RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000474038.1

LIMS1-212, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene LIMS1, Length 679 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1-212ENST00000474038 TOM1O60784 492 aa22.58■■□□□ 1.21
LIMS1-212ENST00000474038 PIP4K2BP78356 416 aa22.58■■□□□ 1.21
LIMS1-212ENST00000474038 SENP3Q9H4L4 574 aaPredicted RBP22.58■■□□□ 1.21
LIMS1-212ENST00000474038 SLC26A8Q96RN1 970 aa22.57■■□□□ 1.2
LIMS1-212ENST00000474038 SLC4A1APQ9BWU0 796 aaKnown RBP22.57■■□□□ 1.2
LIMS1-212ENST00000474038 ALKQ9UM73 1620 aa22.57■■□□□ 1.2
LIMS1-212ENST00000474038 RIMS2Q9UQ26 1411 aa22.57■■□□□ 1.2
LIMS1-212ENST00000474038 RAB3GAP2Q9H2M9 1393 aa22.56■■□□□ 1.2
LIMS1-212ENST00000474038 BCANQ96GW7 911 aa22.54■■□□□ 1.2
LIMS1-212ENST00000474038 TRPM2O94759 1503 aa22.53■■□□□ 1.2
LIMS1-212ENST00000474038 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP22.53■■□□□ 1.2
LIMS1-212ENST00000474038 PPP1R15AO75807 674 aaPredicted RBP22.52■■□□□ 1.2
LIMS1-212ENST00000474038 CLTCL1P53675 1640 aa22.52■■□□□ 1.2
LIMS1-212ENST00000474038 XIRP1Q702N8 1843 aaKnown RBP22.52■■□□□ 1.2
LIMS1-212ENST00000474038 PLEKHG1Q9ULL1 1385 aa22.51■■□□□ 1.19
LIMS1-212ENST00000474038 NUTM2DQ5VT03 806 aaPredicted RBP22.51■■□□□ 1.19
LIMS1-212ENST00000474038 KIF1BO60333 1816 aa22.51■■□□□ 1.19
LIMS1-212ENST00000474038 MPHOSPH9Q99550 1183 aa22.5■■□□□ 1.19
LIMS1-212ENST00000474038 KCNA6P17658 529 aa22.49■■□□□ 1.19
LIMS1-212ENST00000474038 HSPA1LP34931 641 aa22.49■■□□□ 1.19
LIMS1-212ENST00000474038 HDGFP51858 240 aaKnown RBP22.48■■□□□ 1.19
LIMS1-212ENST00000474038 DISP3Q9P2K9 1392 aa22.48■■□□□ 1.19
LIMS1-212ENST00000474038 FOXD1Q16676 465 aa22.47■■□□□ 1.19
LIMS1-212ENST00000474038 ABCF1Q8NE71 845 aaKnown RBP eCLIP22.47■■□□□ 1.19
LIMS1-212ENST00000474038 NWD1Q149M9 1564 aa22.46■■□□□ 1.19
LIMS1-212ENST00000474038 HRCP23327 699 aa22.45■■□□□ 1.18
LIMS1-212ENST00000474038 RBM33Q96EV2 1170 aaKnown RBP22.45■■□□□ 1.18
LIMS1-212ENST00000474038 TMEM94Q12767 1356 aa22.45■■□□□ 1.18
LIMS1-212ENST00000474038 PROSER2Q86WR7 435 aaPredicted RBP22.43■■□□□ 1.18
LIMS1-212ENST00000474038 NKTRP30414 1462 aaKnown RBP22.42■■□□□ 1.18
LIMS1-212ENST00000474038 ADAMTS13Q76LX8 1427 aa22.42■■□□□ 1.18
