RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000620466.4

ALMS1-208, Transcript of ALMS1, centrosome and basal body associated protein, human

TSL 2

Gene ALMS1, Length 6,720 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ALMS1-208	ENST00000620466	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		14.78	□□□□□ -0.04
ALMS1-208	ENST00000620466	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		14.26	□□□□□ -0.13
ALMS1-208	ENST00000620466	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	13.96	□□□□□ -0.17
ALMS1-208	ENST00000620466	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		13.89	□□□□□ -0.19
ALMS1-208	ENST00000620466	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		13.33	□□□□□ -0.28
ALMS1-208	ENST00000620466	PCGF6	Q9BYE7	350 aa		13.22	□□□□□ -0.29
ALMS1-208	ENST00000620466	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	13.09	□□□□□ -0.31
ALMS1-208	ENST00000620466	PELP1	Q8IZL8	1130 aa	Known RBP	12.95	□□□□□ -0.34
ALMS1-208	ENST00000620466	TRIM41	Q8WV44	630 aa		12.93	□□□□□ -0.34
ALMS1-208	ENST00000620466	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	12.91	□□□□□ -0.34
ALMS1-208	ENST00000620466	APLP2	Q06481	763 aa		12.9	□□□□□ -0.35
ALMS1-208	ENST00000620466	ZEB1	P37275	1124 aa	Predicted RBP	12.89	□□□□□ -0.35
ALMS1-208	ENST00000620466	HRC	P23327	699 aa		12.8	□□□□□ -0.36
ALMS1-208	ENST00000620466	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		12.77	□□□□□ -0.36
ALMS1-208	ENST00000620466	CCER1	Q8TC90	406 aa	Predicted RBP	12.77	□□□□□ -0.37
ALMS1-208	ENST00000620466	TRIM26	Q12899	539 aa	Predicted RBP	12.73	□□□□□ -0.37
ALMS1-208	ENST00000620466	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		12.69	□□□□□ -0.38
ALMS1-208	ENST00000620466	CENPB	P07199	599 aa	Predicted RBP	12.68	□□□□□ -0.38
ALMS1-208	ENST00000620466	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	12.66	□□□□□ -0.38
ALMS1-208	ENST00000620466	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	12.66	□□□□□ -0.38
ALMS1-208	ENST00000620466	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	12.62	□□□□□ -0.39
ALMS1-208	ENST00000620466	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	12.55	□□□□□ -0.4
ALMS1-208	ENST00000620466	ERICH6	Q7L0X2	663 aa		12.52	□□□□□ -0.41
ALMS1-208	ENST00000620466	YTHDC1	Q96MU7	727 aa	Known RBP	12.5	□□□□□ -0.41
ALMS1-208	ENST00000620466	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	12.36	□□□□□ -0.43
ALMS1-208	ENST00000620466	HNRNPUL2-BSCL2	H3BQZ7	746 aa	Predicted RBP	12.32	□□□□□ -0.44
ALMS1-208	ENST00000620466	HNRNPUL2	Q1KMD3	747 aa	Known RBP	12.28	□□□□□ -0.44
ALMS1-208	ENST00000620466	ABCC9	O60706	1549 aa		12.24	□□□□□ -0.45
ALMS1-208	ENST00000620466	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		12.23	□□□□□ -0.45
ALMS1-208	ENST00000620466	MYT1	Q01538	1121 aa		12.22	□□□□□ -0.45
ALMS1-208	ENST00000620466	DIEXF	Q68CQ4	756 aa	Known RBP	12.22	□□□□□ -0.45
ALMS1-208	ENST00000620466	NEFL	P07196	543 aa		12.22	□□□□□ -0.45
ALMS1-208	ENST00000620466	ITGAE	P38570	1179 aa		12.2	□□□□□ -0.46
ALMS1-208	ENST00000620466	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		12.18	□□□□□ -0.46
ALMS1-208	ENST00000620466	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		12.18	□□□□□ -0.46
ALMS1-208	ENST00000620466	SCRIB	Q14160	1630 aa		12.15	□□□□□ -0.46
ALMS1-208	ENST00000620466	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		12.15	□□□□□ -0.46
ALMS1-208	ENST00000620466	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	12.07	□□□□□ -0.48
ALMS1-208	ENST00000620466	POLR3GL	Q9BT43	218 aa		12.05	□□□□□ -0.48
ALMS1-208	ENST00000620466	GTF3C3	Q9Y5Q9	886 aa		12.04	□□□□□ -0.48
ALMS1-208	ENST00000620466	ZNF316	A6NFI3	1004 aa	Predicted RBP	11.98	□□□□□ -0.49
ALMS1-208	ENST00000620466	DAXX	Q9UER7	740 aa	Predicted RBP	11.97	□□□□□ -0.49
ALMS1-208	ENST00000620466	ACIN1	Q9UKV3	1341 aa	Known RBP	11.96	□□□□□ -0.5
ALMS1-208	ENST00000620466	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	11.94	□□□□□ -0.5
ALMS1-208	ENST00000620466	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		11.93	□□□□□ -0.5
ALMS1-208	ENST00000620466	SLC4A1AP	Q9BWU0	796 aa	Known RBP	11.93	□□□□□ -0.5
ALMS1-208	ENST00000620466	CNGB1	Q14028	1251 aa	Predicted RBP	11.9	□□□□□ -0.5
