RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000485921.5

ABCF3-216, Transcript of ATP binding cassette subfamily F member 3, human

TSL 2

Gene ABCF3, Length 813 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ABCF3-216	ENST00000485921	COL18A1	P39060	1754 aa		32.23	■■■□□ 2.75
ABCF3-216	ENST00000485921	CNGB1	Q14028	1251 aa	Predicted RBP	32.23	■■■□□ 2.75
ABCF3-216	ENST00000485921	LTN1	O94822	1766 aa		32.22	■■■□□ 2.75
ABCF3-216	ENST00000485921	EVA1C	P58658	441 aa		32.22	■■■□□ 2.75
ABCF3-216	ENST00000485921	STRN4	Q9NRL3	753 aa		32.22	■■■□□ 2.75
ABCF3-216	ENST00000485921	TNKS1BP1	Q9C0C2	1729 aa	Known RBP	32.21	■■■□□ 2.75
ABCF3-216	ENST00000485921	AMPH	P49418	695 aa		32.21	■■■□□ 2.75
ABCF3-216	ENST00000485921	NRAP	Q86VF7	1730 aa		32.2	■■■□□ 2.75
ABCF3-216	ENST00000485921	ATRN	O75882	1429 aa		32.2	■■■□□ 2.75
ABCF3-216	ENST00000485921	IP6K1	Q92551	441 aa		32.2	■■■□□ 2.75
ABCF3-216	ENST00000485921	VPS72	Q15906	364 aa		32.19	■■■□□ 2.74
ABCF3-216	ENST00000485921	ABCC6	O95255	1503 aa		32.19	■■■□□ 2.74
ABCF3-216	ENST00000485921	COL5A2	P05997	1499 aa	Predicted RBP	32.17	■■■□□ 2.74
ABCF3-216	ENST00000485921	HOXC9	P31274	260 aa		32.17	■■■□□ 2.74
ABCF3-216	ENST00000485921	CCDC9	Q9Y3X0	531 aa	Known RBP	32.17	■■■□□ 2.74
ABCF3-216	ENST00000485921	EMILIN1	Q9Y6C2	1016 aa		32.17	■■■□□ 2.74
ABCF3-216	ENST00000485921	POLK	Q9UBT6	870 aa		32.15	■■■□□ 2.74
ABCF3-216	ENST00000485921	RTL1	A6NKG5	1358 aa		32.15	■■■□□ 2.74
ABCF3-216	ENST00000485921	PPM1G	O15355	546 aa	Predicted RBP	32.14	■■■□□ 2.74
ABCF3-216	ENST00000485921	LARP1	Q6PKG0	1096 aa	Known RBP	32.14	■■■□□ 2.74
ABCF3-216	ENST00000485921	GJD4	Q96KN9	370 aa	Predicted RBP	32.14	■■■□□ 2.74
ABCF3-216	ENST00000485921	RXRB	P28702	533 aa		32.13	■■■□□ 2.73
ABCF3-216	ENST00000485921	BLM	P54132	1417 aa	Predicted RBP	32.13	■■■□□ 2.73
ABCF3-216	ENST00000485921	RBM6	P78332	1123 aa	Known RBP	32.13	■■■□□ 2.73
ABCF3-216	ENST00000485921	KIF24	Q5T7B8	1368 aa		32.13	■■■□□ 2.73
ABCF3-216	ENST00000485921	RGPD5	Q99666	1765 aa		32.13	■■■□□ 2.73
ABCF3-216	ENST00000485921	FLT4	P35916	1363 aa		32.11	■■■□□ 2.73
ABCF3-216	ENST00000485921	CSB-PGBD3	P0DP91	1061 aa		32.11	■■■□□ 2.73
ABCF3-216	ENST00000485921	MAP2	P11137	1827 aa	Known RBP	32.11	■■■□□ 2.73
ABCF3-216	ENST00000485921	SPATA31A5	Q5VU36	1347 aa		32.1	■■■□□ 2.73
ABCF3-216	ENST00000485921	SPATA31A7	Q8IWB4	1347 aa		32.1	■■■□□ 2.73
