RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000476519.1

SYNE1-223, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 4

Gene SYNE1, Length 582 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-223	ENST00000476519	SKAP1	Q86WV1	359 aa		13.94	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	RPUSD2	Q8IZ73	545 aa	Known RBP	13.94	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	FANCB	Q8NB91	859 aa		13.94	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	AFG1L	Q8WV93	481 aa		13.94	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	PPP1R12C	Q9BZL4	782 aa		13.94	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	IL23A	Q9NPF7	189 aa		13.94	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	SEC63	Q9UGP8	760 aa	Known RBP	13.94	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	STXBP5L	Q9Y2K9	1186 aa		13.94	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	MRVI1	Q9Y6F6	885 aa		13.94	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	COL6A3	P12111	3177 aa		13.93	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	PIK3CD	O00329	1044 aa		13.93	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	PPFIA4	O75335	1185 aa		13.93	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	STAM2	O75886	525 aa		13.93	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	MYCL	P12524	364 aa	Predicted RBP	13.93	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	CCND2	P30279	289 aa		13.93	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	EXOSC10	Q01780	885 aa	Known RBP	13.93	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	KRT32	Q14532	448 aa		13.93	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	PGM5	Q15124	567 aa		13.93	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	DGKD	Q16760	1214 aa		13.93	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	TMEM240	Q5SV17	173 aa		13.93	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	PSRC1	Q6PGN9	363 aa	Predicted RBP	13.93	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	DHX32	Q7L7V1	743 aa	Known RBP	13.93	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	SRBD1	Q8N5C6	995 aa	Known RBP	13.93	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	BUD13	Q9BRD0	619 aa	Known RBP eCLIP	13.93	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	MYL10	Q9BUA6	226 aa		13.93	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	NOC4L	Q9BVI4	516 aa	Known RBP	13.93	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	RGS20	O76081	388 aa		13.92	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	MMP3	P08254	477 aa		13.92	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	HMGB1	P09429	215 aa	Known RBP	13.92	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	ZNF697	Q5TEC3	545 aa		13.92	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	RASIP1	Q5U651	963 aa		13.92	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	XRRA1	Q6P2D8	792 aa		13.92	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	SESTD1	Q86VW0	696 aa		13.92	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	FCHSD1	Q86WN1	690 aa		13.92	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	DHX37	Q8IY37	1157 aa	Known RBP	13.92	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	PPTC7	Q8NI37	304 aa		13.92	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	CUL5	Q93034	780 aa		13.92	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	SEMA6B	Q9H3T3	888 aa		13.92	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	TRMT13	Q9NUP7	481 aa	Known RBP	13.92	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	TMEM265	A0A087WTH1	108 aa		13.91	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	FGB	P02675	491 aa		13.91	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	COL9A3	Q14050	684 aa	Predicted RBP	13.91	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	GNPTAB	Q3T906	1256 aa		13.91	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	FAM47C	Q5HY64	1035 aa		13.91	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	CELF3	Q5SZQ8	465 aa	Known RBP	13.91	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	MYSM1	Q5VVJ2	828 aa		13.91	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	ZNF365	Q70YC5	407 aa		13.91	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	TEX2	Q8IWB9	1127 aa		13.91	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	RASEF	Q8IZ41	740 aa		13.91	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	PIBF1	Q8WXW3	757 aa		13.91	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	HERVK_113	Q902F9	699 aa		13.91	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	MTIF3	Q9H2K0	278 aa	Known RBP	13.91	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	PLEKHA8P1	O95397	391 aa		13.9	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	PFKM	P08237	780 aa		13.9	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	ACR	P10323	421 aa		13.9	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	CYP2C9	P11712	490 aa		13.9	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	HOXD8	P13378	290 aa	Predicted RBP	13.9	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	ICAM3	P32942	547 aa		13.9	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	CCL23	P55773	120 aa		13.9	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	BFSP2	Q13515	415 aa		13.9	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	TMTC3	Q6ZXV5	915 aa		13.9	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	RETREG2	Q8NC44	543 aa		13.9	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	SMARCC2	Q8TAQ2	1214 aa		13.9	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	KAT2B	Q92831	832 aa		13.9	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	KCNB2	Q92953	911 aa		13.9	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	KATNAL1	Q9BW62	490 aa		13.9	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	LRRC2	Q9BYS8	371 aa		13.9	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	PSTPIP2	Q9H939	334 aa		13.9	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	RBM28	Q9NW13	759 aa	Known RBP	13.9	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	LCT	P09848	1927 aa		13.9	□□□□□ -0.18
SYNE1-223	ENST00000476519	FRMPD4	Q14CM0	1322 aa		13.9	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	SPATA31C2	B4DYI2	1134 aa		13.89	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	PITPNM1	O00562	1244 aa		13.89	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	MEIS2	O14770	477 aa		13.89	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	RXRA	P19793	462 aa		13.89	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	RFC2	P35250	354 aa		13.89	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	RCAN1	P53805	252 aa		13.89	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	MRPS9	P82933	396 aa	Known RBP	13.89	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	SP2	Q02086	613 aa		13.89	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	NEDD9	Q14511	834 aa		13.89	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	USP17L6P	Q6QN14	398 aa		13.89	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	CMTR1	Q8N1G2	835 aa	Known RBP	13.89	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	IL31RA	Q8NI17	732 aa		13.89	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	SPATA33	Q96N06	139 aa		13.89	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	INPP4A	Q96PE3	977 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	WNT8A	Q9H1J5	351 aa		13.89	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	MLXIP	Q9HAP2	919 aa		13.89	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	NOD1	Q9Y239	953 aa		13.89	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	LTBP2	Q14767	1821 aa		13.89	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	UMODL1	Q5DID0	1318 aa		13.89	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	BAZ2B	Q9UIF8	2168 aa	Known RBP	13.88	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	LRRC37A2	A6NM11	1700 aa		13.88	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	ZBTB43	O43298	467 aa		13.88	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	GGPS1	O95749	300 aa		13.88	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	F2	P00734	622 aa		13.88	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	NEFL	P07196	543 aa		13.88	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	PTGIS	Q16647	500 aa		13.88	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	ADCK5	Q3MIX3	580 aa		13.88	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	PCNX4	Q63HM2	1172 aa		13.88	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	APOA5	Q6Q788	366 aa		13.88	□□□□□ -0.19

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