ALMS1-208	ENST00000620466	NEUROD1	Q13562	356 aa		11.89	□□□□□ -0.51
ALMS1-208	ENST00000620466	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	11.84	□□□□□ -0.51
ALMS1-208	ENST00000620466	BCAN	Q96GW7	911 aa		11.82	□□□□□ -0.52
ALMS1-208	ENST00000620466	TRIM52	Q96A61	297 aa		11.78	□□□□□ -0.52
ALMS1-208	ENST00000620466	SCAF1	Q9H7N4	1312 aa	Known RBP	11.77	□□□□□ -0.53
ALMS1-208	ENST00000620466	ANP32C	O43423	234 aa		11.76	□□□□□ -0.53
ALMS1-208	ENST00000620466	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		11.73	□□□□□ -0.53
ALMS1-208	ENST00000620466	P3H3	Q8IVL6	736 aa		11.72	□□□□□ -0.53
ALMS1-208	ENST00000620466	CLSPN	Q9HAW4	1339 aa		11.68	□□□□□ -0.54
ALMS1-208	ENST00000620466	CEP162	Q5TB80	1403 aa		11.68	□□□□□ -0.54
ALMS1-208	ENST00000620466	NACAD	O15069	1562 aa		11.66	□□□□□ -0.54
ALMS1-208	ENST00000620466	GOLGA3	Q08378	1498 aa		11.64	□□□□□ -0.55
ALMS1-208	ENST00000620466	CLIP1	P30622	1438 aa		11.64	□□□□□ -0.55
ALMS1-208	ENST00000620466	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
ALMS1-208	ENST00000620466	MIER1	Q8N108	512 aa		11.62	□□□□□ -0.55
ALMS1-208	ENST00000620466	ZNF326	Q5BKZ1	582 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
ALMS1-208	ENST00000620466	EEA1	Q15075	1411 aa		11.61	□□□□□ -0.55
ALMS1-208	ENST00000620466	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		11.58	□□□□□ -0.56
ALMS1-208	ENST00000620466	RTL5	Q5HYW3	569 aa	Predicted RBP	11.58	□□□□□ -0.56
ALMS1-208	ENST00000620466	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		11.57	□□□□□ -0.56
ALMS1-208	ENST00000620466	ARID3C	A6NKF2	412 aa		11.57	□□□□□ -0.56
ALMS1-208	ENST00000620466	FKBP8	Q14318	412 aa		11.57	□□□□□ -0.56
ALMS1-208	ENST00000620466	SLC24A1	O60721	1099 aa		11.56	□□□□□ -0.56
ALMS1-208	ENST00000620466	DDX10	Q13206	875 aa	Known RBP	11.55	□□□□□ -0.56
ALMS1-208	ENST00000620466	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	11.55	□□□□□ -0.56	9e-6	■■■■■ 50.1
ALMS1-208	ENST00000620466	TONSL	Q96HA7	1378 aa		11.55	□□□□□ -0.56
ALMS1-208	ENST00000620466	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	11.54	□□□□□ -0.56
ALMS1-208	ENST00000620466	FBLN2	P98095	1184 aa		11.53	□□□□□ -0.56
ALMS1-208	ENST00000620466	ZBTB47	Q9UFB7	747 aa	Predicted RBP	11.52	□□□□□ -0.57
ALMS1-208	ENST00000620466	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		11.51	□□□□□ -0.57
ALMS1-208	ENST00000620466	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		11.5	□□□□□ -0.57
ALMS1-208	ENST00000620466	SOGA1	O94964	1423 aa		11.47	□□□□□ -0.57
ALMS1-208	ENST00000620466	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	11.47	□□□□□ -0.57
ALMS1-208	ENST00000620466	BCL11A	Q9H165	835 aa		11.46	□□□□□ -0.57
ALMS1-208	ENST00000620466	ABCC8	Q09428	1581 aa		11.46	□□□□□ -0.57
ALMS1-208	ENST00000620466	CANX	P27824	592 aa	Known RBP	11.46	□□□□□ -0.58
ALMS1-208	ENST00000620466	HNRNPU	Q00839	825 aa	Known RBP eCLIP	11.46	□□□□□ -0.58
ALMS1-208	ENST00000620466	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	11.45	□□□□□ -0.58
ALMS1-208	ENST00000620466	WIZ	O95785	1651 aa		11.43	□□□□□ -0.58
ALMS1-208	ENST00000620466	HIRIP3	Q9BW71	556 aa	Predicted RBP	11.42	□□□□□ -0.58
ALMS1-208	ENST00000620466	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		11.42	□□□□□ -0.58
ALMS1-208	ENST00000620466	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		11.41	□□□□□ -0.58
ALMS1-208	ENST00000620466	FAM9B	Q8IZU0	186 aa		11.41	□□□□□ -0.58
ALMS1-208	ENST00000620466	NEFM	P07197	916 aa		11.39	□□□□□ -0.59
ALMS1-208	ENST00000620466	MTUS2	Q5JR59	1369 aa		11.39	□□□□□ -0.59
ALMS1-208	ENST00000620466	ANP32A	P39687	249 aa	Known RBP	11.38	□□□□□ -0.59
ALMS1-208	ENST00000620466	KIF27	Q86VH2	1401 aa		11.37	□□□□□ -0.59
ALMS1-208	ENST00000620466	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	11.34	□□□□□ -0.59
ALMS1-208	ENST00000620466	NPM2	Q86SE8	214 aa	Known RBP	11.34	□□□□□ -0.59
ALMS1-208	ENST00000620466	IRX6	P78412	446 aa	Predicted RBP	11.33	□□□□□ -0.6
ALMS1-208	ENST00000620466	PLPPR3	Q6T4P5	718 aa		11.33	□□□□□ -0.6
ALMS1-208	ENST00000620466	VPS8	Q8N3P4	1428 aa		11.31	□□□□□ -0.6
ALMS1-208	ENST00000620466	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		11.31	□□□□□ -0.6

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