RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	KBTBD13	C9JR72	458 aa		10.43	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	GOLIM4	O00461	696 aa		10.43	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	IGSF3	O75054	1194 aa		10.43	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	HOXC6	P09630	235 aa		10.43	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	CYBA	P13498	195 aa		10.43	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	ADORA2A	P29274	412 aa		10.43	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	CLK2	P49760	499 aa	Known RBP	10.43	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	PLCD1	P51178	756 aa		10.43	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	SEPT2	Q15019	361 aa		10.43	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	PTPRN	Q16849	979 aa		10.43	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	TRIM60	Q495X7	471 aa		10.43	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	SH3RF1	Q7Z6J0	888 aa		10.43	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	ARRDC4	Q8NCT1	418 aa		10.43	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	MAFA	Q8NHW3	353 aa	Predicted RBP	10.43	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	RILPL2	Q969X0	211 aa		10.43	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	HAUS7	Q99871	368 aa		10.43	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	KIAA1683	Q9H0B3	1180 aa		10.43	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	ANTXR1	Q9H6X2	564 aa		10.43	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	PAG1	Q9NWQ8	432 aa		10.43	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	SPTBN5	Q9NRC6	3674 aa	Known RBP	10.43	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	TNFRSF10A	O00220	468 aa		10.42	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	MPHOSPH10	O00566	681 aa	Known RBP	10.42	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	COBL	O75128	1261 aa		10.42	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	POLR3D	P05423	398 aa	Predicted RBP	10.42	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	GUCY1A2	P33402	732 aa		10.42	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	SHMT1	P34896	483 aa		10.42	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	ADCYAP1R1	P41586	468 aa		10.42	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	FOXC1	Q12948	553 aa		10.42	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	PLS1	Q14651	629 aa		10.42	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	LBX2	Q6XYB7	198 aa		10.42	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	TTC6	Q86TZ1	520 aa		10.42	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	PLEKHM2	Q8IWE5	1019 aa		10.42	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	EVI5L	Q96CN4	794 aa		10.42	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	MOV10L1	Q9BXT6	1211 aa	Known RBP	10.42	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	TANGO6	Q9C0B7	1094 aa		10.42	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520		A0A1W2PRG0	241 aa		10.41	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	CCNYL3	P0C7X3	344 aa		10.41	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	ERCC3	P19447	782 aa		10.41	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	COG2	Q14746	738 aa		10.41	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	TPRN	Q4KMQ1	711 aa		10.41	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	TSHZ3	Q63HK5	1081 aa		10.41	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	TMED8	Q6PL24	325 aa	Predicted RBP	10.41	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	NCAPG2	Q86XI2	1143 aa		10.41	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	OTUD7A	Q8TE49	926 aa	Predicted RBP	10.41	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	FAM117A	Q9C073	453 aa		10.41	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	SPATC1L	Q9H0A9	340 aa		10.41	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	EHD4	Q9H223	541 aa		10.41	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	TTYH1	Q9H313	450 aa	Predicted RBP	10.41	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	OSBPL3	Q9H4L5	887 aa		10.41	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	PDLIM7	Q9NR12	457 aa		10.41	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	PKD2L1	Q9P0L9	805 aa		10.41	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	TRIM43B	A6NCK2	446 aa		10.4	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	CFAP99	D6REC4	459 aa		10.4	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	SEPT4	O43236	478 aa		10.4	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	STRN	O43815	780 aa		10.4	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	FOSL2	P15408	326 aa		10.4	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	LRRC41	Q15345	812 aa		10.4	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	FAM47A	Q5JRC9	791 aa		10.4	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	KIAA1755	Q5JYT7	1200 aa		10.4	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	SLC9C2	Q5TAH2	1124 aa		10.4	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	OLFML2B	Q68BL8	750 aa		10.4	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	TRIM43	Q96BQ3	446 aa	Predicted RBP	10.4	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	FSD1	Q9BTV5	496 aa		10.4	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	HOXC10	Q9NYD6	342 aa		10.4	□□□□□ -0.74
USP4-213	ENST00000488520	REV3L	O60673	3130 aa		10.39	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	MAGEB6P1	A0A0J9YX57	407 aa		10.39	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	HIP1	O00291	1037 aa		10.39	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	IGHA2	P01877	340 aa		10.39	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	ZFY	P08048	801 aa	Predicted RBP	10.39	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	ITGB8	P26012	769 aa		10.39	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	TLE2	Q04725	743 aa		10.39	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	QPCT	Q16769	361 aa		10.39	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	CASC1	Q6TDU7	716 aa		10.39	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	CLEC10A	Q8IUN9	316 aa		10.39	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	SPICE1	Q8N0Z3	855 aa		10.39	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	SLC44A5	Q8NCS7	719 aa		10.39	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	PI4K2B	Q8TCG2	481 aa		10.39	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	RIOK1	Q9BRS2	568 aa	Known RBP	10.39	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	POLR3E	Q9NVU0	708 aa		10.39	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	MCM9	Q9NXL9	1143 aa		10.39	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	NCOR1	O75376	2440 aa		10.39	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	TTC28	Q96AY4	2481 aa		10.39	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	GREB1L	Q9C091	1923 aa	Predicted RBP	10.39	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	LILRB3	O75022	631 aa		10.38	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	FLOT1	O75955	427 aa		10.38	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	PGK1	P00558	417 aa		10.38	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	CYP2D6	P10635	497 aa		10.38	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	EPHB4	P54760	987 aa		10.38	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	SMAD3	P84022	425 aa	Known RBP	10.38	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	SNX17	Q15036	470 aa		10.38	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	TICAM2	Q86XR7	235 aa		10.38	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	CERS3	Q8IU89	383 aa		10.38	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	KBTBD3	Q8NAB2	608 aa		10.38	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	SHCBP1	Q8NEM2	672 aa		10.38	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	SDR42E1	Q8WUS8	393 aa		10.38	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	ATG4C	Q96DT6	458 aa		10.38	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	MAML3	Q96JK9	1138 aa		10.38	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	RNPC3	Q96LT9	517 aa	Known RBP	10.38	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	SLC5A4	Q9NY91	659 aa		10.38	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	SCN5A	Q14524	2016 aa		10.38	□□□□□ -0.75

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