RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000292535.11

CUX1-201, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene CUX1, Length 13,747 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-201ENST00000292535 SNX6Q9UNH7 406 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 TSC22D2O75157 780 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 CPSF4O95639 269 aaKnown RBP9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 IGKV5-2P06315 115 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 FASTKQ14296 549 aaKnown RBP9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 TMC7Q7Z402 723 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 PLEKHH3Q7Z736 793 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 CAMK1DQ8IU85 385 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 HLA-DQA2P01906 255 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 OR56A5P0C7T3 313 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 RALGDSQ12967 914 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 BIKQ13323 160 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 FRG1Q14331 258 aaKnown RBP9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 SPACA7Q96KW9 195 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 COQ7Q99807 217 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 SHOC2Q9UQ13 582 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 JCADQ9P266 1359 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 CXCR2P25025 360 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 WEE1P30291 646 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 CHRNA5P30532 468 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 DGKKQ5KSL6 1271 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 ERO1BQ86YB8 467 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 NBPF15Q8N660 670 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 CGRRF1Q99675 332 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 ISCA1Q9BUE6 129 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 ING3Q9NXR8 418 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 MROH7Q68CQ1 1323 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 GEMIN5Q8TEQ6 1508 aaKnown RBP eCLIP9.53□□□□□ -0.883e-7■■■□□ 18.3
CUX1-201ENST00000292535 ZBTB14O43829 449 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 RAMP2O60895 175 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 AVILO75366 819 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 RECQL5O94762 991 aaPredicted RBP9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 RASA1P20936 1047 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 PLIN5Q00G26 463 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 MAPK7Q13164 816 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 SLC29A2Q14542 456 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 COLGALT1Q8NBJ5 622 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 CSGALNACT1Q8TDX6 532 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 FAM120BQ96EK7 910 aaKnown RBP9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 SHCBP1LQ9BZQ2 653 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 EXO5Q9H790 373 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 POLR1BQ9H9Y6 1135 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 CHD1O14646 1710 aa9.53□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 SNUPNO95149 360 aaKnown RBP9.52□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 LIN54Q6MZP7 749 aa9.52□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 PAFAH2Q99487 392 aa9.52□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 STARD7Q9NQZ5 370 aa9.52□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 INTS7Q9NVH2 962 aaKnown RBP9.52□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 BARX2Q9UMQ3 279 aaPredicted RBP9.52□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 TNPO3Q9Y5L0 923 aaKnown RBP9.52□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 A0A0A6YYK5 440 aaPredicted RBP9.52□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 RPL3P39023 403 aaKnown RBP9.52□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 PSMD4P55036 377 aaKnown RBP9.52□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 STK4Q13043 487 aa9.52□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 DPY30Q9C005 99 aa9.52□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 KLHL18O94889 574 aa9.52□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 BNC1Q01954 994 aa9.52□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 SLC13A5Q86YT5 568 aaPredicted RBP9.52□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 ACTRT2Q8TDY3 377 aa9.52□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 CYP4F12Q9HCS2 524 aa9.52□□□□□ -0.88
CUX1-201ENST00000292535 RBAK-RBAKDNI3L0D1 243 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 FOXN1O15353 648 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 CDK7P50613 346 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 RD3Q7Z3Z2 195 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 DNERQ8NFT8 737 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 ELL3Q9HB65 397 aaPredicted RBP9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 CNTNAP4Q9C0A0 1308 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 CES2O00748 559 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 TKTL1P51854 596 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 ZDHHC15Q96MV8 337 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 MTMR12Q9C0I1 747 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 NMRAL1Q9HBL8 299 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 SLC24A2Q9UI40 661 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 PHTF1Q9UMS5 762 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 CEP152O94986 1710 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 RNF17Q9BXT8 1623 aaKnown RBP9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 BCLAF3A2AJT9 711 aaKnown RBP9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 CCDC154A6NI56 674 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 SLC1A6P48664 564 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 C2CD6Q53TS8 623 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 KCNMB4Q86W47 210 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 ACTRT1Q8TDG2 376 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 PPIEQ9UNP9 301 aaKnown RBP9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 KRT33AO76009 404 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 NKX2-3Q8TAU0 364 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 PCDHB5Q9Y5E4 795 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 RABL6Q3YEC7 729 aaPredicted RBP9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 PAN2Q504Q3 1202 aaKnown RBP9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 CHPFQ8IZ52 775 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 KCNB2Q92953 911 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 CATSPER2Q96P56 530 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 SH2D3AQ9BRG2 576 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 FAIM2Q9BWQ8 316 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 DEFB129Q9H1M3 183 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 ASB7Q9H672 318 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 DNAJC16Q9Y2G8 782 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 AP3D1O14617 1153 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 TPST1O60507 370 aa9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 KYAT3Q6YP21 454 aaKnown RBP9.52□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 RBM43Q6ZSC3 357 aaKnown RBP9.52□□□□□ -0.89
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 49.6 ms