RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000464454.1

CLK1-208, Transcript of CDC like kinase 1, human

TSL 2

Gene CLK1, Length 484 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLK1-208	ENST00000464454	KANK2	Q63ZY3	851 aa		5.7	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	SLFN12L	Q6IEE8	588 aa		5.7	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	ESRP1	Q6NXG1	681 aa	Known RBP	5.7	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	LRSAM1	Q6UWE0	723 aa		5.7	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	DDX42	Q86XP3	938 aa	Known RBP eCLIP	5.7	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	LGI4	Q8N135	537 aa		5.7	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	AFAP1L2	Q8N4X5	818 aa		5.7	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	ATL2	Q8NHH9	583 aa		5.7	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	RPGR	Q92834	1020 aa	Known RBP	5.7	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	TUBGCP5	Q96RT8	1024 aa		5.7	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	XYLT2	Q9H1B5	865 aa		5.7	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	SPTLC3	Q9NUV7	552 aa		5.7	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454		A0A0G2JNJ9	132 aa		5.69	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	OTOL1	A6NHN0	477 aa	Predicted RBP	5.69	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	ULK1	O75385	1050 aa		5.69	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	CDK11B	P21127	795 aa	Known RBP	5.69	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	ETV4	P43268	484 aa		5.69	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	SMAD3	P84022	425 aa	Known RBP	5.69	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	STRN3	Q13033	797 aa		5.69	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	TOP3A	Q13472	1001 aa	Predicted RBP	5.69	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	ZNF568	Q3ZCX4	644 aa		5.69	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	ATP13A4	Q4VNC1	1196 aa		5.69	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	PRAMEF9	Q5VWM5	478 aa		5.69	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	GRAMD4	Q6IC98	578 aa		5.69	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	TTLL10	Q6ZVT0	673 aa		5.69	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	STRA8	Q7Z7C7	330 aa		5.69	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	RALYL	Q86SE5	291 aa	Known RBP	5.69	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	ZNF610	Q8N9Z0	462 aa		5.69	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	CARD11	Q9BXL7	1154 aa		5.69	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	KATNBL1	Q9H079	304 aa		5.69	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	ZMAT4	Q9H898	229 aa		5.69	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	EMC7	Q9NPA0	242 aa		5.69	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454		Q9UFV3	132 aa		5.69	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	TGM5	O43548	720 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	RAB11FIP3	O75154	756 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	HMGCR	P04035	888 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	BCAR1	P56945	870 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	CD83	Q01151	205 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	MOGS	Q13724	837 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	USP10	Q14694	798 aa	Known RBP	5.68	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	DDB1	Q16531	1140 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	ERICH6B	Q5W0A0	696 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	TMEM200B	Q69YZ2	307 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	RPUSD2	Q8IZ73	545 aa	Known RBP	5.68	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	ZDHHC14	Q8IZN3	488 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	PRPF38A	Q8NAV1	312 aa	Known RBP	5.68	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	SLC5A5	Q92911	643 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	MBD6	Q96DN6	1003 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	TEPSIN	Q96N21	525 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	FAM126A	Q9BYI3	521 aa	Predicted RBP	5.68	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	KRTAP4-11	Q9BYQ6	195 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	ZDHHC5	Q9C0B5	715 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	RTEL1	Q9NZ71	1219 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	ZDHHC9	Q9Y397	364 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	ADAMTS20	P59510	1910 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	ALG1L2	C9J202	215 aa		5.67	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	EYA4	O95677	639 aa		5.67	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	CSF2RB	P32927	897 aa		5.67	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	ADCY8	P40145	1251 aa		5.67	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	RGS3	P49796	1198 aa		5.67	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	EIF4H	Q15056	248 aa	Known RBP	5.67	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	TERF2	Q15554	542 aa		5.67	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	ZMAT1	Q5H9K5	638 aa		5.67	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	ZFYVE27	Q5T4F4	411 aa		5.67	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	LCE4A	Q5TA78	99 aa		5.67	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	ESPNL	Q6ZVH7	1005 aa		5.67	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	KBTBD2	Q8IY47	623 aa		5.67	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	RTF1	Q92541	710 aa	Known RBP	5.67	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	HOMER2	Q9NSB8	354 aa		5.67	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	ST20-MTHFS	A0A0A6YYL1	179 aa		5.66	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	ZC3H11B	A0A1B0GUI2	810 aa	Predicted RBP	5.66	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	NEMP1	O14524	444 aa		5.66	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	HOXA5	P20719	270 aa		5.66	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	CNR2	P34972	360 aa		5.66	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	CDKN1C	P49918	316 aa	Predicted RBP	5.66	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	MEOX1	P50221	254 aa		5.66	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	KCNQ1	P51787	676 aa		5.66	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	SESN3	P58005	492 aa		5.66	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	ADCY2	Q08462	1091 aa		5.66	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	FAP	Q12884	760 aa		5.66	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	UBXN11	Q5T124	520 aa		5.66	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	KIAA1841	Q6NSI8	718 aa		5.66	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	FRMD7	Q6ZUT3	714 aa		5.66	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	WDR66	Q8TBY9	1149 aa		5.66	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	FERMT2	Q96AC1	680 aa		5.66	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	TYW1	Q9NV66	732 aa	Known RBP	5.66	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	DDX56	Q9NY93	547 aa	Known RBP	5.66	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	KCMF1	Q9P0J7	381 aa		5.66	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	KCNG1	Q9UIX4	513 aa		5.66	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	MSRA	Q9UJ68	235 aa		5.66	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	B4GALT3	O60512	393 aa		5.65	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	PRPF6	O94906	941 aa	Known RBP	5.65	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	APOL3	O95236	402 aa		5.65	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	SESN2	P58004	480 aa	Predicted RBP	5.65	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	EVA1C	P58658	441 aa		5.65	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	STAT4	Q14765	748 aa		5.65	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	MYBPC3	Q14896	1274 aa		5.65	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	NFIX	Q14938	502 aa		5.65	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	DGKD	Q16760	1214 aa		5.65	□□□□□ -1.5
CLK1-208	ENST00000464454	BROX	Q5VW32	411 aa		5.65	□□□□□ -1.5

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