RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565379.1

NME3-208, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, human

TSL 2

Gene NME3, Length 911 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME3-208	ENST00000565379	ATN1	P54259	1190 aa	Predicted RBP	29.85	■■■□□ 2.37
NME3-208	ENST00000565379	HMGN5	P82970	282 aa	Known RBP	29.85	■■■□□ 2.37
NME3-208	ENST00000565379	ST3GAL1	Q11201	340 aa		29.85	■■■□□ 2.37
NME3-208	ENST00000565379	CCDC12	Q8WUD4	166 aa	Predicted RBP	29.85	■■■□□ 2.37
NME3-208	ENST00000565379	MAP3K20	Q9NYL2	800 aa	Known RBP	29.85	■■■□□ 2.37
NME3-208	ENST00000565379	DIS3	Q9Y2L1	958 aa	Known RBP	29.85	■■■□□ 2.37
NME3-208	ENST00000565379	SOX1	O00570	391 aa	Predicted RBP	29.84	■■■□□ 2.37
NME3-208	ENST00000565379	ZNF865	P0CJ78	1059 aa	Predicted RBP	29.84	■■■□□ 2.37
NME3-208	ENST00000565379	HEATR3	Q7Z4Q2	680 aa		29.84	■■■□□ 2.37
NME3-208	ENST00000565379	DDX11	Q96FC9	970 aa		29.84	■■■□□ 2.37
NME3-208	ENST00000565379	BARHL2	Q9NY43	387 aa		29.84	■■■□□ 2.37
NME3-208	ENST00000565379	ZSCAN21	Q9Y5A6	473 aa	Predicted RBP	29.84	■■■□□ 2.37
NME3-208	ENST00000565379	MCM3AP	O60318	1980 aa		29.83	■■■□□ 2.37
NME3-208	ENST00000565379	hCG_1642624	A0A1W2PR95	340 aa		29.83	■■■□□ 2.37
NME3-208	ENST00000565379	PTPDC1	A2A3K4	754 aa		29.83	■■■□□ 2.37
NME3-208	ENST00000565379	DNM1L	O00429	736 aa		29.83	■■■□□ 2.37
NME3-208	ENST00000565379	SNAI1	O95863	264 aa	Predicted RBP	29.83	■■■□□ 2.37
NME3-208	ENST00000565379	PKN1	Q16512	942 aa		29.83	■■■□□ 2.37
NME3-208	ENST00000565379	SMARCC2	Q8TAQ2	1214 aa		29.83	■■■□□ 2.37
NME3-208	ENST00000565379	GLT8D2	Q9H1C3	349 aa		29.83	■■■□□ 2.37
NME3-208	ENST00000565379	SH3GLB2	Q9NR46	395 aa		29.83	■■■□□ 2.37
NME3-208	ENST00000565379	ORC3	Q9UBD5	711 aa	Predicted RBP	29.83	■■■□□ 2.37
NME3-208	ENST00000565379	XBP1	P17861	261 aa		29.82	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	CUL4A	Q13619	759 aa		29.82	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	CLEC4D	Q8WXI8	215 aa		29.82	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	DDX49	Q9Y6V7	483 aa	Known RBP	29.82	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	CNTN2	Q02246	1040 aa		29.81	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	LRRC41	Q15345	812 aa		29.81	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	MUM1L1	Q5H9M0	696 aa		29.81	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	WWC2	Q6AWC2	1192 aa		29.81	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	ANKRD35	Q8N283	1001 aa		29.81	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	CCDC148	Q8NFR7	591 aa		29.81	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	LRCH3	Q96II8	777 aa		29.81	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	KIF3A	Q9Y496	699 aa		29.81	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	PGK1	P00558	417 aa		29.8	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	MAGEA10	P43363	369 aa	Predicted RBP	29.8	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	NAPA	P54920	295 aa		29.8	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	GHRHR	Q02643	423 aa		29.8	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	INTS4	Q96HW7	963 aa	Known RBP	29.8	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	MYH6	P13533	1939 aa		29.8	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	STXBP3	O00186	592 aa		29.79	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	FERMT2	Q96AC1	680 aa		29.79	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	A1CF	Q9NQ94	594 aa	Known RBP	29.79	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	NRBP1	Q9UHY1	535 aa		29.79	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	ESYT2	A0FGR8	921 aa		29.78	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	NFIB	O00712	420 aa		29.78	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	BECN1	Q14457	450 aa		29.78	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	RNF207	Q6ZRF8	634 aa		29.78	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	ARRDC4	Q8NCT1	418 aa		29.78	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	GPKOW	Q92917	476 aa	Predicted RBP eCLIP	29.78	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	ZHX1	Q9UKY1	873 aa	Predicted RBP	