RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000570253.5

PKD1-240, Transcript of polycystin 1, transient receptor potential channel interacting, human

TSL 5

Gene PKD1, Length 603 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PKD1-240	ENST00000570253	PPP1R15A	O75807	674 aa	Predicted RBP	32.48	■■■□□ 2.79
PKD1-240	ENST00000570253	NKTR	P30414	1462 aa	Known RBP	32.48	■■■□□ 2.79
PKD1-240	ENST00000570253	GCC2	Q8IWJ2	1684 aa		32.43	■■■□□ 2.78
PKD1-240	ENST00000570253	NWD1	Q149M9	1564 aa		32.42	■■■□□ 2.78
PKD1-240	ENST00000570253	MSH6	P52701	1360 aa		32.42	■■■□□ 2.78
PKD1-240	ENST00000570253	PLEKHG1	Q9ULL1	1385 aa		32.4	■■■□□ 2.78
PKD1-240	ENST00000570253	RIMS2	Q9UQ26	1411 aa		32.39	■■■□□ 2.78
PKD1-240	ENST00000570253	UNC13B	O14795	1591 aa		32.38	■■■□□ 2.77
PKD1-240	ENST00000570253	CHGA	P10645	457 aa	Known RBP	32.38	■■■□□ 2.77
PKD1-240	ENST00000570253	ABCF1	Q8NE71	845 aa	Known RBP eCLIP	32.38	■■■□□ 2.77
PKD1-240	ENST00000570253	ROBO1	Q9Y6N7	1651 aa		32.37	■■■□□ 2.77
PKD1-240	ENST00000570253	MYO5B	Q9ULV0	1848 aa		32.37	■■■□□ 2.77
PKD1-240	ENST00000570253	ZFYVE9	O95405	1425 aa		32.35	■■■□□ 2.77
PKD1-240	ENST00000570253	RBM33	Q96EV2	1170 aa	Known RBP	32.35	■■■□□ 2.77
PKD1-240	ENST00000570253	TMEM131L	A2VDJ0	1609 aa		32.33	■■■□□ 2.77
PKD1-240	ENST00000570253	ROCK1	Q13464	1354 aa		32.32	■■■□□ 2.77
PKD1-240	ENST00000570253	CHD2	O14647	1828 aa	Known RBP	32.3	■■■□□ 2.76
PKD1-240	ENST00000570253	C14orf37	Q86TY3	774 aa		32.28	■■■□□ 2.76
PKD1-240	ENST00000570253	TBX22	Q9Y458	520 aa		32.28	■■■□□ 2.76
PKD1-240	ENST00000570253		E9PCH4	1651 aa		32.27	■■■□□ 2.76
PKD1-240	ENST00000570253	IQGAP3	Q86VI3	1631 aa		32.27	■■■□□ 2.76
PKD1-240	ENST00000570253	SLAIN2	Q9P270	581 aa		32.27	■■■□□ 2.76
PKD1-240	ENST00000570253	DIP2A	Q14689	1571 aa		32.24	■■■□□ 2.75
PKD1-240	ENST00000570253	NCOA3	Q9Y6Q9	1424 aa		32.24	■■■□□ 2.75
PKD1-240	ENST00000570253	PHLPP1	O60346	1717 aa		32.23	■■■□□ 2.75
PKD1-240	ENST00000570253	NUP155	O75694	1391 aa		32.22	■■■□□ 2.75
PKD1-240	ENST00000570253	RGS17	Q9UGC6	210 aa	Predicted RBP	32.22	■■■□□ 2.75
PKD1-240	ENST00000570253	ITGAE	P38570	1179 aa		32.21	■■■□□ 2.75
PKD1-240	ENST00000570253	PIK3R4	Q99570	1358 aa		32.19	■■■□□ 2.74
PKD1-240	ENST00000570253	NUTM2D	Q5VT03	806 aa	Predicted RBP	32.18	■■■□□ 2.74
PKD1-240	ENST00000570253	JCAD	Q9P266	1359 aa		32.18	■■■□□ 2.74
PKD1-240	ENST00000570253	CADPS2	Q86UW7	1296 aa		32.15	■■■□□ 2.74
