RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000589706.1

SMAD4-208, Transcript of SMAD family member 4, human

TSL 3

Gene SMAD4, Length 563 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SMAD4-208	ENST00000589706	TFCP2L1	Q9NZI6	479 aa		7.18	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	SUCO	Q9UBS9	1254 aa	Known RBP	7.18	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	PLAA	Q9Y263	795 aa		7.18	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	TNS2	Q63HR2	1409 aa		7.18	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	CCDC163	A0A0D9SF12	145 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	MEGF11	A6BM72	1044 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	GOLGA6L3	A6NEY3	463 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	DLL1	O00548	723 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	TERT	O14746	1132 aa	Known RBP	7.17	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	NAT2	P11245	290 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	GBP1	P32455	592 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	FSTL1	Q12841	308 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	NKG7	Q16617	165 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	C21orf62-AS1	Q17RA5	79 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	SV2C	Q496J9	727 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	CDC37L1	Q7L3B6	337 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	PPFIBP1	Q86W92	1011 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	C16orf71	Q8IYS4	520 aa	Predicted RBP	7.17	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	RPUSD2	Q8IZ73	545 aa	Known RBP	7.17	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	KCT2	Q8NC54	265 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	AP4E1	Q9UPM8	1137 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	QSER1	Q2KHR3	1735 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	MARCH6	O60337	910 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	UBOX5	O94941	541 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	GC	P02774	474 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	TP53	P04637	393 aa	Predicted RBP	7.16	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	VIL1	P09327	827 aa	Known RBP	7.16	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	HCLS1	P14317	486 aa	Predicted RBP	7.16	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	TTLL4	Q14679	1199 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	FBXO11	Q86XK2	927 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	DHX37	Q8IY37	1157 aa	Known RBP	7.16	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	IRF7	Q92985	503 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	APBA2	Q99767	749 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	C14orf93	Q9H972	538 aa	Known RBP	7.16	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	CYP4F12	Q9HCS2	524 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	FAM86C1	Q9NVL1	165 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	ISY1	Q9ULR0	285 aa	Known RBP	7.16	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	LAS1L	Q9Y4W2	734 aa	Known RBP	7.16	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	TULP4	Q9NRJ4	1543 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706		A0A1W2PQU0	124 aa		7.15	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	ANKRD34B	A5PLL1	514 aa		7.15	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	WISP1	O95388	367 aa		7.15	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	SLURP2	P0DP57	97 aa		7.15	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	CAP2	P40123	477 aa		7.15	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	DMTN	Q08495	405 aa		7.15	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	TDRD10	Q5VZ19	366 aa	Known RBP	7.15	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	KRT26	Q7Z3Y9	468 aa		7.15	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	SMG8	Q8ND04	991 aa	Known RBP	7.15	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	BAHD1	Q8TBE0	780 aa	Predicted RBP	7.15	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	SMARCC1	Q92922	1105 aa	Predicted RBP	7.15	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	NINJ1	Q92982	152 aa		7.15	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	TRIM44	Q96DX7	344 aa	Predicted RBP	7.15	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	DPH2	Q9BQC3	489 aa	Predicted RBP	7.15	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	GTPBP4	Q9BZE4	634 aa	Known RBP	7.15	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	RNF208	Q9H0X6	261 aa		7.15	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	SUGCT	Q9HAC7	445 aa		7.15	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	SUSD2	Q9UGT4	822 aa		7.15	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	EIF3A	Q14152	1382 aa	Known RBP	7.15	□□□□□ -1.26
SMAD4-208	ENST00000589706	PIK3C2G	O75747	1445 aa		7.15	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	NHS	Q6T4R5	1651 aa		7.15	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706		A0A0A0MRY4	1105 aa		7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706		C9IYK1	514 aa		7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	BRD4	O60885	1362 aa	Predicted RBP	7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	CLEC3A	O75596	197 aa		7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	USP19	O94966	1318 aa		7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	CST3	P01034	146 aa	Predicted RBP	7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	CELA2B	P08218	269 aa	Predicted RBP	7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	ADH5	P11766	374 aa		7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	PTMS	P20962	102 aa		7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	L1CAM	P32004	1257 aa		7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	USP6	P35125	1406 aa		7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	DGKG	P49619	791 aa		7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	SOX4	Q06945	474 aa	Predicted RBP	7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	SLC20A2	Q08357	652 aa		7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	SLBP	Q14493	270 aa	Known RBP eCLIP	7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	FOXB2	Q5VYV0	432 aa		7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	HEATR6	Q6AI08	1181 aa	Known RBP	7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	KIAA1211	Q6ZU35	1233 aa		7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	UBE3D	Q7Z6J8	389 aa		7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	COL23A1	Q86Y22	540 aa	Predicted RBP	7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	FMR1NB	Q8N0W7	255 aa	Predicted RBP	7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	CYB5D2	Q8WUJ1	264 aa		7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	KISS1R	Q969F8	398 aa	Predicted RBP	7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	MFSD3	Q96ES6	412 aa		7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	EXOC2	Q96KP1	924 aa		7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	CDC6	Q99741	560 aa		7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	HAUS7	Q99871	368 aa		7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	DHRS4	Q9BTZ2	278 aa		7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	CSTF2T	Q9H0L4	616 aa	Known RBP eCLIP	7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	TMEM51	Q9NW97	253 aa		7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	DDX56	Q9NY93	547 aa	Known RBP	7.14	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	BTAF1	O14981	1849 aa		7.13	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	WNK3	Q9BYP7	1800 aa		7.13	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	RNF123	Q5XPI4	1314 aa		7.13	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	WDR17	Q8IZU2	1322 aa		7.13	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	IGSF1	Q8N6C5	1336 aa		7.13	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	CLGN	O14967	610 aa		7.13	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	RNGTT	O60942	597 aa	Known RBP	7.13	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	RFPL3	O75679	317 aa		7.13	□□□□□ -1.27
SMAD4-208	ENST00000589706	LETM1	O95202	739 aa	Predicted RBP	7.13	□□□□□ -1.27

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