RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568169.5

TCF4-238, Transcript of transcription factor 4, human

TSL 5

Gene TCF4, Length 870 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TCF4-238	ENST00000568169	RANBP6	O60518	1105 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	ARHGEF15	O94989	841 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	FGR	P09769	529 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	PTPN11	Q06124	597 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	BRDT	Q58F21	947 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	FAM47C	Q5HY64	1035 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	SYDE2	Q5VT97	1194 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	KRT40	Q6A162	431 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	HERC6	Q8IVU3	1022 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	RETREG2	Q8NC44	543 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	CLEC4D	Q8WXI8	215 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	TRANK1	O15050	2925 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	RAD50	Q92878	1312 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	PTPDC1	A2A3K4	754 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	KIF28P	B7ZC32	967 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	TLL1	O43897	1013 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	EDNRB	P24530	442 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	PPP2R5B	Q15173	497 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	SLC30A10	Q6XR72	485 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	RNF207	Q6ZRF8	634 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	OTUD7A	Q8TE49	926 aa	Predicted RBP	13.43	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	SCFD2	Q8WU76	684 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	PPP1R13L	Q8WUF5	828 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	ARNTL2	Q8WYA1	636 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	EPHX3	Q9H6B9	360 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	PNMA2	Q9UL42	364 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	ARIH1	Q9Y4X5	557 aa	Predicted RBP	13.43	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	REV3L	O60673	3130 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	LPXN	O60711	386 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	BAIAP3	O94812	1187 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	TOP1	P11387	765 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	CALML3	P27482	149 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	RPS6	P62753	249 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	PDE4D	Q08499	809 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	GRB10	Q13322	594 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	BFSP2	Q13515	415 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	ALX1	Q15699	326 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	DNER	Q8NFT8	737 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	COPS5	Q92905	334 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	TMEM47	Q9BQJ4	181 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	LRFN3	Q9BTN0	628 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	FTO	Q9C0B1	505 aa	Known RBP eCLIP	13.42	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	GPCPD1	Q9NPB8	672 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	TCP11L1	Q9NUJ3	509 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	MUC6	Q6W4X9	2439 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	FRMPD2	Q68DX3	1309 aa	Predicted RBP	13.41	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	WDR19	Q8NEZ3	1342 aa		13.41	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	MICAL3	Q7RTP6	2002 aa		13.41	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	VPS53	Q5VIR6	699 aa		13.41	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	HLA-C	Q95604	372 aa		13.41	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	CTAGE1	Q96RT6	745 aa		13.41	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	MPHOSPH6	Q99547	160 aa	Known RBP	13.41	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	TXN	P10599	105 aa	Known RBP	13.4	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	PDHB	P11177	359 aa		13.4	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	GPNMB	Q14956	572 aa		13.4	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	CCDC62	Q6P9F0	684 aa		13.4	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	SPRED2	Q7Z698	418 aa		13.4	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	AFAP1L1	Q8TED9	768 aa		13.4	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	NOD1	Q9Y239	953 aa		13.4	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	MYO7A	Q13402	2215 aa		13.4	□□□□□ -0.26
TCF4-238	ENST00000568169	PIEZO1	Q92508	2521 aa		13.39	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169		B4DLN1	442 aa		13.39	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	ARIH2	O95376	493 aa		13.39	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	SNHG28	P0DPA3	235 aa		13.39	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	MX1	P20591	662 aa		13.39	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	KCNJ6	P48051	423 aa		13.39	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	MRPL12	P52815	198 aa	Known RBP	13.39	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	WDR5	P61964	334 aa	Known RBP	13.39	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	ZNF543	Q08ER8	600 aa		13.39	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	PTGIS	Q16647	500 aa		13.39	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	SESTD1	Q86VW0	696 aa		13.39	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	CAGE1	Q8TC20	777 aa		13.39	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	LMCD1	Q9NZU5	365 aa		13.39	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	SALL3	Q9BXA9	1300 aa		13.39	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	LCHN	A4D1U4	455 aa		13.38	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	FGA	P02671	866 aa		13.38	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	SELP	P16109	830 aa		13.38	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	RBL2	Q08999	1139 aa		13.38	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	RRP12	Q5JTH9	1297 aa	Known RBP	13.38	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	TMEM31	Q5JXX7	168 aa		13.38	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	GDF6	Q6KF10	455 aa	Predicted RBP	13.38	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	CCDC155	Q8N6L0	562 aa		13.38	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	RGS22	Q8NE09	1264 aa		13.38	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	AFG1L	Q8WV93	481 aa		13.38	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	TTC14	Q96N46	770 aa		13.38	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	MAF1	Q9H063	256 aa		13.38	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	HELLS	Q9NRZ9	838 aa		13.38	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	TOMM22	Q9NS69	142 aa		13.38	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	PCDHB15	Q9Y5E8	787 aa		13.38	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	KAT6A	Q92794	2004 aa		13.37	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	GPR37L1	O60883	481 aa		13.37	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	PARN	O95453	639 aa	Known RBP	13.37	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	CXCL10	P02778	98 aa		13.37	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	MMP3	P08254	477 aa		13.37	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	LRRC8D	Q7L1W4	858 aa		13.37	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	TMCO2	Q7Z6W1	182 aa	Predicted RBP	13.37	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	DHX38	Q92620	1227 aa	Known RBP	13.37	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	KAT2B	Q92831	832 aa		13.37	□□□□□ -0.27
TCF4-238	ENST00000568169	KHSRP	Q92945	711 aa	Known RBP eCLIP	13.37	□□□□□ -0.27	2e-6	■■■□□ 17.4
TCF4-238	ENST00000568169	EVI5L	Q96CN4	794 aa		13.37	□□□□□ -0.27

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