RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000561689.6

CLN3-209, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 2

Gene CLN3, Length 1,957 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-209ENST00000561689 CFBP00751 764 aa24.14■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 OR52Z1P0C646 297 aa24.14■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 AP3B2Q13367 1082 aa24.14■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 MAP1SQ66K74 1059 aaPredicted RBP24.14■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 MRPL11Q9Y3B7 192 aaKnown RBP24.14■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 RAVER2Q9HCJ3 691 aaKnown RBP24.13■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 SCN4AP35499 1836 aa24.13■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 A0A087X0B3 334 aa24.12■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 SPDYE3A6NKU9 549 aa24.12■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 SOCS7O14512 581 aa24.12■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 CDC25AP30304 524 aa24.12■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 SASS6Q6UVJ0 657 aa24.12■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 KRBA2Q6ZNG9 492 aa24.12■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 FCHSD1Q86WN1 690 aa24.12■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 CNNM3Q8NE01 707 aa24.12■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 WNK4Q96J92 1243 aa24.12■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 ABCB11O95342 1321 aa24.12■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 PIK3CDO00329 1044 aa24.12■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 LONP1P36776 959 aaKnown RBP24.12■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 PRPHP41219 470 aa24.12■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 ORC2Q13416 577 aaPredicted RBP24.12■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 ANKRD13AQ8IZ07 590 aa24.12■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 ATG4CQ96DT6 458 aa24.12■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 PPP4R3AQ6IN85 833 aa24.11■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 RBM46Q8TBY0 533 aaKnown RBP24.11■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 OTUD5Q96G74 571 aa24.11■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 RRAGCQ9HB90 399 aa24.11■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 DDX25Q9UHL0 483 aaKnown RBP24.11■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 SERTAD1Q9UHV2 236 aa24.11■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 CTDP1Q9Y5B0 961 aaPredicted RBP24.11■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 WDR90Q96KV7 1748 aa24.11■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 GCOM1H8Y6P7 765 aaPredicted RBP24.11■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 TRAF5O00463 557 aa24.11■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 VWA5AO00534 786 aa24.11■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 FOSP01100 380 aaPredicted RBP24.11■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 POLR2MP0CAP2 368 aa24.11■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 FMR1Q06787 632 aaKnown RBP eCLIP24.11■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 CALCRLQ16602 461 aa24.11■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 MCTP2Q6DN12 878 aa24.11■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 DHX58Q96C10 678 aa24.11■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 MTMR9Q96QG7 549 aa24.11■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 SMCHD1A6NHR9 2005 aa24.1■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 A0A087WWV3 80 aa24.1■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 PP2D1A8MPX8 630 aa24.1■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 ZBED4O75132 1171 aa24.1■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 ARHGAP4P98171 946 aa24.1■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 SH3D19Q5HYK7 790 aa24.1■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 HOMER2Q9NSB8 354 aa24.1■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 KIAA1468Q9P260 1216 aa24.1■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 PHIPQ8WWQ0 1821 aa24.1■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 IRF6O14896 467 aa24.09■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 ALAS1P13196 640 aa24.09■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 TXKP42681 527 aa24.09■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 USP11P51784 963 aa24.09■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 CATSPERGQ6ZRH7 1159 aa24.09■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 ZNF408Q9H9D4 720 aa24.09■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 FOXN1O15353 648 aa24.09■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 TECP42680 631 aa24.09■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 CRYGNQ8WXF5 182 aa24.09■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 ACTN4O43707 911 aaKnown RBP24.08■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 GCFC2P16383 781 aaKnown RBP24.08■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 SREBF1P36956 1147 aa24.08■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 PPATQ06203 517 aa24.08■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 PNOCQ13519 176 aa24.08■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 COG2Q14746 738 aa24.08■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 ARMC9Q7Z3E5 817 aa24.08■■□□□ 1.45
CLN3-209ENST00000561689 NFIBO00712 420 aa24.07■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 DSG3P32926 999 aa24.07■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 ANO6Q4KMQ2 910 aa24.07■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 TREML2Q5T2D2 321 aa24.07■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 ERO1BQ86YB8 467 aa24.07■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 CLEC4DQ8WXI8 215 aa24.07■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 GRAMD1CQ8IYS0 662 aa24.07■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 GJA10Q969M2 543 aa24.07■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 UIMC1Q96RL1 719 aa24.07■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 NAP1L4Q99733 375 aaKnown RBP24.07■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 MUM1L1Q5H9M0 696 aa24.06■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 OTOFQ9HC10 1997 aa24.06■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 PAPPA2Q9BXP8 1791 aa24.06■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 SPDYE5A6NIY4 337 aa24.05■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 BIN1O00499 593 aa24.05■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 FDX1P10109 184 aa24.05■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 TXLNAP40222 546 aa24.05■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 MDM2Q00987 491 aaPredicted RBP24.05■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 KARSQ15046 597 aaKnown RBP24.05■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 TEX2Q8IWB9 1127 aa24.05■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 HAS1Q92839 578 aa24.05■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 DNAJC25Q9H1X3 360 aa24.05■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 ADAMTS5Q9UNA0 930 aa24.05■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 CYP3A7-CYP3A51PA0A087WV96 503 aa24.05■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 SLFN14P0C7P3 912 aa24.05■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 CYP3A7P24462 503 aa24.05■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 UBA7P41226 1012 aa24.05■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 GADL1Q6ZQY3 521 aa24.05■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 REPS2Q8NFH8 660 aa24.05■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 MARCH6O60337 910 aa24.04■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 ZRSR1Q15695 479 aaKnown RBP24.04■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 STX1AQ16623 288 aa24.04■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 PRR16Q569H4 304 aa24.04■■□□□ 1.44
CLN3-209ENST00000561689 OPTNQ96CV9 577 aa24.04■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 25.2 ms