa		4.68	□□□□□ -1.66
SIN3	YOL004W	YIL055C	P40523	627 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
SIN3	YOL004W	YOR093C	Q12275	1648 aa		4.66	□□□□□ -1.66
SIN3	YOL004W	IRC20	Q06554	1556 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SIN3	YOL004W	TRM3	Q07527	1436 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SIN3	YOL004W	RRT14	P40470	206 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SIN3	YOL004W	RPS9B	P05755	195 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
SIN3	YOL004W	PEP1	P32319	1579 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SIN3	YOL004W	DUS1	P53759	423 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
SIN3	YOL004W	CDC25	P04821	1589 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SIN3	YOL004W	PRP40	P33203	583 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
SIN3	YOL004W	MAK10	Q02197	733 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SIN3	YOL004W	YPK9	Q12697	1472 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SIN3	YOL004W	SAP155	P43612	1002 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SIN3	YOL004W	SPT7	P35177	1332 aa		4.59	□□□□□ -1.68
SIN3	YOL004W	SAS10	Q12136	610 aa	Predicted RBP	4.58	□□□□□ -1.68
SIN3	YOL004W	RPO31	P04051	1460 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SIN3	YOL004W	EAR1	Q03212	550 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SIN3	YOL004W	MAC1	P35192	417 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SIN3	YOL004W	MET10	P39692	1035 aa		4.57	□□□□□ -1.68
SIN3	YOL004W	NAP1	P25293	417 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
SIN3	YOL004W	YAP3	P38749	330 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SIN3	YOL004W	HIR3	P47171	1648 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SIN3	YOL004W	CHD1	P32657	1468 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SIN3	YOL004W	TY1B-DR4	Q07793	1604 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SIN3	YOL004W	SDH2	P21801	266 aa		4.55	□□□□□ -1.68
SIN3	YOL004W	RKR1	Q04781	1562 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SIN3	YOL004W	ZDS2	P54786	942 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SIN3	YOL004W	VPS15	P22219	1454 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SIN3	YOL004W	ALD3	P54114	506 aa		4.52	□□□□□ -1.69
SIN3	YOL004W	SCC2	Q04002	1493 aa		4.51	□□□□□ -1.69
SIN3	YOL004W	LAM6	Q08001	693 aa		4.51	□□□□□ -1.69
SIN3	YOL004W	TOP2	P06786	1428 aa	Known RBP	4.51	□□□□□ -1.69
SIN3	YOL004W	NUP170	P38181	1502 aa		4.49	□□□□□ -1.69
SIN3	YOL004W	BUD31	P25337	157 aa	Predicted RBP	4.48	□□□□□ -1.69
SIN3	YOL004W	IMH1	Q06704	911 aa	Known RBP	4.48	□□□□□ -1.69
SIN3	YOL004W	TFC8	Q12308	588 aa		4.48	□□□□□ -1.69
SIN3	YOL004W	ENP1	P38333	483 aa	Known RBP	4.48	□□□□□ -1.69

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