RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460289.5

PTPN4-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 4

Gene PTPN4, Length 577 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-208	ENST00000460289		V9GYY9	64 aa		8.09	□□□□□ -1.11
PTPN4-208	ENST00000460289		K7ERS5	55 aa		8.02	□□□□□ -1.13
PTPN4-208	ENST00000460289		Q1T7F1	81 aa		7.99	□□□□□ -1.13
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP4-9	Q9BYQ8	210 aa		7.99	□□□□□ -1.13
PTPN4-208	ENST00000460289	PSPHP1	O15172	72 aa		7.98	□□□□□ -1.13
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP12-3	P60328	96 aa		7.98	□□□□□ -1.13
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP25-1	Q3LHN0	102 aa		7.96	□□□□□ -1.14
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP4-3	Q9BYR4	195 aa		7.91	□□□□□ -1.14
PTPN4-208	ENST00000460289	LCE4A	Q5TA78	99 aa		7.88	□□□□□ -1.15
PTPN4-208	ENST00000460289	LCE1D	Q5T752	114 aa		7.83	□□□□□ -1.16
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP4-7	Q9BYR0	210 aa		7.76	□□□□□ -1.17
PTPN4-208	ENST00000460289	MT4	P47944	62 aa		7.75	□□□□□ -1.17
PTPN4-208	ENST00000460289		A6NED7	52 aa		7.74	□□□□□ -1.17
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP5-4	Q6L8H1	288 aa		7.72	□□□□□ -1.17
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP23-1	A1A580	65 aa		7.68	□□□□□ -1.18
PTPN4-208	ENST00000460289	HMCN1	Q96RW7	5635 aa		7.67	□□□□□ -1.18
PTPN4-208	ENST00000460289	GPR98	Q8WXG9	6306 aa		7.67	□□□□□ -1.18
PTPN4-208	ENST00000460289	RPS28	P62857	69 aa	Known RBP	7.63	□□□□□ -1.19
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP19-4	Q3LI73	84 aa		7.62	□□□□□ -1.19
PTPN4-208	ENST00000460289	CDC42SE1	Q9NRR8	79 aa		7.57	□□□□□ -1.2
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP4-6	Q9BYQ5	205 aa		7.53	□□□□□ -1.2
PTPN4-208	ENST00000460289	PCP4	P48539	62 aa		7.5	□□□□□ -1.21
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP15-1	Q3LI76	137 aa		7.49	□□□□□ -1.21
PTPN4-208	ENST00000460289	ROMO1	P60602	79 aa		7.44	□□□□□ -1.22
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP5-5	Q701N2	237 aa	Predicted RBP	7.44	□□□□□ -1.22
PTPN4-208	ENST00000460289	LCE3C	Q5T5A8	94 aa		7.36	□□□□□ -1.23
PTPN4-208	ENST00000460289	LOC100996750	A0A140TA64	210 aa		7.35	□□□□□ -1.23
PTPN4-208	ENST00000460289	AHNAK2	Q8IVF2	5795 aa		7.3	□□□□□ -1.24
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP12-4	P60329	112 aa		7.3	□□□□□ -1.24
PTPN4-208	ENST00000460289	SPRR5	A0A1B0GTR4	108 aa		7.29	□□□□□ -1.24
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP20-2	Q3LI61	65 aa		7.28	□□□□□ -1.24
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP5-10	Q6L8G5	202 aa		7.23	□□□□□ -1.25
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP5-3	Q6L8H2	238 aa		7.1	□□□□□ -1.27
PTPN4-208	ENST00000460289	SYNE1	Q8NF91	8797 aa	Known RBP	7.08	□□□□□ -1.28
PTPN4-208	ENST00000460289	MT1A	P04731	61 aa		6.97	□□□□□ -1.29
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP5-7	Q6L8G8	165 aa		6.95	□□□□□ -1.3
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP6-1	Q3LI64	71 aa		6.91	□□□□□ -1.3
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP9-6	A8MVA2	160 aa		6.88	□□□□□ -1.31
