RNA–Protein interactions for RNA: YLL039C

UBI4, Transcript of Ubiquitin, yeast

Gene UBI4, Length 1,146 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
UBI4	YLL039C	PRO1	P32264	428 aa		4.77	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	EFB1	P32471	206 aa	Known RBP	4.77	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	VPH1	P32563	840 aa	Known RBP	4.77	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	PEX2	P32800	271 aa		4.77	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	XRS2	P33301	854 aa		4.77	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	NIP100	P33420	868 aa		4.77	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	CSG2	P35206	410 aa		4.77	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	KDX1	P36005	433 aa		4.77	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	YBR284W	P38150	797 aa		4.77	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	VFA1	P40080	203 aa		4.77	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	ZAP1	P47043	880 aa		4.77	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	NUT1	P53114	1132 aa		4.77	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	DRN1	P53255	507 aa	Known RBP	4.77	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	UME1	Q03010	460 aa		4.77	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	YLR287C	Q05881	355 aa		4.77	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	YPR078C	Q06813	372 aa		4.77	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	AI5_BETA	Q9ZZX0	354 aa		4.77	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	CDC33	P07260	213 aa	Known RBP	4.76	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	PPR1	P07272	904 aa	Predicted RBP	4.76	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	KAR3	P17119	729 aa		4.76	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	PRP6	P19735	899 aa	Predicted RBP	4.76	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	STE11	P23561	717 aa		4.76	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	RAD27	P26793	382 aa		4.76	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	PEP7	P32609	515 aa		4.76	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	FRE1	P32791	686 aa		4.76	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	SHE3	P38272	425 aa	Known RBP	4.76	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	CCC2	P38995	1004 aa		4.76	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	GEM1	P39722	662 aa		4.76	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	GIP4	P39732	760 aa		4.76	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	DSE1	P40077	573 aa		4.76	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	NDC80	P40460	691 aa		4.76	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	HOS4	P40480	1083 aa		4.76	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	YIR016W	P40572	265 aa		4.76	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	TAD1	P53065	400 aa		4.76	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	CDC55	Q00362	526 aa		4.76	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	ADA2	Q02336	434 aa		4.76	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	MZM1	Q03429	123 aa	Predicted RBP	4.76	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	RRP15	Q06511	250 aa	Predicted RBP	4.76	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	PMT7	Q06644	662 aa		4.76	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	ATG9	Q12142	997 aa		4.76	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	RRP6	Q12149	733 aa	Known RBP	4.76	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	ECM3	Q99252	613 aa		4.76	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	TRP2	P00899	507 aa	Known RBP	4.75	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	SNF1	P06782	633 aa	Known RBP	4.75	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	SPO12	P17123	173 aa		4.75	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	KGD2	P19262	463 aa	Predicted RBP	4.75	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	PGS1	P25578	521 aa		4.75	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	GAC1	P28006	793 aa		4.75	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	YEL043W	P32618	956 aa		4.75	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	TRZ1	P36159	838 aa	Predicted RBP	4.75	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	NOP4	P37838	685 aa	Known RBP	4.75	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	RGD1	P38339	666 aa		4.75	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	PCM1	P38628	557 aa	Known RBP	4.75	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	YHR131C	P38835	850 aa		4.75	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	MAF1	P41910	395 aa		4.75	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	IES1	P43579	692 aa		4.75	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	YJR054W	P47114	497 aa		4.75	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	YGL036W	P53185	909 aa	Predicted RBP	4.75	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	PXR1	P53335	271 aa	Predicted RBP	4.75	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	MUB1	Q03162	620 aa		4.75	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	HMI1	Q12039	706 aa		4.75	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	APM4	Q99186	491 aa		4.75	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	RPS3	P05750	240 aa	Known RBP	4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	YER152C	P10356	443 aa		4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	MAS1	P10507	462 aa		4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	VBA3	P25594	458 aa		4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	TKL2	P33315	681 aa		4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	SWH1	P35845	1188 aa		4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	NNK1	P36003	928 aa		4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	VBA5	P36172	582 aa		4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	YMC2	P38087	329 aa		4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	EXO5	P38289	585 aa		4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	PTC7	P38797	343 aa		4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	VPS41	P38959	992 aa		4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	SMC2	P38989	1170 aa	Known RBP	4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	YMR124W	P39523	943 aa	Known RBP	4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	PHO86	P46956	311 aa		4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	BFA1	P47113	574 aa		4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	MND1	P53102	219 aa		4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	YGL140C	P53120	1219 aa		4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	MAL13	P53338	473 aa		4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	YLR257W	Q06146	321 aa	Known RBP	4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	PIG1	Q06216	648 aa		4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	TSR1	Q07381	788 aa	Known RBP	4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	MDM38	Q08179	573 aa		4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	AVO1	Q08236	1176 aa		4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	LEA1	Q08963	238 aa	Predicted RBP	4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	NEW1	Q08972	1196 aa	Known RBP	4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	GPM2	Q12008	311 aa		4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	TAF10	Q12030	206 aa		4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	YDL177C	Q12257	170 aa		4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	YOL098C	Q12496	1037 aa		4.74	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	PEX1	P24004	1043 aa		4.73	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	SAT4	P25333	603 aa	Known RBP	4.73	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	RAD51	P25454	400 aa		4.73	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	MCM5	P29496	775 aa	Known RBP	4.73	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	MET4	P32389	672 aa		4.73	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	JNM1	P36224	373 aa		4.73	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	SIF2	P38262	535 aa		4.73	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	SLS1	P42900	643 aa		4.73	□□□□□ -1.65

Retrieved 100 of 5,963 RNA–protein pairs in 23.3 ms