PKD1-240	ENST00000570253	TRPM2	O94759	1503 aa		32.15	■■■□□ 2.74
PKD1-240	ENST00000570253	ATF3	P18847	181 aa		32.14	■■■□□ 2.74
PKD1-240	ENST00000570253	ADAMTS13	Q76LX8	1427 aa		32.14	■■■□□ 2.74
PKD1-240	ENST00000570253	C19orf44	Q9H6X5	657 aa		32.11	■■■□□ 2.73
PKD1-240	ENST00000570253	POTEA	Q6S8J7	498 aa		32.08	■■■□□ 2.73
PKD1-240	ENST00000570253	SIPA1L2	Q9P2F8	1722 aa	Predicted RBP	32.06	■■■□□ 2.72
PKD1-240	ENST00000570253	ZNF326	Q5BKZ1	582 aa	Known RBP	32.06	■■■□□ 2.72
PKD1-240	ENST00000570253	AMOTL2	Q9Y2J4	779 aa		32.06	■■■□□ 2.72
PKD1-240	ENST00000570253	SPHKAP	Q2M3C7	1700 aa		32.05	■■■□□ 2.72
PKD1-240	ENST00000570253	COL16A1	Q07092	1604 aa	Predicted RBP	32.04	■■■□□ 2.72
PKD1-240	ENST00000570253	MEX3C	Q5U5Q3	659 aa	Known RBP	32.03	■■■□□ 2.72
PKD1-240	ENST00000570253	SPATA31A6	Q5VVP1	1343 aa		32.02	■■■□□ 2.72
PKD1-240	ENST00000570253	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	32	■■■□□ 2.71
PKD1-240	ENST00000570253	AHDC1	Q5TGY3	1603 aa	Predicted RBP	31.99	■■■□□ 2.71
PKD1-240	ENST00000570253	DCC	P43146	1447 aa		31.97	■■■□□ 2.71
PKD1-240	ENST00000570253	SETBP1	Q9Y6X0	1596 aa		31.96	■■■□□ 2.71
PKD1-240	ENST00000570253	PTPRU	Q92729	1446 aa		31.95	■■■□□ 2.71
PKD1-240	ENST00000570253	ZNF772	Q68DY9	489 aa	Predicted RBP	31.93	■■■□□ 2.7
PKD1-240	ENST00000570253	SHPRH	Q149N8	1683 aa		31.92	■■■□□ 2.7
PKD1-240	ENST00000570253	XRN1	Q8IZH2	1706 aa	Known RBP	31.92	■■■□□ 2.7
PKD1-240	ENST00000570253	NRXN3	Q9Y4C0	1643 aa		31.9	■■■□□ 2.7
PKD1-240	ENST00000570253	BRINP3	Q76B58	766 aa		31.9	■■■□□ 2.7
PKD1-240	ENST00000570253	KIF1B	O60333	1816 aa		31.87	■■■□□ 2.69
PKD1-240	ENST00000570253	LRP6	O75581	1613 aa		31.86	■■■□□ 2.69
PKD1-240	ENST00000570253	CLTCL1	P53675	1640 aa		31.85	■■■□□ 2.69
PKD1-240	ENST00000570253	ASXL1	Q8IXJ9	1541 aa		31.84	■■■□□ 2.69
PKD1-240	ENST00000570253	SETD1A	O15047	1707 aa	Known RBP	31.83	■■■□□ 2.69
PKD1-240	ENST00000570253	MET	P08581	1390 aa		31.82	■■■□□ 2.69
PKD1-240	ENST00000570253	NEXMIF	Q5QGS0	1516 aa		31.82	■■■□□ 2.68
PKD1-240	ENST00000570253	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	31.82	■■■□□ 2.68
PKD1-240	ENST00000570253	MST1R	Q04912	1400 aa		31.81	■■■□□ 2.68
PKD1-240	ENST00000570253	NUTM2B	A6NNL0	878 aa	Predicted RBP	31.8	■■■□□ 2.68
PKD1-240	ENST00000570253	NUTM2E	B1AL46	878 aa	Predicted RBP	31.8	■■■□□ 2.68
PKD1-240	ENST00000570253	NUTM2A	Q8IVF1	878 aa	Predicted RBP	31.8	■■■□□ 2.68
