RNA–Protein interactions for RNA: YLR132C

USB1, Transcript of Putative phosphodiesterase specific for U6 snRNA 3' end modification, yeast

Gene USB1, Length 873 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
USB1	YLR132C	ARE2	P53629	642 aa	Known RBP	4.12	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	IPI3	P53877	555 aa		4.12	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	RSM23	Q01163	450 aa		4.12	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	IZH1	Q03419	316 aa		4.12	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	SPC19	Q03954	165 aa		4.12	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	PUF2	Q12221	1075 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.12	□□□□□ -1.75	not detected
USB1	YLR132C	YLR419W	Q06698	1435 aa	Known RBP	4.12	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	PUT2	P07275	575 aa		4.11	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	ART10	P18634	518 aa	Known RBP	4.11	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	BUD5	P25300	642 aa	Predicted RBP	4.11	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	RGT1	P32862	1170 aa		4.11	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	RPL32	P38061	130 aa	Known RBP	4.11	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	CIN4	P39110	191 aa		4.11	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	DUG3	P53871	357 aa		4.11	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	NUP53	Q03790	475 aa		4.11	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	YMR160W	Q03823	816 aa		4.11	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	YOL159C	Q08300	171 aa		4.11	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	BUD7	Q08754	746 aa		4.11	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	MHP1	P43638	1398 aa		4.11	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	ARG3	P05150	338 aa		4.1	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	SNF3	P10870	884 aa		4.1	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	ATO2	P32907	282 aa		4.1	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	MFT1	P33441	392 aa	Known RBP	4.1	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	YPK3	P38070	525 aa		4.1	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	SPO22	P40511	975 aa		4.1	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	YIL060W	P40519	144 aa		4.1	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	MAF1	P41910	395 aa		4.1	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	IRC6	P43615	237 aa		4.1	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	TIM10	P87108	93 aa		4.1	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	YVH1	Q02256	364 aa	Known RBP	4.1	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	FIN1	Q03898	291 aa		4.1	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	DSE3	Q08729	430 aa		4.1	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	YPL272C	Q08984	517 aa		4.1	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	BUG1	Q12191	341 aa		4.1	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	GAL80	P04387	435 aa		4.09	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	RPS24A	P0CX31	135 aa	Known RBP	4.09	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	RPS24B	P0CX32	135 aa	Known RBP	4.09	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	KGD1	P20967	1014 aa	Known RBP	4.09	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	PAP1	P29468	568 aa	Known RBP	4.09	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	SNC1	P31109	117 aa		4.09	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	YME1	P32795	747 aa		4.09	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	PDR3	P33200	976 aa		4.09	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	TCD2	P36101	447 aa	Known RBP	4.09	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	NUP133	P36161	1157 aa		4.09	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	SRO77	P38163	1010 aa		4.09	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	MUM2	P38236	366 aa		4.09	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	RRP3	P38712	501 aa	Known RBP	4.09	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	UBA4	P38820	440 aa		4.09	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	CCT6	P39079	546 aa		4.09	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	PCL6	P40038	420 aa		4.09	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	APT1	P49435	187 aa	Known RBP	4.09	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	YGL082W	P53155	381 aa		4.09	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	YGR126W	P53274	230 aa		4.09	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	YDR239C	Q03780	787 aa		4.09	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	YLR281C	Q05863	155 aa		4.09	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	YLR287C	Q05881	355 aa		4.09	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	SSK1	Q07084	712 aa		4.09	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	RIM20	Q12033	661 aa		4.09	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	CKA1	P15790	372 aa		4.08	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	GID7	P25569	745 aa		4.08	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	YKL023W	P36103	277 aa	Known RBP	4.08	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	LAG1	P38703	411 aa		4.08	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	GND1	P38720	489 aa	Known RBP	4.08	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	PHO90	P39535	881 aa		4.08	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	HXT9	P40885	567 aa		4.08	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	IMD4	P50094	524 aa	Known RBP	4.08	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	SOL4	P53315	255 aa		4.08	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	YDR415C	Q04033	374 aa	Predicted RBP	4.08	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	ADE13	Q05911	482 aa	Known RBP	4.08	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	SNA4	Q07549	140 aa		4.08	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	SFI1	Q12369	946 aa		4.08	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	SIR4	P11978	1358 aa		4.07	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	RPL42A	P0CX27	106 aa	Known RBP	4.07	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	RPL42B	P0CX28	106 aa	Known RBP	4.07	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	RED1	P14291	827 aa		4.07	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	SYN8	P31377	255 aa		4.07	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	YNK1	P36010	153 aa	Known RBP	4.07	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	CST26	P38226	397 aa		4.07	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	MSR1	P38714	643 aa		4.07	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	MET28	P40573	187 aa		4.07	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	ROK1	P45818	564 aa	Predicted RBP	4.07	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	RPS10B	P46784	105 aa	Known RBP	4.07	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	SNG1	P46950	547 aa		4.07	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	HOS2	P53096	452 aa	Predicted RBP	4.07	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	SMM1	P53720	384 aa	Known RBP	4.07	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	SHR3	Q02774	210 aa		4.07	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	EKI1	Q03764	534 aa		4.07	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	SRL1	Q08673	210 aa		4.07	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	RPS10A	Q08745	105 aa	Predicted RBP	4.07	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	HSH49	Q99181	213 aa	Predicted RBP	4.07	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	RPO41	P13433	1351 aa	Known RBP	4.06	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	POM152	P39685	1337 aa		4.06	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	MRP13	P12686	339 aa		4.06	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	FUR1	P18562	216 aa	Known RBP	4.06	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	MCM4	P30665	933 aa	Known RBP	4.06	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	TIF3	P34167	436 aa	Known RBP	4.06	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	GCS1	P35197	352 aa		4.06	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	MIC60	P36112	540 aa		4.06	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	VID24	P38263	362 aa		4.06	□□□□□ -1.76
USB1	YLR132C	LEU5	P38702	357 aa		4.06	□□□□□ -1.76

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