RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000444040.6

SHQ1-202, Transcript of SHQ1, H/ACA ribonucleoprotein assembly factor, humanhuman

TSL 2

Gene SHQ1, Length 2,844 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHQ1-202ENST00000444040 J3QKU1 62 aa11.31□□□□□ -0.6
SHQ1-202ENST00000444040 ZNF625Q96I27 306 aaPredicted RBP11.31□□□□□ -0.6
SHQ1-202ENST00000444040 UBE2L6O14933 153 aa11.3□□□□□ -0.6
SHQ1-202ENST00000444040 KRTAP10-3P60369 221 aa11.3□□□□□ -0.6
SHQ1-202ENST00000444040 LINC00308Q8TCZ7 52 aa11.3□□□□□ -0.6
SHQ1-202ENST00000444040 NOTCH3Q9UM47 2321 aa11.3□□□□□ -0.6
SHQ1-202ENST00000444040 H7C423 109 aa11.3□□□□□ -0.6
SHQ1-202ENST00000444040 FHL2Q14192 279 aa11.3□□□□□ -0.6
SHQ1-202ENST00000444040 TRGV4A0A0C4DH28 118 aa11.29□□□□□ -0.6
SHQ1-202ENST00000444040 ITPR2Q14571 2701 aa11.29□□□□□ -0.6
SHQ1-202ENST00000444040 SMR3AQ99954 134 aa11.28□□□□□ -0.6
SHQ1-202ENST00000444040 TRBV10-2A0A0K0K1G8 114 aa11.27□□□□□ -0.6
SHQ1-202ENST00000444040 RPL13AP40429 203 aaKnown RBP11.27□□□□□ -0.6
SHQ1-202ENST00000444040 SOSTDC1Q6X4U4 206 aa11.27□□□□□ -0.61
SHQ1-202ENST00000444040 A0A0U1RRA0 63 aa11.27□□□□□ -0.61
SHQ1-202ENST00000444040 COX6CP09669 75 aa11.27□□□□□ -0.61
SHQ1-202ENST00000444040 PRIMA1Q86XR5 153 aa11.27□□□□□ -0.61
SHQ1-202ENST00000444040 TRBV6-8A0A0A6YYG3 113 aa11.25□□□□□ -0.61
SHQ1-202ENST00000444040 GAGE6Q13070 117 aa11.25□□□□□ -0.61
SHQ1-202ENST00000444040 C2CD3Q4AC94 2353 aa11.25□□□□□ -0.61
SHQ1-202ENST00000444040 HERV-K104P63124 156 aa11.25□□□□□ -0.61
SHQ1-202ENST00000444040 LINC00482Q8N8I6 264 aa11.25□□□□□ -0.61
SHQ1-202ENST00000444040 NTN5Q8WTR8 489 aaPredicted RBP11.25□□□□□ -0.61
SHQ1-202ENST00000444040 IGLV4-60A0A075B6I1 120 aa11.24□□□□□ -0.61
SHQ1-202ENST00000444040 CLEC2BQ92478 149 aa11.24□□□□□ -0.61
SHQ1-202ENST00000444040 LST1O00453 97 aa11.24□□□□□ -0.61
SHQ1-202ENST00000444040 MEIG1Q5JSS6 88 aa11.24□□□□□ -0.61
SHQ1-202ENST00000444040 UNC79Q9P2D8 2635 aa11.23□□□□□ -0.61
SHQ1-202ENST00000444040 XGP55808 180 aa11.23□□□□□ -0.61
SHQ1-202ENST00000444040 LINC00612Q8N6U2 182 aa11.23□□□□□ -0.61
SHQ1-202ENST00000444040 KIR2DL5BQ8NHK3 375 aa11.23□□□□□ -0.61
SHQ1-202ENST00000444040 PF4P02776 101 aa11.22□□□□□ -0.61
SHQ1-202ENST00000444040 COPS9Q8WXC6 57 aa11.22□□□□□ -0.61
SHQ1-202ENST00000444040 MT-ATP8P03928 68 aa11.22□□□□□ -0.61
SHQ1-202ENST00000444040 CRLF1O75462 422 aa11.21□□□□□ -0.61
SHQ1-202ENST00000444040 PPDPFQ9H3Y8 114 aa11.21□□□□□ -0.61
SHQ1-202ENST00000444040 TEX49A0A1B0GTD5 131 aa11.21□□□□□ -0.62
SHQ1-202ENST00000444040 DEFB130BP0DP73 79 aa11.21□□□□□ -0.62
SHQ1-202ENST00000444040 DEFB130AP0DP74 79 aa11.21□□□□□ -0.62
SHQ1-202ENST00000444040 TMEM262E9PQX1 116 aa11.2□□□□□ -0.62
SHQ1-202ENST00000444040 H3BT86 120 aa11.2□□□□□ -0.62
SHQ1-202ENST00000444040 C2orf82Q6UX34 121 aa11.2□□□□□ -0.62
SHQ1-202ENST00000444040 CHCHD5Q9BSY4 110 aa11.2□□□□□ -0.62
SHQ1-202ENST00000444040 HELZ2Q9BYK8 2649 aaKnown RBP11.2□□□□□ -0.62
SHQ1-202ENST00000444040 IGHV3OR16-9A0A0B4J2B5 98 aa11.2□□□□□ -0.62
SHQ1-202ENST00000444040 SHISA2Q6UWI4 295 aa11.2□□□□□ -0.62
SHQ1-202ENST00000444040 COX7B2Q8TF08 81 aa11.2□□□□□ -0.62
SHQ1-202ENST00000444040 X6R8D5 127 aa11.2□□□□□ -0.62
SHQ1-202ENST00000444040 IGKV3OR2-268A0A0C4DH90 116 aa11.19□□□□□ -0.62
