RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000491592.1

RTN4-215, Transcript of reticulon 4, human

TSL 2

Gene RTN4, Length 860 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
RTN4-215	ENST00000491592	FAM208A	Q9UK61	1670 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	RGPD1	P0DJD0	1748 aa		4.92	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		4.92	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	SBNO1	A3KN83	1393 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	JCAD	Q9P266	1359 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	TRGV11	A0A075B6L2	103 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592		A0A087WUV0	522 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	CTAGE15	A4D2H0	777 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	MBD3L4	A6NDZ8	208 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	MBD3L3	A6NE82	208 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	AGAP14	A8MT82	685 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	OVOL3	O00110	214 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	DCLK1	O15075	740 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	NMT2	O60551	498 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	ZNF202	O95125	648 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	OLFM2	O95897	454 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	ITGA5	P08648	1049 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	HOXB7	P09629	217 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	ATXN1L	P0C7T5	689 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	CTAGE8	P0CG41	777 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	ITGAL	P20701	1170 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	FGFR2	P21802	821 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	KLRC1	P26715	233 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	GCLC	P48506	637 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	LMAN1	P49257	510 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	AARS	P49588	968 aa	Known RBP eCLIP	4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	NDUFV1	P49821	464 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	NT5C2	P49902	561 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	WNT3	P56703	355 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	LOXL3	P58215	753 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	RPS7	P62081	194 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	SARNP	P82979	210 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	ARF5	P84085	180 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	REL	Q04864	619 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	KHDRBS1	Q07666	443 aa	Known RBP eCLIP	4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	TRDN	Q13061	729 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	RPA4	Q13156	261 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	MPP3	Q13368	585 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	IDI1	Q13907	227 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	CNGA3	Q16281	694 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	BAK1	Q16611	211 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	CD300E	Q496F6	205 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	NAA35	Q5VZE5	725 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	ADAL	Q6DHV7	355 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	SLC2A7	Q6PXP3	512 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	CYP20A1	Q6UW02	462 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	BBS12	Q6ZW61	710 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	CCDC80	Q76M96	950 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	ARMC9	Q7Z3E5	817 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	MRGPRE	Q86SM8	312 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	CTAGE6	Q86UF2	777 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	TMEM200A	Q86VY9	491 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	ARHGEF19	Q8IW93	802 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	CCDC117	Q8IWD4	279 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	SCN4B	Q8IWT1	228 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	CTAGE4	Q8IX94	777 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	EFCAB13	Q8IY85	973 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	DIS3L2	Q8IYB7	885 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	CEP112	Q8N8E3	955 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	FAM71D	Q8N9W8	422 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	FSIP1	Q8NA03	581 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	SUPT20H	Q8NEM7	779 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	CYP2W1	Q8TAV3	490 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	CCDC110	Q8TBZ0	833 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	KCNG4	Q8TDN1	519 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	MRPS27	Q92552	414 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	VPS33A	Q96AX1	596 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	SDCCAG3	Q96C92	435 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	ZNF764	Q96H86	408 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	CARD6	Q9BX69	1037 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	ITPA	Q9BY32	194 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	PARD6B	Q9BYG5	372 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	TAOK3	Q9H2K8	898 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	VCPKMT	Q9H867	229 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	UNKL	Q9H9P5	680 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	TMEM8A	Q9HCN3	771 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	IL1RAPL2	Q9NP60	686 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	MED4	Q9NPJ6	270 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	PPP1R14D	Q9NXH3	145 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	IFNK	Q9P0W0	207 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	COL20A1	Q9P218	1284 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	RAB21	Q9UL25	225 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	RAD54B	Q9Y620	910 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	FAM169A	Q9Y6X4	670 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	ADCY9	O60503	1353 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	RFX7	Q2KHR2	1363 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	MYO5B	Q9ULV0	1848 aa		4.9	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	C3	P01024	1663 aa		4.9	□□□□□ -1.62
RTN4-215	ENST00000491592	AQP12B	A6NM10	295 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	TMEM233	B4DJY2	109 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	PODXL	O00592	558 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	CETN3	O15182	167 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	MAGEB3	O15480	346 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	PROM1	O43490	865 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	SPOP	O43791	374 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	STX10	O60499	249 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	PFKFB2	O60825	505 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	GJB3	O75712	270 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	METTL18	O95568	372 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	GGPS1	O95749	300 aa		4.9	□□□□□ -1.63

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