RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566472.1

CLN3-223, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 4

Gene CLN3, Length 551 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-223	ENST00000566472	SHBG	P04278	402 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	HOXC6	P09630	235 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM191B	P0C7N4	346 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	MCF2	P10911	925 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	RALA	P11233	206 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	IVD	P26440	423 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	ATIC	P31939	592 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	TAS2R40	P59535	323 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	IRX5	P78411	483 aa	Predicted RBP	6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	FSTL1	Q12841	308 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	NFX1	Q12986	1120 aa	Known RBP	6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	SLC29A2	Q14542	456 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	TTLL4	Q14679	1199 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	PLCB4	Q15147	1175 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF699	Q32M78	642 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	EAPP	Q56P03	285 aa	Predicted RBP	6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF484	Q5JVG2	852 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	PPP1R15B	Q5SWA1	713 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	ERMARD	Q5T6L9	678 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	ATF7IP2	Q5U623	682 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	TTC19	Q6DKK2	380 aa	Predicted RBP	6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	CCDC62	Q6P9F0	684 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF365	Q70YC5	407 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	POLN	Q7Z5Q5	900 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	TAX1BP1	Q86VP1	789 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	CCDC50	Q8IVM0	306 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	TTC39C	Q8N584	583 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	FNIP1	Q8TF40	1166 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	C1orf54	Q8WWF1	131 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	SCLT1	Q96NL6	688 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	XPO6	Q96QU8	1125 aa	Known RBP	6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	MMP19	Q99542	508 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	TCHP	Q9BT92	498 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	BCO2	Q9BYV7	579 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	MTMR12	Q9C0I1	747 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	NSRP1	Q9H0G5	558 aa	Known RBP	6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	ASCC2	Q9H1I8	757 aa	Predicted RBP	6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	LHX5	Q9H2C1	402 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	CDC42EP4	Q9H3Q1	356 aa	Known RBP	6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	SEMA4A	Q9H3S1	761 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	VRTN	Q9H8Y1	702 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	ACTR5	Q9H9F9	607 aa	Predicted RBP	6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	PPCS	Q9HAB8	311 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	CYP3A43	Q9HB55	503 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	CHST7	Q9NS84	486 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	CISH	Q9NSE2	258 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	BCCIP	Q9P287	314 aa	Known RBP eCLIP	6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	FZD1	Q9UP38	647 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	DRG1	Q9Y295	367 aa	Known RBP	6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	PTPN22	Q9Y2R2	807 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	ACTL7B	Q9Y614	415 aa		6.63	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	OTOF	Q9HC10	1997 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	UNCX	A6NJT0	531 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	SMAP	O00193	183 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	MAGEB2	O15479	319 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	FSBP	O95073	299 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	ARIH2	O95376	493 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	STAU1	O95793	577 aa	Known RBP	6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	TTC4	O95801	387 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	KRT7	P08729	469 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	WEE2	P0C1S8	567 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	HARS	P12081	509 aa	Known RBP	6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	FGFR4	P22455	802 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	KLRC2	P26717	231 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	RDX	P35241	583 aa	Known RBP	6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	TNFSF9	P41273	254 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	ASPA	P45381	313 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	PHKA2	P46019	1235 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	KCNJ1	P48048	391 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	ITGA8	P53708	1063 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	MYL6	P60660	151 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	MBTD1	Q05BQ5	628 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	MKRN4P	Q13434	485 aa	Predicted RBP	6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	AUH	Q13825	339 aa	Known RBP	6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	STAT4	Q14765	748 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	ACAP1	Q15027	740 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	IZUMO3	Q5VZ72	239 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	HIBCH	Q6NVY1	386 aa	Predicted RBP	6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	C6orf89	Q6UWU4	347 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	ZBTB33	Q86T24	672 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	NT5DC4	Q86YG4	428 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	PASD1	Q8IV76	773 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	DHX37	Q8IY37	1157 aa	Known RBP	6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	C10orf67	Q8IYJ2	551 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	CACNA2D3	Q8IZS8	1091 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	ZCCHC9	Q8N567	271 aa	Known RBP	6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	OTUD6B	Q8N6M0	293 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	LINC01465	Q8N7H1	131 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	TTC13	Q8NBP0	860 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	RNF149	Q8NC42	400 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	ZC3H15	Q8WU90	426 aa	Known RBP	6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	RAPGEF5	Q92565	580 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	NKD2	Q969F2	451 aa	Predicted RBP	6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	CHMP6	Q96FZ7	201 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	CCDC114	Q96M63	670 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	SPATA33	Q96N06	139 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	TTC25	Q96NG3	672 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	SLITRK1	Q96PX8	696 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	CCDC77	Q9BR77	488 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CLN3-223	ENST00000566472	TRIM7	Q9C029	511 aa		6.62	□□□□□ -1.35

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