SHQ1-202ENST00000444040 KMT2BQ9UMN6 2715 aaPredicted RBP11.18□□□□□ -0.62
SHQ1-202ENST00000444040 LY6G6DO95868 133 aa11.18□□□□□ -0.62
SHQ1-202ENST00000444040 HIVEP2P31629 2446 aa11.18□□□□□ -0.62
SHQ1-202ENST00000444040 SPATA3Q8NHX4 192 aa11.17□□□□□ -0.62
SHQ1-202ENST00000444040 UBE2WQ96B02 151 aa11.17□□□□□ -0.62
SHQ1-202ENST00000444040 COX7A2LO14548 114 aa11.16□□□□□ -0.62
SHQ1-202ENST00000444040 A0A087WZ39 114 aa11.16□□□□□ -0.62
SHQ1-202ENST00000444040 GYPEP15421 78 aa11.16□□□□□ -0.62
SHQ1-202ENST00000444040 TOMM7Q9P0U1 55 aa11.16□□□□□ -0.62
SHQ1-202ENST00000444040 FASNP49327 2511 aaKnown RBP11.15□□□□□ -0.62
SHQ1-202ENST00000444040 SMIM9A6NGZ8 99 aa11.14□□□□□ -0.63
SHQ1-202ENST00000444040 MIR7-3HGQ8N6C7 128 aa11.14□□□□□ -0.63
SHQ1-202ENST00000444040 LINC00959A0A1B0GUT2 108 aa11.14□□□□□ -0.63
SHQ1-202ENST00000444040 C5orf38Q86SI9 138 aa11.13□□□□□ -0.63
SHQ1-202ENST00000444040 PRO0255Q9UI72 69 aa11.12□□□□□ -0.63
SHQ1-202ENST00000444040 A0A1B0GUV1 79 aa11.12□□□□□ -0.63
SHQ1-202ENST00000444040 DEFB121Q5J5C9 76 aa11.12□□□□□ -0.63
SHQ1-202ENST00000444040 C9orf66Q5T8R8 295 aa11.11□□□□□ -0.63
SHQ1-202ENST00000444040 IGKV2-28A0A075B6P5 120 aa11.11□□□□□ -0.63
SHQ1-202ENST00000444040 TRAV8-4A0A0B4J246 113 aa11.11□□□□□ -0.63
SHQ1-202ENST00000444040 IGKV2D-28P01615 120 aa11.11□□□□□ -0.63
SHQ1-202ENST00000444040 FAM222AQ5U5X8 452 aa11.11□□□□□ -0.63
SHQ1-202ENST00000444040 IBA57-AS1B1ANH7 110 aa11.1□□□□□ -0.63
SHQ1-202ENST00000444040 LINC00337Q8N6G1 96 aa11.1□□□□□ -0.63
SHQ1-202ENST00000444040 TRAV13-2A0A0B4J235 113 aa11.09□□□□□ -0.63
SHQ1-202ENST00000444040 LINC00158P58513 81 aa11.09□□□□□ -0.63
SHQ1-202ENST00000444040 CITED1Q99966 193 aa11.09□□□□□ -0.63
SHQ1-202ENST00000444040 SND1-IT1Q9HBX3 110 aa11.09□□□□□ -0.63
SHQ1-202ENST00000444040 FN1P02751 2386 aaKnown RBP11.09□□□□□ -0.63
SHQ1-202ENST00000444040 LYRM9A8MSI8 78 aa11.09□□□□□ -0.63
SHQ1-202ENST00000444040 A0A1B0GV72 72 aa11.08□□□□□ -0.63
SHQ1-202ENST00000444040 INAFM1C9JVW0 142 aa11.08□□□□□ -0.63
SHQ1-202ENST00000444040 A0A096LPF7 62 aa11.08□□□□□ -0.64
SHQ1-202ENST00000444040 TRACP01848 142 aa11.08□□□□□ -0.64
SHQ1-202ENST00000444040 RPL28P46779 137 aaKnown RBP11.08□□□□□ -0.64
SHQ1-202ENST00000444040 CCL18P55774 89 aa11.08□□□□□ -0.64
SHQ1-202ENST00000444040 FAM218AQ96MZ4 157 aa11.08□□□□□ -0.64
SHQ1-202ENST00000444040 CKS1BP61024 79 aa11.08□□□□□ -0.64
SHQ1-202ENST00000444040 CRPP02741 224 aa11.07□□□□□ -0.64
SHQ1-202ENST00000444040 VWFP04275 2813 aa11.07□□□□□ -0.64
SHQ1-202ENST00000444040 PAX4O43316 350 aa11.07□□□□□ -0.64
SHQ1-202ENST00000444040 XCL1P47992 114 aa11.07□□□□□ -0.64
SHQ1-202ENST00000444040 DEFB135Q30KP9 77 aa11.07□□□□□ -0.64
SHQ1-202ENST00000444040 SS18Q15532 418 aa11.06□□□□□ -0.64
SHQ1-202ENST00000444040 DEFB4AO15263 64 aa11.05□□□□□ -0.64
SHQ1-202ENST00000444040 PFN2P35080 140 aa11.05□□□□□ -0.64
SHQ1-202ENST00000444040 C6orf226Q5I0X4 101 aa11.05□□□□□ -0.64
SHQ1-202ENST00000444040 GCN1Q92616 2671 aaKnown RBP11.05□□□□□ -0.64
SHQ1-202ENST00000444040 FAM240AA0A1B0GVK7 77 aa11.04□□□□□ -0.64
SHQ1-202ENST00000444040 CLPSL2Q6UWE3 100 aa11.04□□□□□ -0.64
SHQ1-202ENST00000444040 OTOGQ6ZRI0 2925 aa11.04□□□□□ -0.64
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 126.3 ms