RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000555961.1

NEK9-208, Transcript of NIMA related kinase 9, human

TSL 3

Gene NEK9, Length 288 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NEK9-208	ENST00000555961	TYW1B	Q6NUM6	668 aa		4.71	□□□□□ -1.66
NEK9-208	ENST00000555961	CADPS2	Q86UW7	1296 aa		4.71	□□□□□ -1.66
NEK9-208	ENST00000555961	MRPL50	Q8N5N7	158 aa	Known RBP	4.71	□□□□□ -1.66
NEK9-208	ENST00000555961	EMILIN3	Q9NT22	766 aa		4.71	□□□□□ -1.66
NEK9-208	ENST00000555961	KRTAP1-3	Q8IUG1	177 aa		4.7	□□□□□ -1.66
NEK9-208	ENST00000555961	ADAM33	Q9BZ11	813 aa		4.7	□□□□□ -1.66
NEK9-208	ENST00000555961	WDR70	Q9NW82	654 aa		4.7	□□□□□ -1.66
NEK9-208	ENST00000555961		A0A0G2JS52	829 aa		4.69	□□□□□ -1.66
NEK9-208	ENST00000555961	KRTAP9-1	A8MXZ3	250 aa	Predicted RBP	4.69	□□□□□ -1.66
NEK9-208	ENST00000555961	PPP1R3G	B7ZBB8	358 aa		4.69	□□□□□ -1.66
NEK9-208	ENST00000555961	DPYSL4	O14531	572 aa		4.69	□□□□□ -1.66
NEK9-208	ENST00000555961	PHF14	O94880	888 aa		4.69	□□□□□ -1.66
NEK9-208	ENST00000555961	CFAP44	Q96MT7	982 aa		4.69	□□□□□ -1.66
NEK9-208	ENST00000555961	EPAS1	Q99814	870 aa		4.69	□□□□□ -1.66
NEK9-208	ENST00000555961	ZBED2	Q9BTP6	218 aa		4.69	□□□□□ -1.66
NEK9-208	ENST00000555961	PTPN5	P54829	565 aa		4.68	□□□□□ -1.66
NEK9-208	ENST00000555961	CAMK2B	Q13554	666 aa		4.68	□□□□□ -1.66
NEK9-208	ENST00000555961	PAXIP1	Q6ZW49	1069 aa	Predicted RBP	4.68	□□□□□ -1.66
NEK9-208	ENST00000555961	WNT2B	Q93097	391 aa		4.68	□□□□□ -1.66
NEK9-208	ENST00000555961	PCDHGA10	Q9Y5H3	936 aa		4.68	□□□□□ -1.66
NEK9-208	ENST00000555961	IFFO2	Q5TF58	517 aa		4.67	□□□□□ -1.66
NEK9-208	ENST00000555961	ANKK1	Q8NFD2	765 aa		4.67	□□□□□ -1.66
NEK9-208	ENST00000555961	RTN4	Q9NQC3	1192 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
NEK9-208	ENST00000555961	SPDYE16	A6NNV3	312 aa	Predicted RBP	4.66	□□□□□ -1.66
NEK9-208	ENST00000555961	RABGEF1	Q9UJ41	708 aa		4.66	□□□□□ -1.66
NEK9-208	ENST00000555961	THSD4	Q6ZMP0	1018 aa		4.65	□□□□□ -1.67
NEK9-208	ENST00000555961	DDX12P	Q92771	950 aa		4.65	□□□□□ -1.67
NEK9-208	ENST00000555961	RBM33	Q96EV2	1170 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.67
NEK9-208	ENST00000555961	KRTAP9-2	Q9BYQ4	174 aa		4.65	□□□□□ -1.67
NEK9-208	ENST00000555961	KRTAP9-6	A0A140TA67	174 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NEK9-208	ENST00000555961	BHMG1	C9JSJ3	638 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
NEK9-208	ENST00000555961	MAP3K7	O43318	606 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NEK9-208	ENST00000555961	NBR1	Q14596	966 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NEK9-208	ENST00000555961	E2F4	Q16254	413 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NEK9-208	ENST00000555961	C6orf132	Q5T0Z8	1188 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NEK9-208	ENST00000555961	LAPTM4B	Q86VI4	370 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NEK9-208	ENST00000555961	ONECUT3	O60422	494 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
NEK9-208	ENST00000555961	COL9A1	P20849	921 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NEK9-208	ENST00000555961	PDIA6	Q15084	440 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NEK9-208	ENST00000555961	PROX2	Q3B8N5	592 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NEK9-208	ENST00000555961	KIAA1468	Q9P260	1216 aa		4.62	□□□□□ -1.67
NEK9-208	ENST00000555961	TRIM6-TRIM34	B2RNG4	842 aa		4.61	□□□□□ -1.67
NEK9-208	ENST00000555961	EN1	Q05925	392 aa	Predicted RBP	4.61	□□□□□ -1.67
NEK9-208	ENST00000555961	NYAP1	Q6ZVC0	841 aa		4.61	□□□□□ -1.67
NEK9-208	ENST00000555961	PACS2	Q86VP3	889 aa		4.61	□□□□□ -1.67
NEK9-208	ENST00000555961	GRXCR2	A6NFK2	248 aa		4.6	□□□□□ -1.67
NEK9-208	ENST00000555961	GFRA3	O60609	400 aa		4.6	□□□□□ -1.67
