RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000428064.5

LIMS1-208, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, humanhuman

TSL 2

Gene LIMS1, Length 637 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1-208ENST00000428064 KCNA6P17658 529 aa32.11■■■□□ 2.73
LIMS1-208ENST00000428064 MED1Q15648 1581 aaPredicted RBP32.11■■■□□ 2.73
LIMS1-208ENST00000428064 RRBP1Q9P2E9 1410 aaKnown RBP32.09■■■□□ 2.73
LIMS1-208ENST00000428064 RIMS2Q9UQ26 1411 aa32.09■■■□□ 2.73
LIMS1-208ENST00000428064 NUP155O75694 1391 aa32.09■■■□□ 2.73
LIMS1-208ENST00000428064 HDGFP51858 240 aaKnown RBP32.07■■■□□ 2.72
LIMS1-208ENST00000428064 SLC26A8Q96RN1 970 aa32.07■■■□□ 2.72
LIMS1-208ENST00000428064 ITGAEP38570 1179 aa32.06■■■□□ 2.72
LIMS1-208ENST00000428064 TMEM94Q12767 1356 aa32.06■■■□□ 2.72
LIMS1-208ENST00000428064 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP32.05■■■□□ 2.72
LIMS1-208ENST00000428064 SOCS7O14512 581 aa32.04■■■□□ 2.72
LIMS1-208ENST00000428064 CHD2O14647 1828 aaKnown RBP32.02■■■□□ 2.72
LIMS1-208ENST00000428064 ABCF1Q8NE71 845 aaKnown RBP eCLIP32.01■■■□□ 2.71
LIMS1-208ENST00000428064 DIP2AQ14689 1571 aa32■■■□□ 2.71
LIMS1-208ENST00000428064 SPHKAPQ2M3C7 1700 aa32■■■□□ 2.71
LIMS1-208ENST00000428064 PPP1R15AO75807 674 aaPredicted RBP31.98■■■□□ 2.71
LIMS1-208ENST00000428064 FAM135BQ49AJ0 1406 aa31.98■■■□□ 2.71
LIMS1-208ENST00000428064 PROSER2Q86WR7 435 aaPredicted RBP31.96■■■□□ 2.71
LIMS1-208ENST00000428064 BCANQ96GW7 911 aa31.96■■■□□ 2.71
LIMS1-208ENST00000428064 TBX22Q9Y458 520 aa31.94■■■□□ 2.7
LIMS1-208ENST00000428064 ADAMTS13Q76LX8 1427 aa31.93■■■□□ 2.7
LIMS1-208ENST00000428064 CHGAP10645 457 aaKnown RBP31.93■■■□□ 2.7
LIMS1-208ENST00000428064 NAIPQ13075 1403 aa31.92■■■□□ 2.7
LIMS1-208ENST00000428064 PIK3R4Q99570 1358 aa31.91■■■□□ 2.7
LIMS1-208ENST00000428064 NCOA3Q9Y6Q9 1424 aa31.9■■■□□ 2.7
LIMS1-208ENST00000428064 ROBO1Q9Y6N7 1651 aa31.89■■■□□ 2.7
LIMS1-208ENST00000428064 MSH6P52701 1360 aa31.88■■■□□ 2.69
LIMS1-208ENST00000428064 TRPM2O94759 1503 aa31.85■■■□□ 2.69
LIMS1-208ENST00000428064 RBM33Q96EV2 1170 aaKnown RBP31.84■■■□□ 2.69
LIMS1-208ENST00000428064 HFM1A2PYH4 1435 aa31.83■■■□□ 2.69
LIMS1-208ENST00000428064 SETBP1Q9Y6X0 1596 aa31.83■■■□□ 2.69
