RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000466048.6

USP54-210, Transcript of ubiquitin specific peptidase 54, humanhuman

TSL 5

Gene USP54, Length 4,674 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54-210ENST00000466048 CHD4Q14839 1912 aa8.66□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 GUCY1B3Q02153 619 aa8.66□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 RILPL1Q5EBL4 403 aa8.66□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 ANO1Q5XXA6 986 aa8.66□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 ADALQ6DHV7 355 aa8.66□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 PPFIBP1Q86W92 1011 aa8.66□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 MAP3K14Q99558 947 aa8.66□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 ZNHIT6Q9NWK9 470 aaKnown RBP8.66□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 PARP1P09874 1014 aaKnown RBP8.66□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 TRIM21P19474 475 aaKnown RBP8.66□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 MNAT1P51948 309 aa8.66□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 KIF23Q02241 960 aaPredicted RBP8.66□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 FOXP1Q9H334 677 aaPredicted RBP8.66□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 FDPSP14324 419 aaKnown RBP8.66□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 BTDP43251 543 aa8.66□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 NOLC1Q14978 699 aaKnown RBP eCLIP8.66□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 SMIM5Q71RC9 77 aa8.66□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 FSIP1Q8NA03 581 aa8.66□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 ERMNQ8TAM6 284 aa8.66□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 TBC1D16Q8TBP0 767 aa8.66□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 DACT1Q9NYF0 836 aa8.66□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 FAM205AQ6ZU69 1335 aa8.66□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 COL1A1P02452 1464 aaPredicted RBP8.65□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 SERPINC1P01008 464 aa8.65□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 STRIP1Q5VSL9 837 aa8.65□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 DGKHQ86XP1 1220 aa8.65□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 GPHNQ9NQX3 736 aaPredicted RBP8.65□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 PNMA3Q9UL41 463 aa8.65□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 CASZ1Q86V15 1759 aa8.65□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 PRPF3O43395 683 aaKnown RBP8.65□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 ECE2O60344 883 aa8.65□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 PPP6R2O75170 966 aa8.65□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 TUBBP07437 444 aa8.65□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 ADD1P35611 737 aaKnown RBP8.65□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 CEBPZQ03701 1054 aaKnown RBP8.65□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 ZNF397Q8NF99 534 aaPredicted RBP8.65□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 FAM200AQ8TCP9 573 aa8.65□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 AKT1S1Q96B36 256 aa8.65□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 DBNDD1Q9H9R9 158 aa8.65□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 ANO10Q9NW15 660 aa8.65□□□□□ -1.02
USP54-210ENST00000466048 OSBPP22059 807 aa8.65□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 PRDX5P30044 214 aa8.65□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 PLS1Q14651 629 aa8.65□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 STX1AQ16623 288 aa8.65□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 CT47A1Q5JQC4 288 aaPredicted RBP8.65□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 FAM163AQ96GL9 167 aaPredicted RBP8.65□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 CHAMP1Q96JM3 812 aa8.65□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 USP28Q96RU2 1077 aa8.65□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 HACL1Q9UJ83 578 aa8.65□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 STK24Q9Y6E0 443 aa8.65□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 TNRC6CQ9HCJ0 1690 aaKnown RBP8.65□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 DKC1O60832 514 aaKnown RBP eCLIP8.65□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 DDR1Q08345 913 aa8.65□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 MAPK8IP2Q13387 824 aaPredicted RBP8.65□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 ADGRA1Q86SQ6 560 aa8.65□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 SMCR8Q8TEV9 937 aaPredicted RBP8.65□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 DDX52Q9Y2R4 599 aaKnown RBP eCLIP8.65□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 RAD17O75943 681 aa8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 KLRK1P26718 216 aa8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 UTP14CQ5TAP6 766 aaKnown RBP8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 CCDC144CPQ8IYA2 1237 aa8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 AGBL3Q8NEM8 1001 aa8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 TCP11L1Q9NUJ3 509 aa8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 ABT1Q9ULW3 272 aaKnown RBP8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 KIAA1551Q9HCM1 1747 aa8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 ZFP91-CNTFA0A0A6YYC7 529 aaPredicted RBP8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 SPDYE3A6NKU9 549 aa8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 CUTAO60888 179 aa8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 KRT2P35908 639 aa8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 HDLBPQ00341 1268 aaKnown RBP8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 TTC31Q49AM3 519 aaPredicted RBP8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 FAM173BQ6P4H8 233 aa8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 RAB11FIP4Q86YS3 637 aa8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 TGFBRAP1Q8WUH2 860 aa8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 PI4KBQ9UBF8 816 aa8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 IRS2Q9Y4H2 1338 aa8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 GPR75-ASB3A0A0A6YYF3 556 aa8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 DPEP1P16444 411 aa8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 SEC23AQ15436 765 aa8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 C12orf60Q5U649 245 aa8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 STXBP4Q6ZWJ1 553 aa8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 LINC00301Q8NCQ3 95 aa8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 PLCD4Q9BRC7 762 aa8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 PANK2Q9BZ23 570 aa8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 CENPHQ9H3R5 247 aa8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 GINM1Q9NU53 330 aa8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 CACNA1SQ13698 1873 aa8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 ROBO3Q96MS0 1386 aa8.64□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 MMP1P03956 469 aa8.63□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 U2AF2P26368 475 aaKnown RBP eCLIP8.63□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 NAP1L1P55209 391 aaKnown RBP8.63□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 TYRO3Q06418 890 aa8.63□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 COL9A3Q14050 684 aaPredicted RBP8.63□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 SLC39A14Q15043 492 aa8.63□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 GALNT17Q6IS24 598 aa8.63□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 NOSTRINQ8IVI9 506 aa8.63□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 ZKSCAN3Q9BRR0 538 aa8.63□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 CMA1P23946 247 aa8.63□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 CDC27P30260 824 aa8.63□□□□□ -1.03
USP54-210ENST00000466048 FKBP1AP62942 108 aaKnown RBP8.63□□□□□ -1.03
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 438.5 ms