RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000573600.5

CTDNEP1-208, Transcript of CTD nuclear envelope phosphatase 1, humanhuman

APPRIS P1 TSL 5 BASIC

Gene CTDNEP1, Length 1,724 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTDNEP1-208ENST00000573600 HNRNPKP61978 463 aaKnown RBP eCLIP27,71■■■□□ 2,033e-48■■■■■ 50,4
CTDNEP1-208ENST00000573600 CSTF2TQ9H0L4 616 aaKnown RBP eCLIP25,91■■□□□ 1,745e-26■■□□□ 14,3
CTDNEP1-208ENST00000573600 GTF2F1P35269 517 aaKnown RBP eCLIP31,58■■■□□ 2,657e-25■□□□□ 11
CTDNEP1-208ENST00000573600 PUM1Q14671 1186 aaKnown RBP eCLIP27,24■■□□□ 1,956e-18■■□□□ 12,7
CTDNEP1-208ENST00000573600 EIF3DO15371 548 aaKnown RBP eCLIP32,19■■■□□ 2,743e-16■□□□□ 8,3
CTDNEP1-208ENST00000573600 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP43,81■■■■■ 4,62e-14■■■■□ 24,3
CTDNEP1-208ENST00000573600 ILF3Q12906 894 aaKnown RBP eCLIP27,98■■■□□ 2,073e-14■■■■□ 20,1
CTDNEP1-208ENST00000573600 DDX55Q8NHQ9 600 aaKnown RBP eCLIP32,82■■■□□ 2,853e-14■■□□□ 12,2
CTDNEP1-208ENST00000573600 PTBP1P26599 531 aaKnown RBP eCLIP25,7■■□□□ 1,75e-14■□□□□ 9,8
CTDNEP1-208ENST00000573600 DDX3XO00571 662 aaKnown RBP eCLIP31,4■■■□□ 2,622e-11■■■■□ 21
CTDNEP1-208ENST00000573600 PABPC4Q13310 644 aaKnown RBP eCLIP32,43■■■□□ 2,786e-11■□□□□ 10,8
CTDNEP1-208ENST00000573600 PCBP1Q15365 356 aaKnown RBP eCLIP31,35■■■□□ 2,616e-11■■■■■ 51,3
CTDNEP1-208ENST00000573600 PUM2Q8TB72 1066 aaKnown RBP eCLIP27,89■■■□□ 2,066e-11■■■■■ 32,3
CTDNEP1-208ENST00000573600 DHX30Q7L2E3 1194 aaKnown RBP eCLIP32,31■■■□□ 2,761e-10■■■□□ 14,6
CTDNEP1-208ENST00000573600 DGCR8Q8WYQ5 773 aaKnown RBP eCLIP30,63■■■□□ 2,493e-10■■■■■ 88,3
CTDNEP1-208ENST00000573600 GEMIN5Q8TEQ6 1508 aaKnown RBP eCLIP42,89■■■■■ 4,463e-9■■□□□ 12,3
CTDNEP1-208ENST00000573600 RPS3P23396 243 aaKnown RBP eCLIP28,94■■■□□ 2,225e-9■■■■■ 27,8
CTDNEP1-208ENST00000573600 SF3B1O75533 1304 aaKnown RBP eCLIP30,33■■■□□ 2,451e-8■■■■■ 60,3
CTDNEP1-208ENST00000573600 PCBP2Q15366 365 aaKnown RBP eCLIP28,64■■■□□ 2,182e-8■■■■■ 114
CTDNEP1-208ENST00000573600 PRPF8Q6P2Q9 2335 aaKnown RBP eCLIP22,99■■□□□ 1,275e-8■□□□□ 9,7
CTDNEP1-208ENST00000573600 IGF2BP1Q9NZI8 577 aaKnown RBP eCLIP29,34■■■□□ 2,299e-8■■□□□ 13,7
CTDNEP1-208ENST00000573600 IGF2BP2Q9Y6M1 599 aaKnown RBP eCLIP32,57■■■□□ 2,811e-7■□□□□ 8,6
CTDNEP1-208ENST00000573600 LARP4Q71RC2 724 aaKnown RBP eCLIP28,53■■■□□ 2,162e-7■□□□□ 8,8
CTDNEP1-208ENST00000573600 TIA1P31483 386 aaKnown RBP eCLIP27,99■■■□□ 2,072e-7■■■■□ 21,6
CTDNEP1-208ENST00000573600 DDX59Q5T1V6 619 aaKnown RBP eCLIP27,62■■■□□ 2,013e-7■■■■■ 62,4
CTDNEP1-208ENST00000573600 EFTUD2Q15029 972 aaKnown RBP eCLIP29,71■■■□□ 2,354e-7■■■■■ 34,6
CTDNEP1-208ENST00000573600 GRWD1Q9BQ67 446 aaKnown RBP eCLIP41,65■■■■■ 4,269e-7■■□□□ 12,2
CTDNEP1-208ENST00000573600 YBX3P16989 372 aaKnown RBP eCLIP32,99■■■□□ 2,871e-6■■□□□ 13,3
CTDNEP1-208ENST00000573600 PPIGQ13427 754 aaKnown RBP eCLIP30■■■□□ 2,392e-6■■■□□ 18
CTDNEP1-208ENST00000573600 BUD13Q9BRD0 619 aaKnown RBP eCLIP30,93■■■□□ 2,542e-6■■■□□ 15,1
CTDNEP1-208ENST00000573600 EIF3GO75821 320 aaKnown RBP eCLIP23,07■■□□□ 1,282e-6■■□□□ 12,1
CTDNEP1-208ENST00000573600 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP45,58■■■■■ 4,892e-6■■■■■ 28,6
CTDNEP1-208ENST00000573600 RBM22Q9NW64 420 aaKnown RBP eCLIP29,72■■■□□ 2,352e-6■□□□□ 11,1
CTDNEP1-208ENST00000573600 DDX24Q9GZR7 859 aaKnown RBP eCLIP34,94■■■■□ 3,184e-6■□□□□ 11,1
CTDNEP1-208ENST00000573600 METAP2P50579 478 aaKnown RBP eCLIP34,11■■■■□ 3,054e-6■□□□□ 8,6
CTDNEP1-208ENST00000573600 SF3B4Q15427 424 aaKnown RBP eCLIP25,4■■□□□ 1,669e-6■■■■■ 27,7
Retrieved 36 of 36 RNA–protein pairs in 8 ms