LIMS1-208ENST00000428064 NRXN3Q9Y4C0 1643 aa31.82■■■□□ 2.68
LIMS1-208ENST00000428064 SENP3Q9H4L4 574 aaPredicted RBP31.81■■■□□ 2.68
LIMS1-208ENST00000428064 CLTCL1P53675 1640 aa31.81■■■□□ 2.68
LIMS1-208ENST00000428064 NUTM2DQ5VT03 806 aaPredicted RBP31.8■■■□□ 2.68
LIMS1-208ENST00000428064 PHF23Q9BUL5 403 aaPredicted RBP31.76■■■□□ 2.67
LIMS1-208ENST00000428064 SLAIN2Q9P270 581 aa31.74■■■□□ 2.67
LIMS1-208ENST00000428064 KIF1BO60333 1816 aa31.74■■■□□ 2.67
LIMS1-208ENST00000428064 XRN1Q8IZH2 1706 aaKnown RBP31.74■■■□□ 2.67
LIMS1-208ENST00000428064 NEXMIFQ5QGS0 1516 aa31.74■■■□□ 2.67
LIMS1-208ENST00000428064 PTPRUQ92729 1446 aa31.73■■■□□ 2.67
LIMS1-208ENST00000428064 SIPA1L2Q9P2F8 1722 aaPredicted RBP31.72■■■□□ 2.67
LIMS1-208ENST00000428064 PHLPP1O60346 1717 aa31.69■■■□□ 2.66
LIMS1-208ENST00000428064 ZNF326Q5BKZ1 582 aaKnown RBP31.68■■■□□ 2.66
LIMS1-208ENST00000428064 C19orf44Q9H6X5 657 aa31.67■■■□□ 2.66
LIMS1-208ENST00000428064 AMOTL2Q9Y2J4 779 aa31.67■■■□□ 2.66
LIMS1-208ENST00000428064 CADPS2Q86UW7 1296 aa31.65■■■□□ 2.66
LIMS1-208ENST00000428064 DCCP43146 1447 aa31.65■■■□□ 2.66
LIMS1-208ENST00000428064 C14orf37Q86TY3 774 aa31.63■■■□□ 2.65
LIMS1-208ENST00000428064 COL16A1Q07092 1604 aaPredicted RBP31.63■■■□□ 2.65
LIMS1-208ENST00000428064 TRIM52Q96A61 297 aa31.61■■■□□ 2.65
LIMS1-208ENST00000428064 AHDC1Q5TGY3 1603 aaPredicted RBP31.6■■■□□ 2.65
LIMS1-208ENST00000428064 METP08581 1390 aa31.6■■■□□ 2.65
LIMS1-208ENST00000428064 ATF3P18847 181 aa31.59■■■□□ 2.65
LIMS1-208ENST00000428064 JCADQ9P266 1359 aa31.58■■■□□ 2.65
LIMS1-208ENST00000428064 SLC4A1APQ9BWU0 796 aaKnown RBP31.58■■■□□ 2.65
LIMS1-208ENST00000428064 SETD1AO15047 1707 aaKnown RBP31.56■■■□□ 2.64
LIMS1-208ENST00000428064 RGS17Q9UGC6 210 aaPredicted RBP31.56■■■□□ 2.64
LIMS1-208ENST00000428064 PPLO60437 1756 aa31.53■■■□□ 2.64
LIMS1-208ENST00000428064 RPGRIP1LQ68CZ1 1315 aa31.52■■■□□ 2.64
LIMS1-208ENST00000428064 VGFO15240 615 aaPredicted RBP31.51■■■□□ 2.63
LIMS1-208ENST00000428064 PRAG1Q86YV5 1406 aa31.5■■■□□ 2.63
LIMS1-208ENST00000428064 ADGRL3Q9HAR2 1447 aa31.49■■■□□ 2.63
LIMS1-208ENST00000428064 SHPRHQ149N8 1683 aa31.49■■■□□ 2.63
LIMS1-208ENST00000428064 NALCNQ8IZF0 1738 aa31.49■■■□□ 2.63
LIMS1-208ENST00000428064 PTCH1Q13635 1447 aa31.49■■■□□ 2.63
