RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000476519.1

SYNE1-223, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 4

Gene SYNE1, Length 582 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-223	ENST00000476519	PIK3AP1	Q6ZUJ8	805 aa		13.57	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	SLC24A5	Q71RS6	500 aa		13.57	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	LINC01465	Q8N7H1	131 aa		13.57	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	GJA10	Q969M2	543 aa		13.57	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	PLVAP	Q9BX97	442 aa		13.57	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	RGS18	Q9NS28	235 aa		13.57	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	PCDHB7	Q9Y5E2	793 aa		13.57	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	SLC37A4	O43826	429 aa		13.56	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	CCNT1	O60563	726 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	STBD1	O95210	358 aa		13.56	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	VTN	P04004	478 aa		13.56	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	EIF4B	P23588	611 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	KRT2	P35908	639 aa		13.56	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	SARS	P49591	514 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	NLRP11	P59045	1033 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	PSMC5	P62195	406 aa		13.56	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	TBC1D8B	Q0IIM8	1120 aa		13.56	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	UGCG	Q16739	394 aa		13.56	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	NAALADL2	Q58DX5	795 aa		13.56	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	CMTR2	Q8IYT2	770 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	NSUN7	Q8NE18	718 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	OXER1	Q8TDS5	423 aa		13.56	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	TMEM40	Q8WWA1	233 aa		13.56	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	ADAM2	Q99965	735 aa		13.56	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	JPH2	Q9BR39	696 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	C11orf84	Q9BUA3	381 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	LMAN2L	Q9H0V9	348 aa		13.56	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	ADAMTS10	Q9H324	1103 aa		13.56	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	GJB4	Q9NTQ9	266 aa		13.56	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	LRFN2	Q9ULH4	789 aa		13.56	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	LIMCH1	Q9UPQ0	1083 aa		13.56	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	AKT3	Q9Y243	479 aa		13.56	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	GBF1	Q92538	1859 aa		13.56	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	ADGRA3	Q8IWK6	1321 aa		13.56	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	REV3L	O60673	3130 aa		13.55	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	DENND3	A2RUS2	1198 aa		13.55	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	DDX11L8	A8MPP1	907 aa		13.55	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	MARCH6	O60337	910 aa		13.55	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	BAG4	O95429	457 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	P4HB	P07237	508 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	LINC00271	P0C7V0	271 aa		13.55	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	CTNNB1	P35222	781 aa		13.55	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	QARS	P47897	775 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	DNM2	P50570	870 aa		13.55	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	CLCN3	P51790	818 aa		13.55	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	TFF2	Q03403	129 aa		13.55	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	TRIM29	Q14134	588 aa		13.55	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	TIGD5	Q53EQ6	642 aa		13.55	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	FAM228A	Q86W67	206 aa		13.55	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	EXOC8	Q8IYI6	725 aa		13.55	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	SLFN12	Q8IYM2	578 aa		13.55	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	HAS1	Q92839	578 aa		13.55	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	TNFRSF25	Q93038	417 aa		13.55	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	OSMR	Q99650	979 aa		13.55	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	VAV3	Q9UKW4	847 aa		13.55	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	PPME1	Q9Y570	386 aa		13.55	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	COL4A6	Q14031	1691 aa		13.54	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	PPAN-P2RY11	A0A0B4J1V8	794 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	IGKV6-21	A0A0C4DH24	114 aa		13.54	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519		C9IYK1	514 aa		13.54	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	TNFRSF10A	O00220	468 aa		13.54	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	NCK2	O43639	380 aa		13.54	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	LARGE1	O95461	756 aa		13.54	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	MMP1	P03956	469 aa		13.54	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	ZSCAN20	P17040	1043 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	EPHA7	Q15375	998 aa		13.54	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	LRRC71	Q8N4P6	559 aa		13.54	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	BANK1	Q8NDB2	785 aa		13.54	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	ADAMTS19	Q8TE59	1207 aa		13.54	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	P2RX5	Q93086	422 aa		13.54	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	CEP89	Q96ST8	783 aa		13.54	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	UHRF1	Q96T88	793 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	LLPH	Q9BRT6	129 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	ELAC1	Q9H777	363 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	SEPT9	Q9UHD8	586 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	TTC3	P53804	2025 aa		13.54	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	MICAL3	Q7RTP6	2002 aa		13.54	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	BTBD18	B2RXH4	712 aa		13.53	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	EML1	O00423	815 aa		13.53	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	MGEA5	O60502	916 aa		13.53	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	MAF	O75444	373 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	DARS	P14868	501 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	GPC3	P51654	580 aa		13.53	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	NR5A1	Q13285	461 aa		13.53	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	DSC3	Q14574	896 aa		13.53	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	MTERF2	Q49AM1	385 aa		13.53	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	EARS2	Q5JPH6	523 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	ANO5	Q75V66	913 aa		13.53	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	C4orf19	Q8IY42	314 aa		13.53	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	ZSCAN31	Q96LW9	406 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	GCOM2	Q9BZD3	368 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	ATP6V0A4	Q9HBG4	840 aa		13.53	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	TMEM161A	Q9NX61	479 aa		13.53	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	PLAGL2	Q9UPG8	496 aa		13.53	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	MRPL42	Q9Y6G3	142 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	JAK2	O60674	1132 aa		13.52	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	DTNB	O60941	627 aa		13.52	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	SAFB	Q15424	915 aa	Known RBP eCLIP	13.52	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	OTUD6A	Q7L8S5	288 aa		13.52	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	ZNF410	Q86VK4	478 aa		13.52	□□□□□ -0.25

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