ABCF3-216	ENST00000485921	WDR17	Q8IZU2	1322 aa		32.1	■■■□□ 2.73
ABCF3-216	ENST00000485921	ANKRD24	Q8TF21	1146 aa		32.1	■■■□□ 2.73
ABCF3-216	ENST00000485921	PEAK1	Q9H792	1746 aa		32.09	■■■□□ 2.73
ABCF3-216	ENST00000485921	HSP90AB2P	Q58FF8	381 aa		32.09	■■■□□ 2.73
ABCF3-216	ENST00000485921	ERBB3	P21860	1342 aa		32.08	■■■□□ 2.73
ABCF3-216	ENST00000485921	TOM1L2	Q6ZVM7	507 aa		32.08	■■■□□ 2.73
ABCF3-216	ENST00000485921	LTV1	Q96GA3	475 aa	Predicted RBP	32.08	■■■□□ 2.73
ABCF3-216	ENST00000485921	SPATA31A1	Q5TZJ5	1347 aa		32.06	■■■□□ 2.72
ABCF3-216	ENST00000485921	USP35	Q9P2H5	1018 aa		32.06	■■■□□ 2.72
ABCF3-216	ENST00000485921	CRB1	P82279	1406 aa		32.06	■■■□□ 2.72
ABCF3-216	ENST00000485921	INSR	P06213	1382 aa		32.06	■■■□□ 2.72
ABCF3-216	ENST00000485921	GLI3	P10071	1580 aa		32.04	■■■□□ 2.72
ABCF3-216	ENST00000485921	SMG6	Q86US8	1419 aa	Known RBP	32.04	■■■□□ 2.72
ABCF3-216	ENST00000485921	MTHFS	P49914	203 aa		32.02	■■■□□ 2.72
ABCF3-216	ENST00000485921	NLRP2	Q9NX02	1062 aa		32.02	■■■□□ 2.72
ABCF3-216	ENST00000485921	TCP11L2	Q8N4U5	519 aa		32.01	■■■□□ 2.71
ABCF3-216	ENST00000485921	CARD10	Q9BWT7	1032 aa		32	■■■□□ 2.71
ABCF3-216	ENST00000485921	FAM98C	Q17RN3	349 aa	Known RBP	31.99	■■■□□ 2.71
ABCF3-216	ENST00000485921	PARD3	Q8TEW0	1356 aa		31.98	■■■□□ 2.71
ABCF3-216	ENST00000485921	CDK12	Q9NYV4	1490 aa	Predicted RBP	31.97	■■■□□ 2.71
ABCF3-216	ENST00000485921	PPP2R1A	P30153	589 aa		31.97	■■■□□ 2.71
ABCF3-216	ENST00000485921	THRAP3	Q9Y2W1	955 aa	Known RBP	31.97	■■■□□ 2.71
ABCF3-216	ENST00000485921	ONECUT3	O60422	494 aa	Predicted RBP	31.96	■■■□□ 2.71
ABCF3-216	ENST00000485921	RALBP1	Q15311	655 aa		31.95	■■■□□ 2.71
ABCF3-216	ENST00000485921	BARGIN	Q6ZT62	677 aa		31.95	■■■□□ 2.71
ABCF3-216	ENST00000485921	ILDR2	Q71H61	639 aa		31.95	■■■□□ 2.71
ABCF3-216	ENST00000485921	RGS12	O14924	1447 aa		31.93	■■■□□ 2.7
ABCF3-216	ENST00000485921	EIF4A2	Q14240	407 aa	Known RBP	31.93	■■■□□ 2.7
ABCF3-216	ENST00000485921		A0A0G2JS52	829 aa		31.92	■■■□□ 2.7
ABCF3-216	ENST00000485921	MYT1	Q01538	1121 aa		31.92	■■■□□ 2.7
ABCF3-216	ENST00000485921	NBPF6	Q5VWK0	638 aa		31.92	■■■□□ 2.7
ABCF3-216	ENST00000485921	SEPT12	Q8IYM1	358 aa		31.92	■■■□□ 2.7
ABCF3-216	ENST00000485921	NBPF4	Q96M43	638 aa		31.92	■■■□□ 2.7
ABCF3-216	ENST00000485921	FAM208A	Q9UK61	1670 aa	Known RBP	31.92	■■■□□ 2.7
ABCF3-216	ENST00000485921	RGPD2	P0DJD1	1756 aa		31.87	■■■□□ 2.69
