RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	SEMA6B	Q9H3T3	888 aa		6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	EPB41L4A	Q9HCS5	686 aa	Predicted RBP	6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	ANAPC4	Q9UJX5	808 aa		6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	NAGPA	Q9UK23	515 aa		6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC6A14	Q9UN76	642 aa		6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	POLI	Q9UNA4	740 aa		6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	DUOX1	Q9NRD9	1551 aa		6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247		A0A1B0GUL6	1792 aa		6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	UBR3	Q6ZT12	1888 aa		6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	ELP1	O95163	1332 aa		6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	KAT6B	Q8WYB5	2073 aa		6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	RGPD3	A6NKT7	1758 aa	Predicted RBP	6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	RGPD4	Q7Z3J3	1758 aa		6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	TNRC6C	Q9HCJ0	1690 aa	Known RBP	6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247		A0A0G2JLW4	131 aa		6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	GSG1L2	A8MUP6	293 aa		6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	POLRMT	O00411	1230 aa	Known RBP	6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	BBOX1	O75936	387 aa		6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	ERCC3	P19447	782 aa		6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	PDIA3	P30101	505 aa	Known RBP	6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	HIBADH	P31937	336 aa	Known RBP	6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	SCRN1	Q12765	414 aa		6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	MCTP1	Q6DN14	999 aa		6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	SMIM5	Q71RC9	77 aa		6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	NOL8	Q76FK4	1167 aa	Known RBP	6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	TBC1D10C	Q8IV04	446 aa		6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	IFNL3	Q8IZI9	196 aa		6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	MAGEB6	Q8N7X4	407 aa		6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	NECAB1	Q8N987	351 aa		6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	NSUN7	Q8NE18	718 aa	Known RBP	6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	STAG1	Q8WVM7	1258 aa		6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	BRF1	Q92994	677 aa		6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM87B	Q96K49	555 aa		6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	BRIP1	Q9BX63	1249 aa		6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	RBCK1	Q9BYM8	510 aa		6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	C11orf16	Q9NQ32	467 aa		6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM13B	Q9NYF5	915 aa		6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	KIF3A	Q9Y496	699 aa		6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	XDH	P47989	1333 aa		6.5	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	SH2B2	O14492	632 aa	Predicted RBP	6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	PRC1	O43663	620 aa		6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	TRIM37	O94972	964 aa		6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	MBD4	O95243	580 aa		6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	MAP3K6	O95382	1288 aa		6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	CTDNEP1	O95476	244 aa		6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	ALB	P02768	609 aa		6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	SERPINB2	P05120	415 aa		6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	MZF1	P28698	734 aa	Predicted RBP	6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	LIFR	P42702	1097 aa		6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	GYG1	P46976	350 aa		6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	DGKG	P49619	791 aa		6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	ST5	P78524	1137 aa		6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	DDR1	Q08345	913 aa		6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	L1TD1	Q5T7N2	865 aa	Known RBP	6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	LARP1B	Q659C4	914 aa	Known RBP	6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	ATL3	Q6DD88	541 aa		6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	LINC00114	Q6XXX2	140 aa		6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	HFE2	Q6ZVN8	426 aa		6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	RALYL	Q86SE5	291 aa	Known RBP	6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	CERS3	Q8IU89	383 aa		6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	NLGN1	Q8N2Q7	840 aa		6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	LCORL	Q8N3X6	602 aa		6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	TDRD7	Q8NHU6	1098 aa	Known RBP	6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	GPT2	Q8TD30	523 aa		6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF384	Q8TF68	577 aa		6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	NSUN4	Q96CB9	384 aa	Known RBP	6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	TCEANC2	Q96MN5	208 aa		6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	KRTAP4-9	Q9BYQ8	210 aa		6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	NACAP1	Q9BZK3	213 aa		6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	CNNM2	Q9H8M5	875 aa		6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	EFCC1	Q9HA90	598 aa		6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM63C	Q9P1W3	806 aa		6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	ANGEL1	Q9UNK9	670 aa	Known RBP	6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	DDX49	Q9Y6V7	483 aa	Known RBP	6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	NRXN2	Q9P2S2	1712 aa		6.49	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	LRRC37A	A6NMS7	1700 aa		6.48	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	CACNA1S	Q13698	1873 aa		6.48	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	DHX16	O60231	1041 aa	Known RBP	6.48	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	COBL	O75128	1261 aa		6.48	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	PRPF40A	O75400	957 aa	Known RBP	6.48	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	IL1R1	P14778	569 aa		6.48	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	CPB1	P15086	417 aa		6.48	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	ALAS2	P22557	587 aa		6.48	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	CYP7A1	P22680	504 aa		6.48	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	MRE11	P49959	708 aa		6.48	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	UBE2H	P62256	183 aa		6.48	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	TAGLN	Q01995	201 aa	Known RBP	6.48	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	PLAUR	Q03405	335 aa		6.48	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	APOBR	Q0VD83	1088 aa		6.48	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	TRDN	Q13061	729 aa		6.48	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	REST	Q13127	1097 aa		6.48	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF827	Q17R98	1081 aa		6.48	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	SBK1	Q52WX2	424 aa		6.48	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	AKNAD1	Q5T1N1	836 aa		6.48	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	SPTY2D1	Q68D10	685 aa	Predicted RBP	6.48	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	WDR66	Q8TBY9	1149 aa		6.48	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	IGDCC4	Q8TDY8	1250 aa		6.48	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	GIPC2	Q8TF65	315 aa		6.48	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	RBM17	Q96I25	401 aa	Known RBP	6.48	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	NSUN5	Q96P11	429 aa	Known RBP	6.48	□□□□□ -1.37

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