RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000557005.1

SYNE2-223, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 2, human

TSL 2

Gene SYNE2, Length 5,804 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE2-223	ENST00000557005	C20orf27	Q9GZN8	174 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TMEM245	Q9H330	911 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SMURF2	Q9HAU4	748 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ITM2C	Q9NQX7	267 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	FAIM	Q9NVQ4	179 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	IGSF9	Q9P2J2	1179 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CACNG4	Q9UBN1	327 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ZNHIT2	Q9UHR6	403 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	RPS6KA6	Q9UK32	745 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	VPS28	Q9UK41	221 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SPATA2	Q9UM82	520 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CNTN6	Q9UQ52	1028 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005		H3BMQ9	156 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	NRP1	O14786	923 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PLOD3	O60568	738 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CLPX	O76031	633 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	AP2A2	O94973	939 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PGLS	O95336	258 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PRKCG	P05129	697 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	GPI	P06744	558 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	UMPS	P11172	480 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	GPD2	P43304	727 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CENPA	P49450	140 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SRP54	P61011	504 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TUBA4A	P68366	448 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	MXD1	Q05195	221 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	C1D	Q13901	141 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CEACAM7	Q14002	265 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	NPTX1	Q15818	432 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ATP6AP1	Q15904	470 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SYPL2	Q5VXT5	272 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ZNF544	Q6NX49	715 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	DEF8	Q6ZN54	512 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ANKS3	Q6ZW76	656 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	R3HCC1L	Q7Z5L2	792 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ITIH5	Q86UX2	942 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	VPS37A	Q8NEZ2	397 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	GPR156	Q8NFN8	814 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	NACC2	Q96BF6	587 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PAWR	Q96IZ0	340 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	COG8	Q96MW5	612 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SERPINB11	Q96P15	392 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	VPS35	Q96QK1	796 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	MAGEE1	Q9HCI5	957 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TLR8	Q9NR97	1041 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	FBXO5	Q9UKT4	447 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	FAM220BP	B1ANY3	271 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CCRL2	O00421	344 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TULP3	O75386	442 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	B3GAT3	O94766	335 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	HLA-DQB2	P05538	268 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	DDX5	P17844	614 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TYMP	P19971	482 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ITGAL	P20701	1170 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CYP2A7	P20853	494 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	RECQL	P46063	649 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SCNN1G	P51170	649 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	WNT3A	P56704	352 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	MS4A2	Q01362	244 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ENPEP	Q07075	957 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TYSND1	Q2T9J0	566 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ZNF773	Q6PK81	442 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	FAM83A	Q86UY5	434 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	RAB43	Q86YS6	212 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	LZTR1	Q8N653	840 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	OR5K1	Q8NHB7	308 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	GPR21	Q99679	349 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	HEPH	Q9BQS7	1158 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SLC39A8	Q9C0K1	460 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	LHPP	Q9H008	270 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	USP29	Q9HBJ7	922 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	MTPAP	Q9NVV4	582 aa	Known RBP eCLIP	4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SMOX	Q9NWM0	555 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	EMCN	Q9ULC0	261 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CLEC4A	Q9UMR7	237 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	MAPRE3	Q9UPY8	281 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CLCA2	Q9UQC9	943 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	DYRK1B	Q9Y463	629 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TNKS1BP1	Q9C0C2	1729 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ELOVL7	A1L3X0	281 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SIX3	O95343	332 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	OXSR1	O95747	527 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	DHRS4L1	P0CG22	281 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	RAP2A	P10114	183 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	UROS	P10746	265 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CDK4	P11802	303 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	POU2F1	P14859	743 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	BLVRA	P53004	296 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CXCL9	Q07325	125 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	VGLL4	Q14135	290 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	HIST2H2AC	Q16777	129 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CRY2	Q49AN0	593 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	RABL3	Q5HYI8	236 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	HIST2H2AA3	Q6FI13	130 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	MZT2B	Q6NZ67	158 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PLEKHM3	Q6ZWE6	761 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	STRADA	Q7RTN6	431 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ARMC8	Q8IUR7	673 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	STON2	Q8WXE9	905 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ZYG11B	Q9C0D3	744 aa		4.94	□□□□□ -1.62

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