RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	FLRT1	Q9NZU1	646 aa		10.04	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	ZBTB5	O15062	677 aa		10.04	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	DUSP11	O75319	330 aa	Known RBP	10.04	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	GOLGA8H	P0CJ92	632 aa		10.04	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	NECTIN1	Q15223	517 aa		10.04	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	SEC23A	Q15436	765 aa		10.04	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	CUL5	Q93034	780 aa		10.04	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	VAT1L	Q9HCJ6	419 aa		10.04	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	RBM28	Q9NW13	759 aa	Known RBP	10.04	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	TACC3	Q9Y6A5	838 aa		10.04	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	RLF	Q13129	1914 aa		10.04	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	ZNF536	O15090	1300 aa		10.04	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	MOXD2P	A6NHM9	499 aa		10.03	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	NKRF	O15226	690 aa	Known RBP eCLIP	10.03	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	CABYR	O75952	493 aa		10.03	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	CALML3	P27482	149 aa		10.03	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	BAAT	Q14032	418 aa	Predicted RBP	10.03	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	TSGA10IP	Q3SY00	556 aa		10.03	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	USH1G	Q495M9	461 aa		10.03	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	IQSEC1	Q6DN90	963 aa		10.03	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	CYB5R4	Q7L1T6	521 aa		10.03	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	DHX32	Q7L7V1	743 aa	Known RBP	10.03	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	UBE2Q1	Q7Z7E8	422 aa		10.03	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	MB21D2	Q8IYB1	491 aa	Predicted RBP	10.03	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	ZNF654	Q8IZM8	581 aa		10.03	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	NSUN6	Q8TEA1	469 aa	Known RBP	10.03	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	RNF25	Q96BH1	459 aa	Predicted RBP	10.03	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	IWS1	Q96ST2	819 aa		10.03	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	LBHD1	Q9BQE6	289 aa	Predicted RBP	10.03	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	UBA5	Q9GZZ9	404 aa		10.03	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	RBM27	Q9P2N5	1060 aa	Known RBP	10.03	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285		Q9Y3F1	56 aa		10.03	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	MROH7	Q68CQ1	1323 aa		10.03	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	PARP14	Q460N5	1801 aa		10.03	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	DOCK3	Q8IZD9	2030 aa		10.02	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	PNMA6F	A0A0J9YX94	578 aa		10.02	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	PALM3	A6NDB9	673 aa	Predicted RBP	10.02	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	IGHA2	P01877	340 aa		10.02	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	RCAN1	P53805	252 aa		10.02	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	TNFAIP2	Q03169	654 aa		10.02	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	GSE1	Q14687	1217 aa		10.02	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	CCDC144CP	Q8IYA2	1237 aa		10.02	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	GLT1D1	Q96MS3	346 aa		10.02	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	SENP6	Q9GZR1	1112 aa	Predicted RBP	10.02	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	IL25	Q9H293	177 aa		10.02	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	EHMT1	Q9H9B1	1298 aa		10.02	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	PCDHA1	Q9Y5I3	950 aa		10.02	□□□□□ -0.8
USP3-208	ENST00000558285	KPNA6	O60684	536 aa		10.02	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	ZNF865	P0CJ78	1059 aa	Predicted RBP	10.02	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	SNAP25	P60880	206 aa		10.02	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	QRICH1	Q2TAL8	776 aa		10.02	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	KCNV1	Q6PIU1	500 aa		10.02	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	BLOC1S2	Q6QNY1	142 aa		10.02	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	HOMER1	Q86YM7	354 aa		10.02	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	SCFD2	Q8WU76	684 aa		10.02	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	VTI1A	Q96AJ9	217 aa		10.02	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	SPZ1	Q9BXG8	430 aa		10.02	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	GLT8D2	Q9H1C3	349 aa		10.02	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	JMJD4	Q9H9V9	463 aa		10.02	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	GPHN	Q9NQX3	736 aa	Predicted RBP	10.02	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	COL11A1	P12107	1806 aa	Predicted RBP	10.01	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	GCOM1	H8Y6P7	765 aa	Predicted RBP	10.01	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	hCG_1984214	I3L0E3	225 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	SH2B2	O14492	632 aa	Predicted RBP	10.01	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	SNAI1	O95863	264 aa	Predicted RBP	10.01	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	C6orf222	P0C671	652 aa	Predicted RBP	10.01	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	POLR2M	P0CAP2	368 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	CPT1A	P50416	773 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	ALDH5A1	P51649	535 aa	Predicted RBP	10.01	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	RPS6	P62753	249 aa	Known RBP	10.01	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	AKAP17A	Q02040	695 aa	Known RBP	10.01	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	TROAP	Q12815	778 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	TTLL4	Q14679	1199 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	LRRC41	Q15345	812 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	STXBP2	Q15833	593 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	CCDC144B	Q3MJ40	725 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	MUM1L1	Q5H9M0	696 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	PRAMEF19	Q5SWL8	479 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	ARHGEF16	Q5VV41	709 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	ZNF713	Q8N859	430 aa	Predicted RBP	10.01	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	IGDCC4	Q8TDY8	1250 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	RIOX1	Q9H6W3	641 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	LY9	Q9HBG7	655 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	MAD2L2	Q9UI95	211 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	PHF24	Q9UPV7	400 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	PDE4DIP	Q5VU43	2346 aa		10	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285		A0A1W2PPC1	479 aa		10	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	DCDC2C	A8MYV0	355 aa		10	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	NFIB	O00712	420 aa		10	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	TLR3	O15455	904 aa	Known RBP	10	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	ZBTB43	O43298	467 aa		10	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	STAM2	O75886	525 aa		10	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	CFB	P00751	764 aa		10	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	COL6A1	P12109	1028 aa		10	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	CST5	P28325	142 aa	Predicted RBP	10	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	CNTN2	Q02246	1040 aa		10	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	GNPTAB	Q3T906	1256 aa		10	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	GJC2	Q5T442	439 aa	Predicted RBP	10	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	C1orf53	Q5VUE5	145 aa		10	□□□□□ -0.81
USP3-208	ENST00000558285	CPLX2	Q6PUV4	134 aa	Known RBP	10	□□□□□ -0.81

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