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP5-2	Q701N4	177 aa		6.77	□□□□□ -1.33
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP9-4	Q9BYQ2	154 aa		6.75	□□□□□ -1.33
PTPN4-208	ENST00000460289	BRK1	Q8WUW1	75 aa		6.67	□□□□□ -1.34
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP4-11	Q9BYQ6	195 aa		6.64	□□□□□ -1.35
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP6-2	Q3LI66	62 aa		6.6	□□□□□ -1.35
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP4-12	Q9BQ66	201 aa		6.47	□□□□□ -1.37
PTPN4-208	ENST00000460289	MT3	P25713	68 aa		6.41	□□□□□ -1.38
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP5-8	O75690	187 aa		6.4	□□□□□ -1.38
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP9-9	Q9BYP9	154 aa		6.31	□□□□□ -1.4
PTPN4-208	ENST00000460289	OBSCN	Q5VST9	7968 aa		6.3	□□□□□ -1.4
PTPN4-208	ENST00000460289	PMAIP1	Q13794	54 aa		6.29	□□□□□ -1.4
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP5-1	Q6L8H4	278 aa		6.05	□□□□□ -1.44
PTPN4-208	ENST00000460289	MUC5B	Q9HC84	5762 aa	Predicted RBP	6.04	□□□□□ -1.44
PTPN4-208	ENST00000460289	PRAC1	Q96KF2	57 aa		6	□□□□□ -1.45
PTPN4-208	ENST00000460289	MUC5AC	P98088	5654 aa		5.99	□□□□□ -1.45
PTPN4-208	ENST00000460289	AHNAK	Q09666	5890 aa	Known RBP	5.98	□□□□□ -1.45
PTPN4-208	ENST00000460289		H3BS24	57 aa		5.92	□□□□□ -1.46
PTPN4-208	ENST00000460289	LCE1E	Q5T753	118 aa		5.87	□□□□□ -1.47
PTPN4-208	ENST00000460289	PRO0628	Q9UI54	55 aa		5.8	□□□□□ -1.48
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP4-2	Q9BYR5	136 aa		5.72	□□□□□ -1.49
PTPN4-208	ENST00000460289	KTN1-AS1	Q86SY8	53 aa		5.56	□□□□□ -1.52
PTPN4-208	ENST00000460289	LCE1B	Q5T7P3	118 aa		5.49	□□□□□ -1.53
PTPN4-208	ENST00000460289	LCE1C	Q5T751	118 aa		5.44	□□□□□ -1.54
PTPN4-208	ENST00000460289	LCE3D	Q9BYE3	92 aa		5.34	□□□□□ -1.55
PTPN4-208	ENST00000460289	SVIP	Q8NHG7	77 aa		5.33	□□□□□ -1.56
PTPN4-208	ENST00000460289	LUZP6	Q538Z0	58 aa		5.17	□□□□□ -1.58
PTPN4-208	ENST00000460289	LCE3E	Q5T5B0	92 aa		5.03	□□□□□ -1.6
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP5-6	Q6L8G9	129 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP5-11	Q6L8G4	156 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-208	ENST00000460289	LCE1F	Q5T754	118 aa		4.79	□□□□□ -1.64
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP21-2	Q3LI59	83 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-208	ENST00000460289	PHGR1	C9JFL3	82 aa		4.23	□□□□□ -1.73
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP4-4	Q9BYR3	166 aa		4.14	□□□□□ -1.75
PTPN4-208	ENST00000460289	NDUFAF8	A1L188	74 aa		4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-208	ENST00000460289	MUC19	Q7Z5P9	8384 aa		3.87	□□□□□ -1.79
PTPN4-208	ENST00000460289	PRM1	P04553	51 aa		3.78	□□□□□ -1.8
PTPN4-208	ENST00000460289	INE1	O15225	51 aa		3.3	□□□□□ -1.88
PTPN4-208	ENST00000460289		A0A0A0MQY5	61 aa		3.22	□□□□□ -1.89
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP21-1	Q3LI58	79 aa		3.22	□□□□□ -1.89
PTPN4-208	ENST00000460289	MUC16	Q8WXI7	14507 aa		2.68	□□□□□ -1.98

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