PKD1-240	ENST00000570253	ADGRL3	Q9HAR2	1447 aa		31.8	■■■□□ 2.68
PKD1-240	ENST00000570253	NAIP	Q13075	1403 aa		31.79	■■■□□ 2.68
PKD1-240	ENST00000570253	TRIM52	Q96A61	297 aa		31.79	■■■□□ 2.68
PKD1-240	ENST00000570253	LRRC59	Q96AG4	307 aa	Known RBP	31.78	■■■□□ 2.68
PKD1-240	ENST00000570253	VGF	O15240	615 aa	Predicted RBP	31.77	■■■□□ 2.68
PKD1-240	ENST00000570253	SETD5	Q9C0A6	1442 aa		31.76	■■■□□ 2.68
PKD1-240	ENST00000570253	NHSL1	Q5SYE7	1610 aa		31.76	■■■□□ 2.67
PKD1-240	ENST00000570253	RXRB	P28702	533 aa		31.73	■■■□□ 2.67
PKD1-240	ENST00000570253	NALCN	Q8IZF0	1738 aa		31.71	■■■□□ 2.67
PKD1-240	ENST00000570253	RPGRIP1L	Q68CZ1	1315 aa		31.7	■■■□□ 2.66
PKD1-240	ENST00000570253	SLC4A1AP	Q9BWU0	796 aa	Known RBP	31.69	■■■□□ 2.66
PKD1-240	ENST00000570253	PTCH1	Q13635	1447 aa		31.68	■■■□□ 2.66
PKD1-240	ENST00000570253	HFM1	A2PYH4	1435 aa		31.67	■■■□□ 2.66
PKD1-240	ENST00000570253	AFF2	P51816	1311 aa		31.67	■■■□□ 2.66
PKD1-240	ENST00000570253	C1orf167	Q5SNV9	1468 aa		31.63	■■■□□ 2.65
PKD1-240	ENST00000570253	CDK12	Q9NYV4	1490 aa	Predicted RBP	31.62	■■■□□ 2.65
PKD1-240	ENST00000570253	PNPLA6	Q8IY17	1366 aa		31.61	■■■□□ 2.65
PKD1-240	ENST00000570253	C8orf37	Q96NL8	207 aa		31.61	■■■□□ 2.65
PKD1-240	ENST00000570253	DDX17	Q92841	729 aa	Known RBP	31.6	■■■□□ 2.65
PKD1-240	ENST00000570253	UPF1	Q92900	1129 aa	Known RBP eCLIP	31.59	■■■□□ 2.65
PKD1-240	ENST00000570253	ROBO2	Q9HCK4	1378 aa		31.57	■■■□□ 2.64
PKD1-240	ENST00000570253	PPL	O60437	1756 aa		31.57	■■■□□ 2.64
PKD1-240	ENST00000570253	PRAG1	Q86YV5	1406 aa		31.56	■■■□□ 2.64
PKD1-240	ENST00000570253	RBM6	P78332	1123 aa	Known RBP	31.53	■■■□□ 2.64
PKD1-240	ENST00000570253	NGLY1	Q96IV0	654 aa		31.53	■■■□□ 2.64
PKD1-240	ENST00000570253	QTRT2	Q9H974	415 aa	Known RBP	31.53	■■■□□ 2.64
PKD1-240	ENST00000570253	LAMC1	P11047	1609 aa		31.52	■■■□□ 2.64
PKD1-240	ENST00000570253	ORAI2	Q96SN7	254 aa		31.51	■■■□□ 2.63
PKD1-240	ENST00000570253	CCDC144A	A2RUR9	1427 aa		31.5	■■■□□ 2.63
PKD1-240	ENST00000570253	ADAMTS2	O95450	1211 aa		31.5	■■■□□ 2.63
PKD1-240	ENST00000570253	SOS2	Q07890	1332 aa	Predicted RBP	31.49	■■■□□ 2.63
PKD1-240	ENST00000570253	NPHP3	Q7Z494	1330 aa		31.45	■■■□□ 2.62
PKD1-240	ENST00000570253	CDC42BPG	Q6DT37	1551 aa		31.44	■■■□□ 2.62
PKD1-240	ENST00000570253	FOXD1	Q16676	465 aa		31.43	■■■□□ 2.62

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