RNA–Protein interactions for RNA: YLL011W

SOF1, Transcript of Protein required for biogenesis of 40S (small) ribosomal subunit, yeast

Gene SOF1, Length 1,470 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SOF1	YLL011W	CSL4	P53859	292 aa	Predicted RBP	4.65	□□□□□ -1.66
SOF1	YLL011W	ASI2	P53895	289 aa		4.65	□□□□□ -1.66
SOF1	YLL011W	VAM6	Q07468	1049 aa		4.65	□□□□□ -1.66
SOF1	YLL011W	VTS1	Q08831	523 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.65	□□□□□ -1.66	not detected
SOF1	YLL011W	GRX6	Q12438	231 aa		4.65	□□□□□ -1.66
SOF1	YLL011W	CHC1	P22137	1653 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	CTT1	P06115	562 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	APE1	P14904	514 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	TUP1	P16649	713 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	PRP4	P20053	465 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	RRP7	P25368	297 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	APT2	P36973	181 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	APE3	P37302	537 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	EHT1	P38295	451 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	YHR112C	P38716	378 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	YAP3	P38749	330 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	CRG1	P38892	291 aa	RIP-Chip data	4.64	□□□□□ -1.67	not detected
SOF1	YLL011W	MSS4	P38994	779 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	SSU1	P41930	458 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	YJL055W	P47044	245 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	MDE1	P47095	244 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	VPS4	P52917	437 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	SPO1	P53541	631 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	SEC5	P89102	971 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	OAZ1	Q02803	292 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	PKH1	Q03407	766 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	STP3	Q05937	343 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	MCM21	Q06675	368 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	TMA16	Q08687	178 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	TGL5	Q12043	749 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	FRE6	Q12473	712 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	VMA2	P16140	517 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	KAR3	P17119	729 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	THR1	P17423	357 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	PWP1	P21304	576 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	RNR1	P21524	888 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	CLB1	P24868	471 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	RPN2	P32565	945 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	REG2	P38232	338 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	RRF1	P38771	230 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	PTC7	P38797	343 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	RTS1	P38903	757 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	PEX7	P39108	375 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	FTR1	P40088	404 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	MND2	P40577	368 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	ZIM17	P42844	174 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	RCM1	P53972	490 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	GCR2	Q01722	534 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	HMO1	Q03973	246 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	AIM6	Q07716	390 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	RIX7	Q07844	837 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	AIM41	Q12032	185 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	LYS21	Q12122	440 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	YRF1-4	O13559	1382 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	YLR415C	O13578	112 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	STE12	P13574	688 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	CLB3	P24870	427 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	KIN82	P25341	720 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	SED4	P25365	1065 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	POL4	P25615	582 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	PRE2	P30656	287 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	GCD7	P32502	381 aa	Predicted RBP	4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	SFA1	P32771	386 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	ATG19	P35193	415 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	UBP13	P38187	747 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	FTH1	P38310	465 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	SIC1	P38634	284 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	SMF1	P38925	575 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	LYS9	P38999	446 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	JHD1	P40034	492 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	PFK26	P40433	827 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	MET18	P40469	1032 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	NOP9	P47077	666 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	AAD10	P47182	288 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	GLO1	P50107	326 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	LCL3	P53153	274 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	BNI5	P53890	448 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	NCS2	P53923	493 aa	Predicted RBP	4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	MAK10	Q02197	733 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	ECM22	Q05958	814 aa	Predicted RBP	4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	TRE1	Q08919	783 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	RIM20	Q12033	661 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	REX3	Q12090	404 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	VCX1	Q99385	411 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	TY3B-G	Q99315	1547 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	ERG6	P25087	383 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	MGM1	P32266	881 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	PUP2	P32379	260 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	AKR1	P39010	764 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	RGI2	P40188	164 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	DOT5	P40553	215 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	OYE3	P41816	400 aa	Predicted RBP	4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	YNL058C	P53947	316 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	YPL108W	Q02872	168 aa	Predicted RBP	4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	YPL107W	Q02873	248 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	HOT1	Q03213	719 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	NGL2	Q03264	515 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	KEL3	Q08979	651 aa	Predicted RBP	4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	NUS1	Q12063	375 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SOF1	YLL011W	POM34	Q12445	299 aa		4.62	□□□□□ -1.67

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