RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000573600.5

CTDNEP1-208, Transcript of CTD nuclear envelope phosphatase 1, human

APPRIS P1 TSL 5 BASIC

Gene CTDNEP1, Length 1,724 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CTDNEP1-208	ENST00000573600	BCS1L	Q9Y276	419 aa		33.61	■■■□□ 2.97
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CLIC4	Q9Y696	253 aa		33.61	■■■□□ 2.97
CTDNEP1-208	ENST00000573600	LTBP3	Q9NS15	1303 aa		33.61	■■■□□ 2.97
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PFKFB3	Q16875	520 aa	Predicted RBP	33.6	■■■□□ 2.97
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MTMR14	Q8NCE2	650 aa		33.6	■■■□□ 2.97
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PHF20	Q9BVI0	1012 aa		33.6	■■■□□ 2.97
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TRIM34	Q9BYJ4	488 aa		33.6	■■■□□ 2.97
CTDNEP1-208	ENST00000573600	GRPEL1	Q9HAV7	217 aa		33.6	■■■□□ 2.97
CTDNEP1-208	ENST00000573600	BTBD18	B2RXH4	712 aa		33.59	■■■□□ 2.97
CTDNEP1-208	ENST00000573600	NFKBIE	O00221	500 aa		33.59	■■■□□ 2.97
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SCG2	P13521	617 aa		33.59	■■■□□ 2.97
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CXCL9	Q07325	125 aa		33.59	■■■□□ 2.97
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CIAPIN1	Q6FI81	312 aa		33.59	■■■□□ 2.97
CTDNEP1-208	ENST00000573600	STAG2	Q8N3U4	1231 aa		33.59	■■■□□ 2.97
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MMP14	P50281	582 aa		33.59	■■■□□ 2.97
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SH3BP5L	Q7L8J4	393 aa		33.59	■■■□□ 2.97
CTDNEP1-208	ENST00000573600	BRMS1	Q9HCU9	246 aa		33.59	■■■□□ 2.97
CTDNEP1-208	ENST00000573600	VPS54	Q9P1Q0	977 aa		33.59	■■■□□ 2.97
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ZBTB12	Q9Y330	459 aa	Predicted RBP	33.59	■■■□□ 2.97
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TTLL1	O95922	423 aa		33.58	■■■□□ 2.97
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PARP1	P09874	1014 aa	Known RBP	33.58	■■■□□ 2.97
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ME1	P48163	572 aa		33.58	■■■□□ 2.97
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SF3A1	Q15459	793 aa	Known RBP	33.58	■■■□□ 2.97
CTDNEP1-208	ENST00000573600	METTL16	Q86W50	562 aa	Known RBP	33.58	■■■□□ 2.97
CTDNEP1-208	ENST00000573600	DDX19A	Q9NUU7	478 aa	Known RBP	33.58	■■■□□ 2.97
CTDNEP1-208	ENST00000573600	hCG_1642624	A0A1W2PR95	340 aa		33.57	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	LIG1	P18858	919 aa		33.57	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SMARCA1	P28370	1054 aa		33.57	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TNIP1	Q15025	636 aa		33.57	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ARFGEF1	Q9Y6D6	1849 aa		33.57	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SPTLC2	O15270	562 aa		33.56	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	KRT2	P35908	639 aa		33.56	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	DNAJC18	Q9H819	358 aa		33.56	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ADAL	Q6DHV7	355 aa		33.56	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SPZ1	Q9BXG8	430 aa		33.56	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SH3GLB2	Q9NR46	395 aa		33.56	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SLC39A14	Q15043	492 aa		33.55	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	RILPL1	Q5EBL4	403 aa		33.55	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TATDN1	Q6P1N9	297 aa		33.55	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ZNF70	Q9UC06	446 aa	Predicted RBP	33.55	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PCDHA7	Q9UN72	937 aa		33.55	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	KLRF2	D3W0D1	207 aa		33.54	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CERKL	Q49MI3	558 aa	Predicted RBP	33.54	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SHISA4	Q96DD7	197 aa		33.54	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600		A0A1W2PQ27	194 aa		33.53	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600		A0A1W2PQ64	194 aa		33.53	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600		A0A1W2PQD8	194 aa		33.53	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MPHOSPH10	O00566	681 aa	Known RBP	33.53	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SPDYE2	Q495Y8	402 aa		33.53	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	FAM177A1	Q8N128	213 aa	Predicted RBP	33.53	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	JMY	Q8N9B5	988 aa		33.53	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MTMR7	Q9Y216	660 aa		33.53	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	FKBP1C	Q5VVH2	108 aa		33.53	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CCAR1	Q8IX12	1150 aa	Known RBP	33.53	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	DACT1	Q9NYF0	836 aa		33.53	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CLIP2	Q9UDT6	1046 aa		33.53	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PPP6R2	O75170	966 aa		33.52	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	FAM151A	Q8WW52	585 aa		33.52	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	NUP62CL	Q9H1M0	184 aa		33.52	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MYH4	Q9Y623	1939 aa		33.51	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	XRCC6	P12956	609 aa	Known RBP eCLIP	33.51	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	NR5A1	Q13285	461 aa		33.51	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ASPRV1	Q53RT3	343 aa		33.51	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	OXER1	Q8TDS5	423 aa		33.51	■■■□□ 2.96
CTDNEP1-208	ENST00000573600	RPS12	P25398	132 aa	Known RBP	33.5	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CCDC73	Q6ZRK6	1079 aa		33.5	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TSPY26P	Q9H489	355 aa		33.5	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	BAZ2B	Q9UIF8	2168 aa	Known RBP	33.5	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MYO1B	O43795	1136 aa		33.5	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SNHG28	P0DPA3	235 aa		33.5	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PDHB	P11177	359 aa		33.5	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CALML3	P27482	149 aa		33.5	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	USP17L2	Q6R6M4	530 aa		33.5	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CSRNP1	Q96S65	589 aa		33.5	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	HERC5	Q9UII4	1024 aa	Known RBP	33.5	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TCP10L2	B9ZVM9	353 aa		33.49	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CYTH3	O43739	400 aa		33.49	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	GOLGA8H	P0CJ92	632 aa		33.49	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	NLRP5	P59047	1200 aa		33.49	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PTPA	Q15257	358 aa		33.49	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ZBED3	Q96IU2	234 aa	Predicted RBP	33.49	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	KANSL2	Q9H9L4	492 aa		33.49	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CLRN2	A0PK11	232 aa		33.48	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	USP17L5	A8MUK1	530 aa		33.48	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	NR1I2	O75469	434 aa		33.48	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	LRRC47	Q8N1G4	583 aa	Known RBP	33.48	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PIBF1	Q8WXW3	757 aa		33.48	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MRPS27	Q92552	414 aa	Known RBP	33.48	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CLSTN2	Q9H4D0	955 aa		33.48	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	EIF4ENIF1	Q9NRA8	985 aa	Known RBP	33.48	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	EIF6	P56537	245 aa	Known RBP	33.48	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SLC35G1	Q2M3R5	365 aa		33.48	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TMEM179	Q6ZVK1	233 aa		33.48	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CCDC148	Q8NFR7	591 aa		33.48	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	NYAP2	Q9P242	653 aa		33.48	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	FAM196B	A6NMK8	535 aa		33.47	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	NPY5R	Q15761	445 aa		33.47	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	FSIP1	Q8NA03	581 aa		33.47	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TOB1	P50616	345 aa	Predicted RBP	33.46	■■■□□ 2.95
CTDNEP1-208	ENST00000573600	FAM160A1	Q05DH4	1040 aa		33.46	■■■□□ 2.95

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