LIMS1-212ENST00000474038 CHD2O14647 1828 aaKnown RBP22.41■■□□□ 1.18
LIMS1-212ENST00000474038 TBX22Q9Y458 520 aa22.4■■□□□ 1.18
LIMS1-212ENST00000474038 ZNF326Q5BKZ1 582 aaKnown RBP22.39■■□□□ 1.17
LIMS1-212ENST00000474038 DIP2AQ14689 1571 aa22.38■■□□□ 1.17
LIMS1-212ENST00000474038 CCDC144AA2RUR9 1427 aa22.34■■□□□ 1.17
LIMS1-212ENST00000474038 NRXN3Q9Y4C0 1643 aa22.34■■□□□ 1.17
LIMS1-212ENST00000474038 NEXMIFQ5QGS0 1516 aa22.33■■□□□ 1.17
LIMS1-212ENST00000474038 ILDR2Q71H61 639 aa22.33■■□□□ 1.17
LIMS1-212ENST00000474038 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP22.32■■□□□ 1.16
LIMS1-212ENST00000474038 PPLO60437 1756 aa22.32■■□□□ 1.16
LIMS1-212ENST00000474038 SETBP1Q9Y6X0 1596 aa22.31■■□□□ 1.16
LIMS1-212ENST00000474038 MSH6P52701 1360 aa22.31■■□□□ 1.16
LIMS1-212ENST00000474038 PIK3R4Q99570 1358 aa22.31■■□□□ 1.16
LIMS1-212ENST00000474038 PTPRUQ92729 1446 aa22.31■■□□□ 1.16
LIMS1-212ENST00000474038 MED1Q15648 1581 aaPredicted RBP22.29■■□□□ 1.16
LIMS1-212ENST00000474038 FAM135BQ49AJ0 1406 aa22.28■■□□□ 1.16
LIMS1-212ENST00000474038 SPATA31E1Q6ZUB1 1445 aa22.28■■□□□ 1.16
LIMS1-212ENST00000474038 ANKRD30BQ9BXX2 1392 aa22.27■■□□□ 1.16
LIMS1-212ENST00000474038 IFT172Q9UG01 1749 aa22.27■■□□□ 1.16
LIMS1-212ENST00000474038 AMOTL2Q9Y2J4 779 aa22.27■■□□□ 1.16
LIMS1-212ENST00000474038 ROBO1Q9Y6N7 1651 aa22.26■■□□□ 1.15
LIMS1-212ENST00000474038 RPGRIP1LQ68CZ1 1315 aa22.25■■□□□ 1.15
LIMS1-212ENST00000474038 METP08581 1390 aa22.25■■□□□ 1.15
LIMS1-212ENST00000474038 XRN1Q8IZH2 1706 aaKnown RBP22.24■■□□□ 1.15
LIMS1-212ENST00000474038 C14orf37Q86TY3 774 aa22.24■■□□□ 1.15
LIMS1-212ENST00000474038 NCOA3Q9Y6Q9 1424 aa22.23■■□□□ 1.15
LIMS1-212ENST00000474038 RGL3Q3MIN7 710 aa22.22■■□□□ 1.15
LIMS1-212ENST00000474038 SLAIN2Q9P270 581 aa22.21■■□□□ 1.15
LIMS1-212ENST00000474038 SIPA1L2Q9P2F8 1722 aaPredicted RBP22.2■■□□□ 1.14
LIMS1-212ENST00000474038 VGFO15240 615 aaPredicted RBP22.19■■□□□ 1.14
LIMS1-212ENST00000474038 SETD1AO15047 1707 aaKnown RBP22.18■■□□□ 1.14
LIMS1-212ENST00000474038 C19orf44Q9H6X5 657 aa22.18■■□□□ 1.14
LIMS1-212ENST00000474038 ATF3P18847 181 aa22.15■■□□□ 1.14
LIMS1-212ENST00000474038 CADPS2Q86UW7 1296 aa22.15■■□□□ 1.14
LIMS1-212ENST00000474038 ADGRF5Q8IZF2 1346 aa22.12■■□□□ 1.13
