RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	HCN4	Q9Y3Q4	1203 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	C2CD4D	B7Z1M9	353 aa		13.23	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	SSB	P05455	408 aa	Known RBP eCLIP	13.23	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	PRKCB	P05771	671 aa		13.23	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	CA8	P35219	290 aa		13.23	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	PRPH	P41219	470 aa		13.23	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	OR1G1	P47890	313 aa		13.23	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	NCBP1	Q09161	790 aa	Known RBP	13.23	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	GRIK3	Q13003	919 aa		13.23	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	MAPK7	Q13164	816 aa		13.23	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	GNL2	Q13823	731 aa	Known RBP	13.23	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	BMS1	Q14692	1282 aa	Known RBP	13.23	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	KIAA0319	Q5VV43	1072 aa		13.23	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	KIAA1841	Q6NSI8	718 aa		13.23	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	BMP8A	Q7Z5Y6	402 aa		13.23	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	ZBTB8OS	Q8IWT0	167 aa		13.23	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	SNX29	Q8TEQ0	813 aa		13.23	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	ASIC4	Q96FT7	647 aa		13.23	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM193B	Q96PV7	902 aa	Predicted RBP	13.23	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	PAAF1	Q9BRP4	392 aa		13.23	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	TRIM6	Q9C030	488 aa	Predicted RBP	13.23	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	RXFP1	Q9HBX9	757 aa		13.23	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	CHST7	Q9NS84	486 aa		13.23	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	DDX19A	Q9NUU7	478 aa	Known RBP	13.23	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	KLK14	Q9P0G3	267 aa		13.23	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	CACNG4	Q9UBN1	327 aa		13.23	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	KIAA1024	Q9UPX6	916 aa		13.23	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464		E9PMD0	336 aa		13.22	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	ACKR2	O00590	384 aa		13.22	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	PAPLN	O95428	1278 aa		13.22	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	SP100	P23497	879 aa	Predicted RBP	13.22	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	CDC25A	P30304	524 aa		13.22	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	MTHFR	P42898	656 aa		13.22	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	ATP2C1	P98194	919 aa	Predicted RBP	13.22	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	DSG1	Q02413	1049 aa		13.22	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	PTPN21	Q16825	1174 aa		13.22	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	NT5DC1	Q5TFE4	455 aa		13.22	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	TRIM67	Q6ZTA4	783 aa		13.22	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	TAS1R3	Q7RTX0	852 aa		13.22	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	PPFIBP1	Q86W92	1011 aa		13.22	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	FBXL18	Q96ME1	805 aa		13.22	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	TBC1D32	Q96NH3	1257 aa		13.22	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	NECTIN4	Q96NY8	510 aa		13.22	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	RPS6KC1	Q96S38	1066 aa		13.22	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	RUSC1	Q9BVN2	902 aa		13.22	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	GPR62	Q9BZJ7	368 aa		13.22	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM221	A6NGB7	291 aa		13.21	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464		M0R296	226 aa		13.21	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	LAD1	O00515	517 aa		13.21	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	N4BP3	O15049	544 aa		13.21	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	TEX28	O15482	410 aa		13.21	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	ST18	O60284	1047 aa		13.21	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	RECQL4	O94761	1208 aa		13.21	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	UROD	P06132	367 aa		13.21	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	GJB2	P29033	226 aa		13.21	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	PRPF4B	Q13523	1007 aa	Known RBP	13.21	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	MAPK6	Q16659	721 aa		13.21	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	HYI	Q5T013	277 aa		13.21	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	CES5A	Q6NT32	575 aa		13.21	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	TMC5	Q6UXY8	1006 aa		13.21	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	HACE1	Q8IYU2	909 aa		13.21	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	DEPTOR	Q8TB45	409 aa		13.21	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	RABGGTA	Q92696	567 aa		13.21	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	KIFAP3	Q92845	792 aa		13.21	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM122A	Q96E09	287 aa		13.21	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	B3GALT6	Q96L58	329 aa		13.21	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	RIPOR3	Q96MK2	946 aa		13.21	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	EMILIN2	Q9BXX0	1053 aa		13.21	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	SFXN1	Q9H9B4	322 aa		13.21	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPL17	Q9NRX2	175 aa	Known RBP	13.21	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	SNTG2	Q9NY99	539 aa		13.21	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	PARP2	Q9UGN5	583 aa		13.21	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	WDFY4	Q6ZS81	3184 aa		13.2	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	C2CD2L	O14523	706 aa		13.2	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	ABLIM1	O14639	778 aa		13.2	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	IGFBP6	P24592	240 aa	Predicted RBP	13.2	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	KLRC2	P26717	231 aa		13.2	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	NPTX2	P47972	431 aa		13.2	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	GLUD2	P49448	558 aa		13.2	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	SIGLEC14	Q08ET2	396 aa		13.2	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	PPP2R5A	Q15172	486 aa		13.2	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	RILPL1	Q5EBL4	403 aa		13.2	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	FUT10	Q6P4F1	479 aa		13.2	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	C1orf186	Q6ZWK4	172 aa		13.2	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	GPR149	Q86SP6	731 aa		13.2	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	CABP7	Q86V35	215 aa		13.2	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	GPR65	Q8IYL9	337 aa		13.2	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	CMAS	Q8NFW8	434 aa	Predicted RBP	13.2	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	PNMA5	Q96PV4	448 aa		13.2	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	ARHGAP28	Q9P2N2	729 aa		13.2	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	ADAM28	Q9UKQ2	775 aa		13.2	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	CASTOR2	A6NHX0	329 aa		13.19	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	HIP1R	O75146	1068 aa		13.19	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	KIF4A	O95239	1232 aa		13.19	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	HOXD11	P31277	338 aa	Predicted RBP	13.19	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	EFNA5	P52803	228 aa		13.19	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	TUSC3	Q13454	348 aa		13.19	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	HSP90AA2P	Q14568	343 aa	Predicted RBP	13.19	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	RTP2	Q5QGT7	225 aa		13.19	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	KRT79	Q5XKE5	535 aa		13.19	□□□□□ -0.3

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