LIMS1-208ENST00000428064 MST1RQ04912 1400 aa31.48■■■□□ 2.63
LIMS1-208ENST00000428064 ASXL1Q8IXJ9 1541 aa31.46■■■□□ 2.63
LIMS1-208ENST00000428064 BRINP3Q76B58 766 aa31.46■■■□□ 2.63
LIMS1-208ENST00000428064 NHSL1Q5SYE7 1610 aa31.44■■■□□ 2.62
LIMS1-208ENST00000428064 SPATA31A6Q5VVP1 1343 aa31.44■■■□□ 2.62
LIMS1-208ENST00000428064 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP31.42■■■□□ 2.62
LIMS1-208ENST00000428064 CCDC144AA2RUR9 1427 aa31.41■■■□□ 2.62
LIMS1-208ENST00000428064 LRP6O75581 1613 aa31.38■■■□□ 2.61
LIMS1-208ENST00000428064 IFT172Q9UG01 1749 aa31.38■■■□□ 2.61
LIMS1-208ENST00000428064 SPATA31E1Q6ZUB1 1445 aa31.37■■■□□ 2.61
LIMS1-208ENST00000428064 SETD5Q9C0A6 1442 aa31.36■■■□□ 2.61
LIMS1-208ENST00000428064 FOXD1Q16676 465 aa31.36■■■□□ 2.61
LIMS1-208ENST00000428064 POTEAQ6S8J7 498 aa31.36■■■□□ 2.61
LIMS1-208ENST00000428064 MPHOSPH9Q99550 1183 aa31.36■■■□□ 2.61
LIMS1-208ENST00000428064 ROBO2Q9HCK4 1378 aa31.35■■■□□ 2.61
LIMS1-208ENST00000428064 LAMC1P11047 1609 aa31.32■■■□□ 2.6
LIMS1-208ENST00000428064 ANKRD30BQ9BXX2 1392 aa31.3■■■□□ 2.6
LIMS1-208ENST00000428064 C1orf167Q5SNV9 1468 aa31.29■■■□□ 2.6
LIMS1-208ENST00000428064 ADGRF5Q8IZF2 1346 aa31.24■■■□□ 2.59
LIMS1-208ENST00000428064 TECPR2O15040 1411 aa31.24■■■□□ 2.59
LIMS1-208ENST00000428064 CDC42BPGQ6DT37 1551 aa31.24■■■□□ 2.59
LIMS1-208ENST00000428064 PIK3C2GO75747 1445 aa31.24■■■□□ 2.59
LIMS1-208ENST00000428064 LRRC59Q96AG4 307 aaKnown RBP31.23■■■□□ 2.59
LIMS1-208ENST00000428064 KNDC1Q76NI1 1749 aa31.23■■■□□ 2.59
LIMS1-208ENST00000428064 MEX3CQ5U5Q3 659 aaKnown RBP31.22■■■□□ 2.59
LIMS1-208ENST00000428064 RGL3Q3MIN7 710 aa31.2■■■□□ 2.59
LIMS1-208ENST00000428064 ZNF772Q68DY9 489 aaPredicted RBP31.2■■■□□ 2.59
LIMS1-208ENST00000428064 LRPPRCP42704 1394 aaKnown RBP31.17■■■□□ 2.58
LIMS1-208ENST00000428064 PNPLA6Q8IY17 1366 aa31.17■■■□□ 2.58
LIMS1-208ENST00000428064 ABCC11Q96J66 1382 aa31.15■■■□□ 2.58
LIMS1-208ENST00000428064 RAB3GAP2Q9H2M9 1393 aa31.15■■■□□ 2.58
LIMS1-208ENST00000428064 MYOM2P54296 1465 aa31.14■■■□□ 2.58
LIMS1-208ENST00000428064 NRXN1Q9ULB1 1477 aa31.14■■■□□ 2.58
LIMS1-208ENST00000428064 DDX17Q92841 729 aaKnown RBP31.14■■■□□ 2.58
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