RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000481019.5

PTPRF-213, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 459 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-213	ENST00000481019	CAGE1	Q8TC20	777 aa		13.8	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	FOXP1	Q9H334	677 aa	Predicted RBP	13.8	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	DISC1	Q9NRI5	854 aa		13.8	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	WRAP73	Q9P2S5	460 aa	Predicted RBP	13.8	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	NRCAM	Q92823	1304 aa		13.8	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	IGSF9B	Q9UPX0	1349 aa		13.8	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	KAT6A	Q92794	2004 aa		13.8	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	CTSH	P09668	335 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	U2AF2	P26368	475 aa	Known RBP eCLIP	13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	SAFB	Q15424	915 aa	Known RBP eCLIP	13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	ZNF174	Q15697	407 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	FAM160B1	Q5W0V3	765 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	OTOP2	Q7RTS6	562 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	MIER3	Q7Z3K6	550 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	NOSTRIN	Q8IVI9	506 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	RETREG2	Q8NC44	543 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	ATP8B4	Q8TF62	1192 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	RNPC3	Q96LT9	517 aa	Known RBP	13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	MTMR9	Q96QG7	549 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	FOXD4L1	Q9NU39	408 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	CHMP5	Q9NZZ3	219 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	SMC3	Q9UQE7	1217 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	SAMM50	Q9Y512	469 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	MYH9	P35579	1960 aa	Known RBP	13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	CDH23	Q9H251	3354 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	GRXCR1	A8MXD5	290 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	PDC	P20941	246 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	MCM7	P33993	719 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	NUCB2	P80303	420 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	PRKCE	Q02156	737 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	MGAT3	Q09327	533 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	PPP2R5C	Q13362	524 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	LRIT3	Q3SXY7	679 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	C4orf32	Q8N8J7	132 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	BANK1	Q8NDB2	785 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	DNAJB3	Q8WWF6	145 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	HERVK_113	Q902F9	699 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	FAM20A	Q96MK3	541 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	TUBE1	Q9UJT0	475 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-213	ENST00000481019	TBX3	O15119	743 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	NEMF	O60524	1076 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	FGB	P02675	491 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	CHRNA1	P02708	482 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	CXCL10	P02778	98 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	GNAT1	P11488	350 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	JAK3	P52333	1124 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	PTPRS	Q13332	1948 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	CALCRL	Q16602	461 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	MTHFD1L	Q6UB35	978 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	CKAP2L	Q8IYA6	745 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	CCDC155	Q8N6L0	562 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	NAP1L4	Q99733	375 aa	Known RBP	13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	SH2D3A	Q9BRG2	576 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	FAM49A	Q9H0Q0	323 aa	Predicted RBP	13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	RGL1	Q9NZL6	768 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	RRN3P2	A6NIE6	340 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	RSPH10B2	B2RC85	870 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	ZBTB39	O15060	712 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	HBP1	O60381	514 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	C22orf31	O95567	290 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	OAT	P04181	439 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	RSPH10B	P0C881	870 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	KLRC1	P26715	233 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	SFN	P31947	248 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	RFC2	P35250	354 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	TXK	P42681	527 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	SLC26A2	P50443	739 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	TMEM62	Q0P6H9	643 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	FAM26D	Q5JW98	314 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	TTC38	Q5R3I4	469 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	NCAPH2	Q6IBW4	605 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	PSRC1	Q6PGN9	363 aa	Predicted RBP	13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	ZNF579	Q8NAF0	562 aa	Known RBP	13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	RDM1	Q8NG50	284 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	CEP89	Q96ST8	783 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	FTO	Q9C0B1	505 aa	Known RBP eCLIP	13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	TCEAL9	Q9UHQ7	104 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	PCDHB6	Q9Y5E3	794 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	PCDHA2	Q9Y5H9	948 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	EVPL	Q92817	2033 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	PBX2	P40425	430 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	GNL2	Q13823	731 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	TARBP2	Q15633	366 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	ZNF484	Q5JVG2	852 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	LARP1B	Q659C4	914 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	MCTP1	Q6DN14	999 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	ANO5	Q75V66	913 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	TMCO2	Q7Z6W1	182 aa	Predicted RBP	13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	RPAIN	Q86UA6	219 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	RPUSD2	Q8IZ73	545 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	KIAA0319L	Q8IZA0	1049 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	BBX	Q8WY36	941 aa	Predicted RBP	13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	DYDC2	Q96IM9	177 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	CDHR5	Q9HBB8	845 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	CHD7	Q9P2D1	2997 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	GBF1	Q92538	1859 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	COL1A2	P08123	1366 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019		A0A087WWV3	80 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	POTEM	A6NI47	508 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-213	ENST00000481019	MARCH6	O60337	910 aa		13.74	□□□□□ -0.21

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