RNA–Protein interactions for RNA: YML046W

PRP39, Transcript of U1 snRNP protein involved in splicing, yeast

Gene PRP39, Length 1,890 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
PRP39	YML046W	PPH22	P23595	377 aa		0.43	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	EXG1	P23776	448 aa	Known RBP	0.43	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	RHB1	P25378	209 aa		0.43	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	SEC66	P33754	206 aa		0.43	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	YEL057C	P39983	233 aa		0.43	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	COS4	P43542	379 aa		0.43	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	YJR008W	P47085	338 aa		0.43	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	BIO3	P50277	480 aa		0.43	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	NCA2	Q12374	616 aa		0.43	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	YDR524C-B	Q3E6R4	66 aa		0.43	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	UTP10	P42945	1769 aa	Known RBP	0.42	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	CFT1	Q06632	1357 aa	Known RBP	0.42	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	CAP2	P13517	287 aa		0.42	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	MET28	P40573	187 aa		0.42	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	FMS1	P50264	508 aa		0.42	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	RSM10	Q03201	203 aa		0.42	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	MIX17	Q03667	156 aa		0.42	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	VTI1	Q04338	217 aa		0.42	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	YDL114W	Q07530	308 aa		0.42	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	NSE1	Q07913	336 aa		0.42	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	YCR024C-B	Q3E7Z8	88 aa		0.42	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	SEC63	P14906	663 aa		0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	OCA4	P25366	362 aa		0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	BEM1	P29366	551 aa		0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	MKK1	P32490	508 aa		0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	SKT5	P34226	696 aa		0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	SOR1	P35497	357 aa	Known RBP	0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	MUD2	P36084	527 aa	Known RBP	0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	LSM12	P38828	187 aa	Known RBP	0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	RRT13	P40042	185 aa		0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	ASG7	P46993	209 aa		0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	SOR2	Q07786	357 aa		0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	ATG34	Q12292	412 aa		0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	PMD1	P32634	1753 aa		0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	SEM1	O94742	89 aa		0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	GCN4	P03069	281 aa		0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	DBF4	P32325	704 aa		0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	SPS19	P32573	292 aa	Known RBP	0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	ALK2	P32789	676 aa	Predicted RBP	0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	TKL2	P33315	681 aa		0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	FRM2	P37261	193 aa		0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	SDH4	P37298	181 aa		0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	SMP1	P38128	452 aa		0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	YBL081W	P38180	368 aa	Known RBP	0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	RFC3	P38629	340 aa		0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	RRP4	P38792	359 aa	Known RBP	0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	IES5	P40060	125 aa		0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	MOB1	P40484	314 aa		0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	MNP1	P53163	194 aa	Predicted RBP	0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	RNH201	P53942	307 aa		0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	YLR177W	Q06251	628 aa		0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	PLB3	Q08108	686 aa		0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	YOL024W	Q08172	172 aa		0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	YDL199C	Q12407	687 aa		0.41	□□□□□ -2.34
PRP39	YML046W	RPL3	P14126	387 aa	Known RBP	0.4	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	KRE2	P27809	442 aa		0.4	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	YKR032W	P36127	104 aa		0.4	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	YBR241C	P38142	488 aa		0.4	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	OTU2	P38747	307 aa	Known RBP	0.4	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	TOS3	P43637	560 aa		0.4	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	TRM112	P53738	135 aa	Predicted RBP	0.4	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	VPS75	P53853	264 aa		0.4	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	ASA1	Q06822	443 aa		0.4	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	SIL1	Q08199	421 aa		0.4	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	PCL9	Q12477	304 aa		0.4	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	STE2	D6VTK4	431 aa		0.39	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	MET8	P15807	274 aa		0.39	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	FUN26	P31381	517 aa		0.39	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	RRN10	P38204	145 aa		0.39	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	VMA13	P41807	478 aa	Known RBP	0.39	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	PHO86	P46956	311 aa		0.39	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	BAT2	P47176	376 aa	Known RBP	0.39	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	LIF1	P53150	421 aa		0.39	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	REX2	P54964	269 aa	Known RBP	0.39	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	PRP38	Q00723	242 aa	Predicted RBP	0.39	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	STD1	Q02794	444 aa		0.39	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	MMT1	Q03218	510 aa		0.39	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	MSC3	Q05812	728 aa		0.39	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	DIS3	Q08162	1001 aa	Known RBP	0.39	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	LDS2	Q08218	356 aa		0.39	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	POT1	P27796	417 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.39	□□□□□ -2.35	not detected
PRP39	YML046W	RAD23	P32628	398 aa	Known RBP	0.39	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	CSE1	P33307	960 aa		0.39	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	MMS4	P38257	691 aa		0.39	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	JHD2	P47156	728 aa	Predicted RBP	0.39	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	YGL088W	P53151	121 aa		0.39	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	MDM1	Q01846	1127 aa		0.39	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	RQC1	Q05468	723 aa	Known RBP	0.39	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	MDM30	Q05930	598 aa		0.39	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	VTA1	Q06263	330 aa		0.39	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	MMR1	Q06324	491 aa		0.39	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	YDR018C	Q12185	396 aa		0.39	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	FRE8	Q12209	686 aa		0.39	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	YOL085C	Q99345	113 aa		0.39	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	FLO11	P08640	1367 aa		0.38	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	SCEI	P03882	235 aa		0.38	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	ATP1	P07251	545 aa	Known RBP	0.38	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	RPS23A	P0CX29	145 aa	Known RBP	0.38	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	RPS23B	P0CX30	145 aa		0.38	□□□□□ -2.35
PRP39	YML046W	MIG1	P27705	504 aa		0.38	□□□□□ -2.35

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