ABCF3-216	ENST00000485921	USHBP1	Q8N6Y0	703 aa		31.87	■■■□□ 2.69
ABCF3-216	ENST00000485921	EYA1	Q99502	592 aa		31.86	■■■□□ 2.69
ABCF3-216	ENST00000485921	CDCA7	Q9BWT1	371 aa	Predicted RBP	31.86	■■■□□ 2.69
ABCF3-216	ENST00000485921	PRKRIP1	Q9H875	184 aa	Predicted RBP	31.86	■■■□□ 2.69
ABCF3-216	ENST00000485921	IL13	P35225	146 aa		31.85	■■■□□ 2.69
ABCF3-216	ENST00000485921	CFAP53	Q96M91	514 aa		31.85	■■■□□ 2.69
ABCF3-216	ENST00000485921	THSD7A	Q9UPZ6	1657 aa		31.84	■■■□□ 2.69
ABCF3-216	ENST00000485921	DIAPH1	O60610	1272 aa	Known RBP	31.83	■■■□□ 2.69
ABCF3-216	ENST00000485921	IL2RB	P14784	551 aa		31.83	■■■□□ 2.69
ABCF3-216	ENST00000485921	DISP2	A7MBM2	1401 aa		31.83	■■■□□ 2.69
ABCF3-216	ENST00000485921	MYBBP1A	Q9BQG0	1328 aa	Known RBP	31.81	■■■□□ 2.68
ABCF3-216	ENST00000485921	COL3A1	P02461	1466 aa	Predicted RBP	31.8	■■■□□ 2.68
ABCF3-216	ENST00000485921	IGSF1	Q8N6C5	1336 aa		31.78	■■■□□ 2.68
ABCF3-216	ENST00000485921	WNK3	Q9BYP7	1800 aa		31.78	■■■□□ 2.68
ABCF3-216	ENST00000485921	NCAPD2	Q15021	1401 aa		31.77	■■■□□ 2.68
ABCF3-216	ENST00000485921	DDB1	Q16531	1140 aa		31.77	■■■□□ 2.68
ABCF3-216	ENST00000485921	KRT27	Q7Z3Y8	459 aa		31.77	■■■□□ 2.68
ABCF3-216	ENST00000485921	ANP32C	O43423	234 aa		31.76	■■■□□ 2.67
ABCF3-216	ENST00000485921	RAPGEF4	Q8WZA2	1011 aa		31.76	■■■□□ 2.67
ABCF3-216	ENST00000485921	PARP4	Q9UKK3	1724 aa	Known RBP	31.75	■■■□□ 2.67
ABCF3-216	ENST00000485921	BRWD3	Q6RI45	1802 aa		31.75	■■■□□ 2.67
ABCF3-216	ENST00000485921	EXOC5	O00471	708 aa		31.74	■■■□□ 2.67
ABCF3-216	ENST00000485921	PDE3B	Q13370	1112 aa		31.74	■■■□□ 2.67
ABCF3-216	ENST00000485921	TAT	P17735	454 aa	Predicted RBP	31.73	■■■□□ 2.67
ABCF3-216	ENST00000485921	MEGF6	O75095	1541 aa		31.73	■■■□□ 2.67
ABCF3-216	ENST00000485921	U2SURP	O15042	1029 aa	Known RBP	31.71	■■■□□ 2.67
ABCF3-216	ENST00000485921	SULT6B1	Q6IMI4	303 aa		31.71	■■■□□ 2.67
ABCF3-216	ENST00000485921	NUDC	Q9Y266	331 aa		31.71	■■■□□ 2.67
ABCF3-216	ENST00000485921	RGPD1	P0DJD0	1748 aa		31.71	■■■□□ 2.67
ABCF3-216	ENST00000485921	LRRC37A3	O60309	1634 aa		31.71	■■■□□ 2.67
ABCF3-216	ENST00000485921	AEBP1	Q8IUX7	1158 aa		31.7	■■■□□ 2.67
ABCF3-216	ENST00000485921	OVOS2	A0A0G2JMS6	1433 aa		31.68	■■■□□ 2.66
ABCF3-216	ENST00000485921	TNS2	Q63HR2	1409 aa		31.68	■■■□□ 2.66
ABCF3-216	ENST00000485921	FAM182B	Q5T319	152 aa		31.67	■■■□□ 2.66

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