NEK9-208	ENST00000555961	FAM98C	Q17RN3	349 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
NEK9-208	ENST00000555961	CERK	Q8TCT0	537 aa		4.6	□□□□□ -1.67
NEK9-208	ENST00000555961	LRCH3	Q96II8	777 aa		4.6	□□□□□ -1.67
NEK9-208	ENST00000555961	SEPT9	Q9UHD8	586 aa	Predicted RBP	4.6	□□□□□ -1.67
NEK9-208	ENST00000555961	SOWAHB	A6NEL2	793 aa		4.59	□□□□□ -1.67
NEK9-208	ENST00000555961	ZFR	Q96KR1	1074 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
NEK9-208	ENST00000555961	CDKN2AIP	Q9NXV6	580 aa	Predicted RBP	4.59	□□□□□ -1.67
NEK9-208	ENST00000555961	NBPF26	B4DH59	902 aa		4.58	□□□□□ -1.68
NEK9-208	ENST00000555961	BCAM	P50895	628 aa		4.58	□□□□□ -1.68
NEK9-208	ENST00000555961	HDGF	P51858	240 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
NEK9-208	ENST00000555961	TREML4	Q6UXN2	200 aa		4.58	□□□□□ -1.68
NEK9-208	ENST00000555961	ARIH1	Q9Y4X5	557 aa	Predicted RBP	4.58	□□□□□ -1.68
NEK9-208	ENST00000555961	TSR1	Q2NL82	804 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
NEK9-208	ENST00000555961	PSMG3-AS1	Q96PY0	264 aa		4.57	□□□□□ -1.68
NEK9-208	ENST00000555961	SLC4A3	P48751	1232 aa		4.56	□□□□□ -1.68
NEK9-208	ENST00000555961	PRSS12	P56730	875 aa		4.56	□□□□□ -1.68
NEK9-208	ENST00000555961	XP32	Q5T750	250 aa		4.56	□□□□□ -1.68
NEK9-208	ENST00000555961	CDCA7L	Q96GN5	454 aa		4.56	□□□□□ -1.68
NEK9-208	ENST00000555961	TSR3	Q9UJK0	312 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
NEK9-208	ENST00000555961	HPS5	Q9UPZ3	1129 aa		4.56	□□□□□ -1.68
NEK9-208	ENST00000555961	PPP4C	P60510	307 aa		4.55	□□□□□ -1.68
NEK9-208	ENST00000555961	INSM1	Q01101	510 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
NEK9-208	ENST00000555961	KCNC4	Q03721	635 aa		4.55	□□□□□ -1.68
NEK9-208	ENST00000555961	NECTIN2	Q92692	538 aa		4.55	□□□□□ -1.68
NEK9-208	ENST00000555961	WBP1L	Q9NX94	342 aa		4.55	□□□□□ -1.68
NEK9-208	ENST00000555961	TSKS	Q9UJT2	592 aa		4.55	□□□□□ -1.68
NEK9-208	ENST00000555961	PNMA3	Q9UL41	463 aa		4.55	□□□□□ -1.68
NEK9-208	ENST00000555961	RNF40	O75150	1001 aa		4.54	□□□□□ -1.68
NEK9-208	ENST00000555961	ITGBL1	O95965	494 aa	Predicted RBP	4.53	□□□□□ -1.68
NEK9-208	ENST00000555961	P3H3	Q8IVL6	736 aa		4.53	□□□□□ -1.68
NEK9-208	ENST00000555961	ARHGEF1	Q92888	912 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
NEK9-208	ENST00000555961	RBM27	Q9P2N5	1060 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
NEK9-208	ENST00000555961	BTBD11	A6QL63	1104 aa		4.52	□□□□□ -1.69
NEK9-208	ENST00000555961	SMAP	O00193	183 aa		4.52	□□□□□ -1.69
NEK9-208	ENST00000555961	OSBP	P22059	807 aa		4.52	□□□□□ -1.69
NEK9-208	ENST00000555961	SAMD7	Q7Z3H4	446 aa		4.52	□□□□□ -1.69
NEK9-208	ENST00000555961	TATDN2	Q93075	761 aa		4.52	□□□□□ -1.69
NEK9-208	ENST00000555961	TSHZ2	Q9NRE2	1034 aa		4.52	□□□□□ -1.69
NEK9-208	ENST00000555961	SLC24A1	O60721	1099 aa		4.51	□□□□□ -1.69
NEK9-208	ENST00000555961	LCE2A	Q5TA79	106 aa	Predicted RBP	4.51	□□□□□ -1.69
NEK9-208	ENST00000555961	NUDT18	Q6ZVK8	323 aa		4.51	□□□□□ -1.69
NEK9-208	ENST00000555961	CDHR5	Q9HBB8	845 aa		4.51	□□□□□ -1.69
NEK9-208	ENST00000555961	PRIM1	P49642	420 aa	Known RBP	4.5	□□□□□ -1.69
NEK9-208	ENST00000555961	LCE3B	Q5TA77	95 aa		4.5	□□□□□ -1.69
NEK9-208	ENST00000555961	SLF2	Q8IX21	1173 aa		4.5	□□□□□ -1.69
NEK9-208	ENST00000555961	KRTAP4-8	A0A0G2JLE6	195 aa		4.49	□□□□□ -1.69
NEK9-208	ENST00000555961	PADI6	Q6TGC4	694 aa		4.49	□□□□□ -1.69
NEK9-208	ENST00000555961	KCNV2	Q8TDN2	545 aa		4.49	□□□□□ -1.69
NEK9-208	ENST00000555961	FAM198A	Q9UFP1	575 aa		4.49	□□□□□ -1.69
NEK9-208	ENST00000555961	NUTM2F	A1L443	756 aa		4.48	□□□□□ -1.69
NEK9-208	ENST00000555961	PRR14	Q9BWN1	585 aa		4.48	□□□□□ -1.69
NEK9-208	ENST00000555961	IL21	Q9HBE4	155 aa		4.48	□□□□□ -1.69
NEK9-208	ENST00000555961	NRG2	O14511	850 aa	Predicted RBP	4.47	□□□□□ -1.69

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 22.3 ms