LIMS1-212ENST00000474038 PHLPP1O60346 1717 aa22.12■■□□□ 1.13
LIMS1-212ENST00000474038 PHF23Q9BUL5 403 aaPredicted RBP22.12■■□□□ 1.13
LIMS1-212ENST00000474038 DCCP43146 1447 aa22.09■■□□□ 1.13
LIMS1-212ENST00000474038 ADGRL3Q9HAR2 1447 aa22.08■■□□□ 1.13
LIMS1-212ENST00000474038 SOCS7O14512 581 aa22.08■■□□□ 1.13
LIMS1-212ENST00000474038 NALCNQ8IZF0 1738 aa22.08■■□□□ 1.12
LIMS1-212ENST00000474038 MYOM2P54296 1465 aa22.08■■□□□ 1.12
LIMS1-212ENST00000474038 COL16A1Q07092 1604 aaPredicted RBP22.07■■□□□ 1.12
LIMS1-212ENST00000474038 DHX57Q6P158 1386 aaKnown RBP22.07■■□□□ 1.12
LIMS1-212ENST00000474038 ROBO2Q9HCK4 1378 aa22.07■■□□□ 1.12
LIMS1-212ENST00000474038 PIK3C2GO75747 1445 aa22.06■■□□□ 1.12
LIMS1-212ENST00000474038 PTCH1Q13635 1447 aa22.06■■□□□ 1.12
LIMS1-212ENST00000474038 NRXN1Q9ULB1 1477 aa22.06■■□□□ 1.12
LIMS1-212ENST00000474038 MST1RQ04912 1400 aa22.06■■□□□ 1.12
LIMS1-212ENST00000474038 BRINP3Q76B58 766 aa22.05■■□□□ 1.12
LIMS1-212ENST00000474038 AHDC1Q5TGY3 1603 aaPredicted RBP22.05■■□□□ 1.12
LIMS1-212ENST00000474038 PRAG1Q86YV5 1406 aa22.03■■□□□ 1.12
LIMS1-212ENST00000474038 JCADQ9P266 1359 aa22.02■■□□□ 1.12
LIMS1-212ENST00000474038 LAMC1P11047 1609 aa22.02■■□□□ 1.11
LIMS1-212ENST00000474038 ASXL1Q8IXJ9 1541 aa22.01■■□□□ 1.11
LIMS1-212ENST00000474038 DCAF11Q8TEB1 546 aa22.01■■□□□ 1.11
LIMS1-212ENST00000474038 RGS17Q9UGC6 210 aaPredicted RBP22■■□□□ 1.11
LIMS1-212ENST00000474038 KDM2AQ9Y2K7 1162 aa21.99■■□□□ 1.11
LIMS1-212ENST00000474038 SIN3AQ96ST3 1273 aa21.98■■□□□ 1.11
LIMS1-212ENST00000474038 PCGF6Q9BYE7 350 aa21.98■■□□□ 1.11
LIMS1-212ENST00000474038 C14orf93Q9H972 538 aaKnown RBP21.97■■□□□ 1.11
LIMS1-212ENST00000474038 STK26Q9P289 416 aa21.97■■□□□ 1.11
LIMS1-212ENST00000474038 TMEM132EQ6IEE7 984 aa21.96■■□□□ 1.11
LIMS1-212ENST00000474038 STAC3Q96MF2 364 aa21.96■■□□□ 1.11
LIMS1-212ENST00000474038 KNDC1Q76NI1 1749 aa21.96■■□□□ 1.11
LIMS1-212ENST00000474038 NHSL1Q5SYE7 1610 aa21.95■■□□□ 1.1
LIMS1-212ENST00000474038 CFAP70Q5T0N1 1121 aa21.95■■□□□ 1.1
LIMS1-212ENST00000474038 C1orf167Q5SNV9 1468 aa21.95■■□□□ 1.1
LIMS1-212ENST00000474038 DDX17Q92841 729 aaKnown RBP21.94■■□□□ 1.1
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