RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000449058.6

TOM1-210, Transcript of target of myb1 membrane trafficking protein, human

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene TOM1, Length 2,389 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP2-1	Q9BYU5	128 aa		5.75	□□□□□ -1.49
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP9-2	Q9BYQ4	174 aa		5.73	□□□□□ -1.49
TOM1-210	ENST00000449058	FCGBP	Q9Y6R7	5405 aa	Predicted RBP	5.7	□□□□□ -1.5
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP4-3	Q9BYR4	195 aa		5.55	□□□□□ -1.52
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP19-3	Q7Z4W3	81 aa		5.54	□□□□□ -1.52
TOM1-210	ENST00000449058	CRCT1	Q9UGL9	99 aa		5.54	□□□□□ -1.52
TOM1-210	ENST00000449058	MT1M	Q8N339	61 aa		5.53	□□□□□ -1.52
TOM1-210	ENST00000449058	MT1G	P13640	62 aa		5.52	□□□□□ -1.53
TOM1-210	ENST00000449058	LOC100996750	A0A140TA64	210 aa		5.49	□□□□□ -1.53
TOM1-210	ENST00000449058	MUC12	Q9UKN1	5478 aa		5.45	□□□□□ -1.54
TOM1-210	ENST00000449058	MACF1	Q9UPN3	7388 aa	Known RBP	5.43	□□□□□ -1.54
TOM1-210	ENST00000449058	LCE5A	Q5TCM9	118 aa		5.37	□□□□□ -1.55
TOM1-210	ENST00000449058	SPRR2F	Q96RM1	72 aa		5.33	□□□□□ -1.56
TOM1-210	ENST00000449058	SYNE2	Q8WXH0	6885 aa	Known RBP	5.27	□□□□□ -1.57
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP9-6	A0A140TA67	174 aa		5.21	□□□□□ -1.58
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP5-9	P26371	169 aa		5.19	□□□□□ -1.58
TOM1-210	ENST00000449058	DST	Q03001	7570 aa	Known RBP	5.13	□□□□□ -1.59
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP9-1	A8MXZ3	250 aa	Predicted RBP	5.12	□□□□□ -1.59
TOM1-210	ENST00000449058	MDN1	Q9NU22	5596 aa		5.06	□□□□□ -1.6
TOM1-210	ENST00000449058	LCE1A	Q5T7P2	110 aa		5.05	□□□□□ -1.6
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP6-3	Q3LI67	103 aa		5.03	□□□□□ -1.6
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP12-4	P60329	112 aa		5.02	□□□□□ -1.61
TOM1-210	ENST00000449058	LCE3B	Q5TA77	95 aa		5.02	□□□□□ -1.61
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP6-1	Q3LI64	71 aa		4.99	□□□□□ -1.61
TOM1-210	ENST00000449058	MT1A	P04731	61 aa		4.98	□□□□□ -1.61
TOM1-210	ENST00000449058	SPRR2E	P22531	72 aa		4.98	□□□□□ -1.61
TOM1-210	ENST00000449058	SPRR2B	P35325	72 aa		4.98	□□□□□ -1.61
TOM1-210	ENST00000449058	SPRR2A	P35326	72 aa		4.98	□□□□□ -1.61
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP5-5	Q701N2	237 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP4-9	Q9BYQ8	210 aa		4.89	□□□□□ -1.63
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP9-7	A8MTY7	169 aa		4.79	□□□□□ -1.64
TOM1-210	ENST00000449058	SPRR2D	P22532	72 aa		4.78	□□□□□ -1.64
TOM1-210	ENST00000449058	SYNE1	Q8NF91	8797 aa	Known RBP	4.75	□□□□□ -1.65
TOM1-210	ENST00000449058	LCE3D	Q9BYE3	92 aa		4.75	□□□□□ -1.65
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP9-4	Q9BYQ2	154 aa		4.69	□□□□□ -1.66
TOM1-210	ENST00000449058	LCE3E	Q5T5B0	92 aa		4.68	□□□□□ -1.66
TOM1-210	ENST00000449058	NEB	P20929	6669 aa		4.67	□□□□□ -1.66
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP6-2	Q3LI66	62 aa		4.48	□□□□□ -1.69
