RNA–Protein interactions for RNA: YKL049C

CSE4, Transcript of Centromere protein that resembles histone H3, yeast

Gene CSE4, Length 690 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CSE4	YKL049C	THI20	Q08224	551 aa		2.92	□□□□□ -1.94
CSE4	YKL049C	SDH5	Q08230	162 aa		2.92	□□□□□ -1.94
CSE4	YKL049C	FMP40	Q08968	688 aa	Predicted RBP	2.92	□□□□□ -1.94
CSE4	YKL049C	MRS3	P10566	314 aa		2.91	□□□□□ -1.94
CSE4	YKL049C	SUI2	P20459	304 aa	Known RBP	2.91	□□□□□ -1.94
CSE4	YKL049C	SGF29	P25554	259 aa		2.91	□□□□□ -1.94
CSE4	YKL049C	SAC6	P32599	642 aa	Known RBP	2.91	□□□□□ -1.94
CSE4	YKL049C	YKL023W	P36103	277 aa	Known RBP	2.91	□□□□□ -1.94
CSE4	YKL049C	SNG1	P46950	547 aa		2.91	□□□□□ -1.94
CSE4	YKL049C	YGR126W	P53274	230 aa		2.91	□□□□□ -1.94
CSE4	YKL049C	SHR3	Q02774	210 aa		2.91	□□□□□ -1.94
CSE4	YKL049C	MSC1	Q03104	513 aa		2.91	□□□□□ -1.94
CSE4	YKL049C	CDC45	Q08032	650 aa		2.91	□□□□□ -1.94
CSE4	YKL049C	ENT1	Q12518	454 aa		2.91	□□□□□ -1.94
CSE4	YKL049C	SEM1	O94742	89 aa		2.9	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	PEP5	P12868	1029 aa		2.9	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	CIN4	P39110	191 aa		2.9	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	DHH1	P39517	506 aa	Known RBP	2.9	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	FLC2	P39719	783 aa		2.9	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	YMR087W	Q04299	284 aa		2.9	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	GLO2	Q05584	274 aa		2.9	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	YDR056C	Q12025	205 aa		2.9	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	PPT2	Q12036	173 aa		2.9	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	NMD4	Q12129	218 aa		2.9	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	SEC53	P07283	254 aa	Known RBP	2.89	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	EST1	P17214	699 aa	Predicted RBP	2.89	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	ART10	P18634	518 aa	Known RBP	2.89	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	SAN1	P22470	610 aa		2.89	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	SGV1	P23293	657 aa	Known RBP	2.89	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	SGS1	P35187	1447 aa		2.89	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	MDM31	P38880	579 aa		2.89	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	CCT6	P39079	546 aa		2.89	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	CSM2	P40465	213 aa		2.89	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	ALT2	P52892	507 aa		2.89	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	VID30	P53076	958 aa		2.89	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	DSD1	P53095	428 aa		2.89	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	BUD32	P53323	261 aa		2.89	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	RPM2	Q02773	1202 aa		2.89	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	SVL3	Q03088	825 aa	Known RBP	2.89	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	HCR1	Q05775	265 aa	Known RBP	2.89	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	YDL057W	Q07379	328 aa		2.89	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	YEH1	Q07804	573 aa		2.89	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	YBR298C-A	Q8TGK4	73 aa		2.89	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	MRP13	P12686	339 aa		2.88	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	APE1	P14904	514 aa		2.88	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	MTF1	P14908	341 aa	Known RBP	2.88	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	AAC3	P18238	307 aa		2.88	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	NDC1	P32500	655 aa		2.88	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	PTR2	P32901	601 aa		2.88	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	SIP2	P34164	415 aa	Known RBP	2.88	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	TIF3	P34167	436 aa	Known RBP	2.88	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	SEF1	P34228	1148 aa		2.88	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	NOP4	P37838	685 aa	Known RBP	2.88	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	OSH3	P38713	996 aa	Known RBP	2.88	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	YHR210C	P38893	341 aa		2.88	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	VPS52	P39904	641 aa		2.88	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	NOP16	P40007	231 aa	Known RBP	2.88	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	ALG5	P40350	334 aa		2.88	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	TMA108	P40462	946 aa		2.88	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	IPI3	P53877	555 aa		2.88	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	NCE102	Q12207	173 aa	RIP-Chip data	2.88	□□□□□ -1.95	not detected
CSE4	YKL049C	CYB2	P00175	591 aa		2.87	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	CAR1	P00812	333 aa	Known RBP	2.87	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	RPL15A	P05748	204 aa	Known RBP	2.87	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	RTT101	P47050	842 aa		2.87	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	YJR154W	P47181	346 aa		2.87	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	UPF3	P48412	387 aa	Known RBP	2.87	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	DRN1	P53255	507 aa	Known RBP	2.87	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	SCW10	Q04951	389 aa		2.87	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	COQ9	Q05779	260 aa		2.87	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	YOR365C	Q08844	703 aa		2.87	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	RCN2	Q12044	265 aa		2.87	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	HSH49	Q99181	213 aa	Predicted RBP	2.87	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	YPT6	Q99260	215 aa		2.87	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	PEP4	P07267	405 aa	Known RBP	2.86	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	PRP16	P15938	1071 aa	Predicted RBP	2.86	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	GFD2	P25370	566 aa	Known RBP	2.86	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	BUD14	P27637	709 aa		2.86	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	ATS1	P31386	333 aa		2.86	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	KRE9	P39005	276 aa		2.86	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	RPH1	P39956	796 aa		2.86	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	ALK1	P43633	760 aa	Known RBP	2.86	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	SCD6	P45978	349 aa	Known RBP RIP-Chip data	2.86	□□□□□ -1.95	not detected
CSE4	YKL049C	MRX6	P48564	524 aa		2.86	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	YDL186W	P48568	277 aa		2.86	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	IMD4	P50094	524 aa	Known RBP	2.86	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	IMP4	P53941	290 aa	Known RBP	2.86	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	RLI1	Q03195	608 aa	Known RBP	2.86	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	ERP1	Q05359	219 aa	Known RBP	2.86	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	CTI6	Q08923	506 aa		2.86	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	SET6	Q12529	373 aa		2.86	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	RAD52	P06778	471 aa	Known RBP	2.85	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	SPC110	P32380	944 aa		2.85	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	LOS1	P33418	1100 aa	Predicted RBP	2.85	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	SHP1	P34223	423 aa		2.85	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	TCD2	P36101	447 aa	Known RBP	2.85	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	REG2	P38232	338 aa		2.85	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	RPR2	P40571	144 aa		2.85	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	YJL213W	P40896	331 aa		2.85	□□□□□ -1.95
CSE4	YKL049C	YGR066C	P53242	292 aa		2.85	□□□□□ -1.95

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