RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566472.1

CLN3-223, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 4

Gene CLN3, Length 551 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-223	ENST00000566472	SFPQ	P23246	707 aa	Known RBP eCLIP	7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	ATP2B4	P23634	1241 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	KLRK1	P26718	216 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	ERCC5	P28715	1186 aa	Predicted RBP	7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	PRDX5	P30044	214 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	RFC4	P35249	363 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	PIP4K2B	P78356	416 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	ATP2C1	P98194	919 aa	Predicted RBP	7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	NR5A1	Q13285	461 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	PNOC	Q13519	176 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	MORC3	Q14149	939 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	PFKFB3	Q16875	520 aa	Predicted RBP	7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	TPD52L1	Q16890	204 aa	Predicted RBP	7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	TTC38	Q5R3I4	469 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	TRAPPC3L	Q5T215	181 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	C12orf60	Q5U649	245 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	GALNT17	Q6IS24	598 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	NYAP1	Q6ZVC0	841 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	TMC6	Q7Z403	805 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	SH3RF1	Q7Z6J0	888 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	DAGLB	Q8NCG7	672 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	SPATA20	Q8TB22	786 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	ENOX1	Q8TC92	643 aa	Known RBP	7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	ARHGEF1	Q92888	912 aa	Known RBP	7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	ERCC4	Q92889	916 aa	Predicted RBP	7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	LZTS2	Q9BRK4	669 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF287	Q9HBT7	754 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	IFNK	Q9P0W0	207 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	VPS54	Q9P1Q0	977 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	MKRN1	Q9UHC7	482 aa	Known RBP	7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	USP21	Q9UK80	565 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	MAN1B1	Q9UKM7	699 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	PCDHB6	Q9Y5E3	794 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	PCDHA5	Q9Y5H7	936 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472		A0A087WWV3	80 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	CYP2D7	A0A087X1C5	515 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	TSPY2	A6NKD2	308 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	UBAP1L	F5GYI3	381 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	RIOK3	O14730	519 aa	Known RBP	7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	ONECUT3	O60422	494 aa	Predicted RBP	7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	SLFN14	P0C7P3	912 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	PLCG2	P16885	1265 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	USP5	P45974	858 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	PLCD1	P51178	756 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	UBASH3A	P57075	661 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	SEMA3F	Q13275	785 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	GRM4	Q14833	912 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	NFIX	Q14938	502 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	PTPN14	Q15678	1187 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	NPY5R	Q15761	445 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	CRY2	Q49AN0	593 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	GLIPR1L2	Q4G1C9	344 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	CEP135	Q66GS9	1140 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	ARL6IP4	Q66PJ3	421 aa	Known RBP	7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	C10orf71	Q711Q0	1435 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	TMC4	Q7Z404	712 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	FILIP1	Q7Z7B0	1213 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	VSTM4	Q8IW00	320 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	SLF2	Q8IX21	1173 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	CCAR2	Q8N163	923 aa	Known RBP	7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	CNBD1	Q8NA66	436 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	CCDC148	Q8NFR7	591 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	OXER1	Q8TDS5	423 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	SHISA4	Q96DD7	197 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	CSRNP2	Q9H175	543 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	HSD3B7	Q9H2F3	369 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	KAT14	Q9H8E8	782 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	CABP5	Q9NP86	173 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	MCM9	Q9NXL9	1143 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	TFCP2L1	Q9NZI6	479 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	SERTAD1	Q9UHV2	236 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472		V9GY48	417 aa	Predicted RBP	7.14	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	TAF1L	Q8IZX4	1826 aa		7.13	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	ZFP91-CNTF	A0A0A6YYC7	529 aa	Predicted RBP	7.13	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	NPHP1	O15259	732 aa		7.13	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	POLR2D	O15514	142 aa	Known RBP	7.13	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	PRDM1	O75626	825 aa		7.13	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	SERPINC1	P01008	464 aa		7.13	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	IL1R1	P14778	569 aa		7.13	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF18	P17022	549 aa		7.13	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	SMARCA1	P28370	1054 aa		7.13	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	LMOD1	P29536	600 aa	Predicted RBP	7.13	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	NLRP5	P59047	1200 aa		7.13	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	ST5	P78524	1137 aa		7.13	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	ORC2	Q13416	577 aa	Predicted RBP	7.13	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	SLC27A3	Q5K4L6	730 aa		7.13	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	RCSD1	Q6JBY9	416 aa		7.13	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	PRR5L	Q6MZQ0	368 aa		7.13	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	FOXP4	Q8IVH2	680 aa	Predicted RBP	7.13	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	CMTR1	Q8N1G2	835 aa	Known RBP	7.13	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	SRBD1	Q8N5C6	995 aa	Known RBP	7.13	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	TBC1D22A	Q8WUA7	517 aa		7.13	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	ANKRD7	Q92527	254 aa		7.13	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	FBXW7	Q969H0	707 aa		7.13	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	FAM163A	Q96GL9	167 aa	Predicted RBP	7.13	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	RBM17	Q96I25	401 aa	Known RBP	7.13	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	GJD4	Q96KN9	370 aa	Predicted RBP	7.13	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	C16orf45	Q96MC5	204 aa	Predicted RBP	7.13	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	GSDMA	Q96QA5	445 aa		7.13	□□□□□ -1.27
CLN3-223	ENST00000566472	PODXL2	Q9NZ53	605 aa		7.13	□□□□□ -1.27

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