29.78	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	ADCY6	O43306	1168 aa		29.77	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	JAK2	O60674	1132 aa		29.77	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	PPFIA3	O75145	1194 aa		29.77	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	ADCYAP1R1	P41586	468 aa		29.77	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	MRPL12	P52815	198 aa	Known RBP	29.77	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	RTP1	P59025	263 aa		29.77	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	IRX5	P78411	483 aa	Predicted RBP	29.77	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	GPR153	Q6NV75	609 aa		29.77	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	MAMDC4	Q6UXC1	1216 aa		29.77	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	NSMF	Q6X4W1	530 aa		29.77	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	FAM184A	Q8NB25	1140 aa		29.77	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	PSTPIP2	Q9H939	334 aa		29.77	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	XPNPEP3	Q9NQH7	507 aa		29.77	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	CYP39A1	Q9NYL5	469 aa		29.77	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	CNPY2	Q9Y2B0	182 aa		29.77	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	ASTN1	O14525	1302 aa		29.76	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	SYNGAP1	Q96PV0	1343 aa		29.76	■■■□□ 2.36
NME3-208	ENST00000565379	KBTBD13	C9JR72	458 aa		29.76	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	RARB	P10826	455 aa		29.76	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	FDPS	P14324	419 aa	Known RBP	29.76	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	GNA11	P29992	359 aa		29.76	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	CUL5	Q93034	780 aa		29.76	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	PURB	Q96QR8	312 aa	Known RBP	29.76	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	ALG1	Q9BT22	464 aa		29.76	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	CDKN2AIP	Q9NXV6	580 aa	Predicted RBP	29.76	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	SOWAHB	A6NEL2	793 aa		29.75	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	GCOM1	H8Y6P7	765 aa	Predicted RBP	29.75	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	PIK3CD	O00329	1044 aa		29.75	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	POLR2M	P0CAP2	368 aa		29.75	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	HSD17B4	P51659	736 aa		29.75	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	LRIT3	Q3SXY7	679 aa		29.75	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	GALNT17	Q6IS24	598 aa		29.75	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	TDH	Q8IZJ6	230 aa		29.75	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	FAM133A	Q8N9E0	248 aa		29.75	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	UBE2O	Q9C0C9	1292 aa	Known RBP	29.75	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	ZMYND12	Q9H0C1	365 aa		29.75	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	C6orf50	Q9HD87	102 aa		29.75	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	SMC3	Q9UQE7	1217 aa		29.75	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	SMCO2	A6NFE2	343 aa		29.74	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	OPLAH	O14841	1288 aa		29.74	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	AKR1A1	P14550	325 aa		29.74	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	ADCY7	P51828	1080 aa		29.74	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	MCTP2	Q6DN12	878 aa		29.74	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	ARMCX2	Q7L311	632 aa		29.74	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	ZNF467	Q7Z7K2	595 aa	Predicted RBP	29.74	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	BICD2	Q8TD16	824 aa		29.74	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	RIC8A	Q9NPQ8	531 aa		29.74	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	ATP11B	Q9Y2G3	1177 aa		29.74	■■■□□ 2.35
NME3-208	ENST00000565379	LCT	P09848	1927 aa		29.74	■■■□□ 2.35

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