RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000621217.4

GGA3-222, Transcript of golgi associated, gamma adaptin ear containing, ARF binding protein 3, human

TSL 2

Gene GGA3, Length 4,181 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
GGA3-222	ENST00000621217	SARM1	Q6SZW1	724 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	TOGARAM2	Q6ZUX3	1019 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	EFCC1	Q9HA90	598 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	DAGLA	Q9Y4D2	1042 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	CDC25B	P30305	580 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	TUBB4B	P68371	445 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	CCZ1B	P86790	482 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	CCZ1	P86791	482 aa	Predicted RBP	10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	ZFYVE27	Q5T4F4	411 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	ANKRD13C	Q8N6S4	541 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	TSG101	Q99816	390 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	SLTM	Q9NWH9	1034 aa	Known RBP eCLIP	10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	CTAGE15	A4D2H0	777 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	IKBKB	O14920	756 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	RPN1	P04843	607 aa	Known RBP	10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	SLFN14	P0C7P3	912 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	CTAGE8	P0CG41	777 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	LRRC41	Q15345	812 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	PRR16	Q569H4	304 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	EAPP	Q56P03	285 aa	Predicted RBP	10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	CTAGE6	Q86UF2	777 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	CNGA4	Q8IV77	575 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	CTAGE4	Q8IX94	777 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	GOLGA1	Q92805	767 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	CCDC42	Q96M95	316 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	PSTPIP2	Q9H939	334 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	TRAF5	O00463	557 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	HOXA13	P31271	388 aa	Predicted RBP	10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	NFIA	Q12857	509 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	SPATA1	Q5VX52	437 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	E4F1	Q66K89	784 aa	Predicted RBP	10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	TMTC3	Q6ZXV5	915 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	TAX1BP1	Q86VP1	789 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	VSTM4	Q8IW00	320 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	ARHGEF10L	Q9HCE6	1279 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	NLRC4	Q9NPP4	1024 aa		10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	UTP3	Q9NQZ2	479 aa	Known RBP eCLIP	10.11	□□□□□ -0.79	3e-9	■■■■■ 44.2
GGA3-222	ENST00000621217	FAM208A	Q9UK61	1670 aa	Known RBP	10.11	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	TUBB	P07437	444 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	NOP2	P46087	812 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	CALCRL	Q16602	461 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	TTBK2	Q6IQ55	1244 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	FBXO38	Q6PIJ6	1188 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	CPSF2	Q9P2I0	782 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	GOLGA6L10	A0A0M3HER8	536 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	PRPF3	O43395	683 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	ALAS1	P13196	640 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	DNAJC21	Q5F1R6	531 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	EARS2	Q5JPH6	523 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	TBCK	Q8TEA7	893 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	HPS3	Q969F9	1004 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	AGXT2	Q9BYV1	514 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	FBXO2	Q9UK22	296 aa	Predicted RBP	10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	ZBTB22	O15209	634 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	FOXP2	O15409	715 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	DDAH1	O94760	285 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	BRD2	P25440	801 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	TOB1	P50616	345 aa	Predicted RBP	10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	C12orf60	Q5U649	245 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	SV2B	Q7L1I2	683 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	ZNF710	Q8N1W2	664 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	SUPT20H	Q8NEM7	779 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217		B4DLN1	442 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	USP17L15	C9J2P7	530 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	USP17L13	C9JLJ4	530 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	USP17L11	C9JVI0	530 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	USP17L18	D6R9N7	530 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	USP17L22	D6RA61	530 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	USP17L17	D6RBQ6	530 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	USP17L19	D6RCP7	530 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	USP17L20	D6RJB6	530 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	TTLL1	O95922	423 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	VEGFA	P15692	232 aa	Predicted RBP	10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	USP17L24	Q0WX57	530 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	PPP2R5B	Q15173	497 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	ALX1	Q15699	326 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	CC2D2B	Q6DHV5	1058 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	USP17L6P	Q6QN14	398 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	FOXP4	Q8IVH2	680 aa	Predicted RBP	10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	SP8	Q8IXZ3	490 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	SYCP3	Q8IZU3	236 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	TMEM260	Q9NX78	707 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	ATP6V0A2	Q9Y487	856 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	CACNA1F	O60840	1977 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	TNIP1	Q15025	636 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	NTRK3	Q16288	839 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	CCDC93	Q567U6	631 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	RABEP2	Q9H5N1	569 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	USO1	O60763	962 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	MRPS25	P82663	173 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	PTPA	Q15257	358 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	PYM1	Q9BRP8	204 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	RIOK1	Q9BRS2	568 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	FAM217B	Q9NTX9	383 aa	Predicted RBP	10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	PCDHAC2	Q9Y5I4	1007 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	PNPLA7	Q6ZV29	1317 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-222	ENST00000621217	TCRBV5S4A2T	A0A5A2	114 aa		10.08	□□□□□ -0.8
GGA3-222	ENST00000621217	TYW1B	Q6NUM6	668 aa		10.08	□□□□□ -0.8
GGA3-222	ENST00000621217	CEP112	Q8N8E3	955 aa		10.08	□□□□□ -0.8
GGA3-222	ENST00000621217	ZNF526	Q8TF50	670 aa	Predicted RBP	10.08	□□□□□ -0.8

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