RNA–Protein interactions for RNA: YDR457W

TOM1, Transcript of E3 ubiquitin ligase of the hect-domain class, yeast

Gene TOM1, Length 9,807 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
TOM1	YDR457W	UBC12	P52491	188 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	VHT1	P53241	593 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	PLM2	Q04383	521 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	COX20	Q04935	205 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	ECM7	Q06200	448 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	LAM4	P38800	1345 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	IME1	P21190	360 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	VMA16	P23968	213 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	RNQ1	P25367	405 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	SFA1	P32771	386 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YIL029C	P40538	142 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	SNG1	P46950	547 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	ALY2	P47029	1046 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YGR012W	P53206	393 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	APJ1	P53940	528 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	ORM2	Q06144	216 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	MRPL35	Q06678	367 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	RSC58	Q07979	502 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	GAL1	P04385	528 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	RPL4A	P10664	362 aa	Known RBP	2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	MSN1	P22148	382 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	FEN2	P25621	512 aa	Known RBP	2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	TRK2	P28584	889 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	GUT2	P32191	649 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	FMT1	P32785	401 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	TAT1	P38085	619 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	LRO1	P40345	661 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	GPI14	P47088	403 aa	Known RBP	2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	RPL4B	P49626	362 aa	Known RBP	2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	UBP8	P50102	471 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	GPB1	Q08886	897 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	PEX11	Q12462	236 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YLR363W-A	Q3E747	85 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YDL085C-A	Q3E7B7	68 aa	Known RBP	2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	RPL12A	P0CX53	165 aa	Known RBP	2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	RPL12B	P0CX54	165 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	SHP1	P34223	423 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YBR241C	P38142	488 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	MUP3	P38734	546 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	RFC2	P40348	353 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	KEG1	P43614	200 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YJR154W	P47181	346 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	POP6	P53218	158 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	AQR1	P53943	586 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	REV3	P14284	1504 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YSF3	P0C074	85 aa	Predicted RBP	2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	THR1	P17423	357 aa	Known RBP	2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YRA2	P36036	203 aa	Known RBP RIP-Chip data	2.56	□□□□□ -2	not detected
TOM1	YDR457W	YOL159C	Q08300	171 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YOS1	Q3E834	85 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	TFS1	P14306	219 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	SPT14	P32363	452 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	SHB17	P36136	271 aa	Known RBP	2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	AHP1	P38013	176 aa	Known RBP	2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	IML3	P38265	245 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	SOL3	P38858	249 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	FMP52	P40008	231 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	ECO1	P43605	281 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	HRI1	Q05905	244 aa	Known RBP	2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	CTS2	Q06350	511 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	SNX3	Q08826	162 aa	Known RBP	2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	TY1A-NL1	Q12391	440 aa	Known RBP	2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	HBN1	Q96VH4	193 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	RPO31	P04051	1460 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YCF1	P39109	1515 aa	Known RBP	2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	COX2	P00410	251 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	MRPL33	P20084	86 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YKL151C	P36059	337 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	FIG1	P38224	298 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	TIS11	P47977	285 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	MTL1	P53214	551 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	COF1	Q03048	143 aa	Known RBP	2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	TVP18	Q04767	167 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	RRT7	Q07829	113 aa		2.56	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YOL163W	P0CF20	169 aa		2.55	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	GAP1	P19145	602 aa	Predicted RBP	2.55	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YCR007C	P25354	239 aa		2.55	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	PRY2	P36110	329 aa		2.55	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YHL026C	P38740	315 aa		2.55	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	RRD1	P40454	393 aa	Known RBP	2.55	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	ICE2	P40499	491 aa		2.55	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	ENV7	Q12003	364 aa		2.55	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	BOL1	Q3E793	110 aa		2.55	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	ISN1	Q99312	450 aa		2.55	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YSP2	Q06681	1438 aa		2.55	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	AI3	P03877	415 aa		2.55	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	ARO3	P14843	370 aa	Known RBP	2.55	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	ARF2	P19146	181 aa	Known RBP	2.55	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YIM1	P28625	365 aa		2.55	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YGL194C-A	Q2V2P6	80 aa		2.55	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	TRX3	P25372	127 aa		2.55	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	PAU2	P32612	120 aa		2.55	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	SPO73	P40031	143 aa		2.55	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	SPG5	P42933	373 aa		2.55	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	MDM30	Q05930	598 aa		2.55	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	ICT1	Q12385	394 aa		2.55	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	PET20	Q99373	253 aa		2.55	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	ERG8	P24521	451 aa		2.55	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YBR053C	P38235	358 aa		2.55	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YBR285W	P38354	144 aa		2.55	□□□□□ -2

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