TOM1-210	ENST00000449058	MT3	P25713	68 aa		4.46	□□□□□ -1.7
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP2-2	Q9BYT5	123 aa		4.46	□□□□□ -1.7
TOM1-210	ENST00000449058	PRM1	P04553	51 aa		4.42	□□□□□ -1.7
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP5-4	Q6L8H1	288 aa		4.38	□□□□□ -1.71
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP20-1	Q3LI63	56 aa		4.24	□□□□□ -1.73
TOM1-210	ENST00000449058	LCE4A	Q5TA78	99 aa		4.22	□□□□□ -1.73
TOM1-210	ENST00000449058	MT4	P47944	62 aa		4.18	□□□□□ -1.74
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP4-6	Q9BYQ5	205 aa		4.18	□□□□□ -1.74
TOM1-210	ENST00000449058	OBSCN	Q5VST9	7968 aa		4.14	□□□□□ -1.75
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP5-2	Q701N4	177 aa		4.09	□□□□□ -1.76
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP20-2	Q3LI61	65 aa		4.08	□□□□□ -1.76
TOM1-210	ENST00000449058	LCE1D	Q5T752	114 aa		4.08	□□□□□ -1.76
TOM1-210	ENST00000449058	LCE1E	Q5T753	118 aa		4.07	□□□□□ -1.76
TOM1-210	ENST00000449058	HMCN1	Q96RW7	5635 aa		4.04	□□□□□ -1.76
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP5-3	Q6L8H2	238 aa		3.94	□□□□□ -1.78
TOM1-210	ENST00000449058	MUC5AC	P98088	5654 aa		3.73	□□□□□ -1.81
TOM1-210	ENST00000449058	LCE1F	Q5T754	118 aa		3.58	□□□□□ -1.84
TOM1-210	ENST00000449058	LCE1B	Q5T7P3	118 aa		3.55	□□□□□ -1.84
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP5-10	Q6L8G5	202 aa		3.52	□□□□□ -1.85
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP4-11	Q9BYQ6	195 aa		3.52	□□□□□ -1.85
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP5-1	Q6L8H4	278 aa		3.51	□□□□□ -1.85
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP4-2	Q9BYR5	136 aa		3.49	□□□□□ -1.85
TOM1-210	ENST00000449058	LCE1C	Q5T751	118 aa		3.48	□□□□□ -1.85
TOM1-210	ENST00000449058	AHNAK2	Q8IVF2	5795 aa		3.46	□□□□□ -1.86
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP5-8	O75690	187 aa		3.38	□□□□□ -1.87
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP5-6	Q6L8G9	129 aa	Predicted RBP	3.31	□□□□□ -1.88
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP5-7	Q6L8G8	165 aa		3.28	□□□□□ -1.88
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP21-2	Q3LI59	83 aa		3.25	□□□□□ -1.89
TOM1-210	ENST00000449058	GPR98	Q8WXG9	6306 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP5-11	Q6L8G4	156 aa		3	□□□□□ -1.93
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP9-9	Q9BYP9	154 aa		3	□□□□□ -1.93
TOM1-210	ENST00000449058	MUC5B	Q9HC84	5762 aa	Predicted RBP	2.91	□□□□□ -1.94
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP4-4	Q9BYR3	166 aa		2.89	□□□□□ -1.95
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP21-1	Q3LI58	79 aa		2.81	□□□□□ -1.96
TOM1-210	ENST00000449058	KRTAP4-12	Q9BQ66	201 aa		2.76	□□□□□ -1.97
TOM1-210	ENST00000449058	MUC19	Q7Z5P9	8384 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1-210	ENST00000449058	PHGR1	C9JFL3	82 aa		2.59	□□□□□ -2
TOM1-210	ENST00000449058	AHNAK	Q09666	5890 aa	Known RBP	2.53	□□□□□ -2
TOM1-210	ENST00000449058	MUC16	Q8WXI7	14507 aa		1.72	□□□□□ -2.13

Retrieved 77 of 20,778 RNA–protein pairs in 12.5 ms