RNA–Protein interactions for RNA: YKR001C

VPS1, Transcript of Dynamin-like GTPase required for vacuolar sorting, yeast

Gene VPS1, Length 2,115 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VPS1	YKR001C	VAR1	P02381	398 aa		4.96	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	ATP5	P09457	212 aa		4.96	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	GCY1	P14065	312 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.96	□□□□□ -1.62	not detected
VPS1	YKR001C	YMR31	P19955	123 aa		4.96	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	TOD6	P34219	525 aa		4.96	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	SHE2	P36068	246 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.96	□□□□□ -1.62	not detected
VPS1	YKR001C	PDX3	P38075	228 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	LAG1	P38703	411 aa		4.96	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	DPB11	P47027	764 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	DAN1	P47178	298 aa		4.96	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	EXG2	P52911	562 aa		4.96	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	CNL1	Q06333	122 aa		4.96	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	IPK1	Q06667	281 aa		4.96	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	SAM4	Q08985	325 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	TRM10	Q12400	293 aa		4.96	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YDL085C-A	Q3E7B7	68 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	CSF1	Q12150	2958 aa		4.96	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	SAL1	D6W196	494 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	RPS21A	P0C0V8	87 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	RPS16A	P0CX51	143 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	RPS16B	P0CX52	143 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YFL068W	P0CX99	160 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YLL066W-A	P0CY00	160 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YLL067W-A	P0CY01	160 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	CTA1	P15202	515 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	NAR1	P23503	491 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	PCL1	P24867	279 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	BUB3	P26449	341 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	NTH1	P32356	751 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	MMS21	P38632	267 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	IKI1	P38874	309 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	BST1	P43571	1029 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	GAT1	P43574	510 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	MDM34	P53083	459 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	NRM1	P53718	249 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	EFM6	P53970	246 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	VPS28	Q02767	242 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	HSP31	Q04432	237 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	DAL4	Q04895	635 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	IRC13	Q08630	104 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	MDM32	Q12171	622 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	PCC1	Q3E833	88 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	HBN1	Q96VH4	193 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	CAR1	P00812	333 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	MES1	P00958	751 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	MET22	P32179	357 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	VBA2	P38358	474 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	NSG1	P38837	291 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	SET5	P38890	526 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	PTI1	P39927	425 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YER189W	P40104	122 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	PAN6	P40459	309 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	IME4	P41833	600 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YFL064C	P43540	174 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YGL101W	P53144	215 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	SUN4	P53616	420 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	CSL4	P53859	292 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	SWS2	P53937	143 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	SEI1	Q06058	285 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	DIC1	Q06143	298 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	RXT3	Q07458	294 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YDL177C	Q12257	170 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	GEP5	Q12393	293 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	RDI1	Q12434	202 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YIL046W-A	Q3E7Z4	54 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	HFA1	P32874	2273 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	RIP1	P08067	215 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	TIR2	P33890	251 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YOR062C	P36025	268 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	FRM2	P37261	193 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	PRS4	P38063	326 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YHR033W	P38690	423 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	CHA4	P43634	648 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	CIN2	P46670	268 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	NIF3	P53081	288 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	POP6	P53218	158 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	LST7	P53237	242 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YET2	Q04210	160 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	IZH4	Q99393	312 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	RPL22A	P05749	121 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	TPK2	P06245	380 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	SPT15	P13393	240 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	ART10	P18634	518 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	STE4	P18851	423 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	MRP49	P32388	137 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	THI80	P35202	319 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	APL3	P38065	1025 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	EHT1	P38295	451 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YHL044W	P38727	235 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YHR210C	P38893	341 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	SSN3	P39073	555 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	FKH2	P41813	862 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YNL320W	P42840	284 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	BNA2	P47125	453 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	JAC1	P53193	184 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	UPS3	Q04006	179 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YTH1	Q06102	208 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	MCH1	Q07376	486 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	NAG1	Q8TGN9	163 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	FLP1	P03870	423 aa		4.93	□□□□□ -1.62

Retrieved 100 of 5,963 RNA–protein pairs in 22.8 ms