RNA–Protein interactions for RNA: YGR003W

CUL3, Transcript of Ubiquitin-protein ligase, yeast

Gene CUL3, Length 2,235 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CUL3	YGR003W	YDR286C	Q05530	114 aa		0.89	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	RDL2	Q08742	149 aa	Known RBP	0.89	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	YAL063C-A	Q3E791	96 aa		0.89	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	YKL187C	P34231	750 aa		0.89	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	SLM1	P40485	686 aa		0.89	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	YGL118C	P53132	145 aa		0.89	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	RCF1	Q03713	159 aa		0.89	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	YMR111C	Q04461	462 aa	Predicted RBP	0.89	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	MRX9	Q07349	420 aa	Known RBP	0.89	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	TDH2	P00358	332 aa	Known RBP	0.88	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	TDH3	P00359	332 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.88	□□□□□ -2.27	not detected
CUL3	YGR003W	PPQ1	P32945	549 aa		0.88	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	TKL2	P33315	681 aa		0.88	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	ECM14	P38836	430 aa		0.88	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	HIT1	P46973	164 aa		0.88	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	SHE4	P51534	789 aa		0.88	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	TAF6	P53040	516 aa		0.88	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	YLR012C	Q07927	99 aa		0.88	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	YOR292C	Q08743	309 aa		0.88	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	YDR262W	Q12331	272 aa		0.88	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	RPL18A	P0CX49	186 aa	Known RBP	0.88	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	RPL18B	P0CX50	186 aa	Known RBP	0.88	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	KRE1	P17260	313 aa		0.88	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	MIG1	P27705	504 aa		0.88	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	YEL043W	P32618	956 aa		0.88	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	KTI12	P34253	313 aa	Known RBP	0.88	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	GDT1	P38301	280 aa	Predicted RBP	0.88	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	MED6	P38782	295 aa		0.88	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	YFR045W	P43617	309 aa		0.88	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	FYV8	P46949	817 aa	Known RBP	0.88	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	YGL114W	P53134	725 aa		0.88	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	MIX17	Q03667	156 aa		0.88	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	RRB1	Q04225	511 aa	Known RBP	0.88	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	SGT2	Q12118	346 aa	Known RBP	0.88	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	TRM10	Q12400	293 aa		0.88	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	TFC7	Q12415	435 aa		0.88	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	PRM4	Q12498	284 aa		0.88	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	GAL3	P13045	520 aa		0.87	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	HPR1	P17629	752 aa	Known RBP	0.87	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	SUR1	P33300	382 aa		0.87	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	YBL081W	P38180	368 aa	Known RBP	0.87	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	YPC1	P38298	316 aa		0.87	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	SOP4	P39543	234 aa	Predicted RBP	0.87	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	UFD1	P53044	361 aa		0.87	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	HCH1	P53834	153 aa		0.87	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	YPL080C	Q02826	108 aa		0.87	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	VTI1	Q04338	217 aa		0.87	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	BUR2	Q05949	395 aa		0.87	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	NBL1	Q3E7Y6	73 aa		0.87	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	RGS2	Q99188	309 aa		0.87	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	MET2	P08465	486 aa		0.87	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	INO2	P26798	304 aa		0.87	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	ASP1	P38986	381 aa	Predicted RBP	0.87	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	YGL088W	P53151	121 aa		0.87	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	YGR168C	P53293	376 aa		0.87	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	YNL146W	P53906	100 aa		0.87	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	ABZ2	Q03266	374 aa		0.87	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	UBX2	Q04228	584 aa		0.87	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	SEC13	Q04491	297 aa	Known RBP	0.87	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	CLP1	Q08685	445 aa	Predicted RBP	0.87	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	YPR063C	Q12160	140 aa		0.87	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	ERP3	Q12403	225 aa		0.87	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	CBP2	P03874	630 aa	Predicted RBP	0.86	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	YPS1	P32329	569 aa		0.86	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	VPH1	P32563	840 aa	Known RBP	0.86	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	SMI1	P32566	505 aa		0.86	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	PCL7	P40186	285 aa		0.86	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	AIM20	P40451	204 aa		0.86	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	MIC19	P43594	170 aa		0.86	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	YNL040W	P53960	456 aa	Predicted RBP	0.86	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	RVB1	Q03940	463 aa	Known RBP	0.86	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	FEX1	Q08913	375 aa		0.86	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	FEX2	Q08991	375 aa		0.86	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	MEI5	P32489	222 aa		0.85	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	SWI3	P32591	825 aa		0.85	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	CTM1	P38818	585 aa		0.85	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	YER188W	P40103	239 aa		0.85	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	PIR5	P46999	287 aa		0.85	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	YGR016W	P53209	190 aa		0.85	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	OKP1	P53298	406 aa		0.85	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	PRO2	P54885	456 aa	Known RBP	0.85	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	OSH6	Q02201	448 aa		0.85	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	YPL113C	Q02961	396 aa		0.85	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	RLP24	Q07915	199 aa	Known RBP	0.85	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	PGC1	Q08959	321 aa		0.85	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	PAA1	Q12447	191 aa	Known RBP	0.85	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	YPR096C	O13587	100 aa		0.85	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	TPM1	P17536	199 aa	Known RBP	0.85	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	UTR5	P32630	166 aa		0.85	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	UIP5	P36137	443 aa		0.85	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	FET3	P38993	636 aa		0.85	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	EDC2	P40023	145 aa	Predicted RBP	0.85	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	YIL054W	P40524	105 aa		0.85	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	ECO1	P43605	281 aa		0.85	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	SNX41	Q04053	625 aa		0.85	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	TAZ1	Q06510	381 aa		0.85	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	YPL278C	Q08990	100 aa		0.85	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	ERD1	P16151	362 aa		0.84	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	VMA5	P31412	392 aa	Known RBP	0.84	□□□□□ -2.27
CUL3	YGR003W	MCH2	P36032	473 aa		0.84	□□□□□ -2.27

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