RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568422.6

CLN3-231, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,168 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-231	ENST00000568422	CUL7	Q14999	1698 aa		29.44	■■■□□ 2.3
CLN3-231	ENST00000568422	IGF1R	P08069	1367 aa		29.42	■■■□□ 2.3
CLN3-231	ENST00000568422	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		29.35	■■■□□ 2.29
CLN3-231	ENST00000568422	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		29.25	■■■□□ 2.27
CLN3-231	ENST00000568422	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		29.24	■■■□□ 2.27
CLN3-231	ENST00000568422	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	29.21	■■■□□ 2.27
CLN3-231	ENST00000568422	ADCY10	Q96PN6	1610 aa		29.16	■■■□□ 2.26
CLN3-231	ENST00000568422	MAPKBP1	O60336	1514 aa		29.16	■■■□□ 2.26
CLN3-231	ENST00000568422	ABCC10	Q5T3U5	1492 aa		29.1	■■■□□ 2.25
CLN3-231	ENST00000568422	CARMIL2	Q6F5E8	1435 aa		29.08	■■■□□ 2.25
CLN3-231	ENST00000568422	IQGAP2	Q13576	1575 aa		29.08	■■■□□ 2.25
CLN3-231	ENST00000568422	PTPRG	P23470	1445 aa		29.05	■■■□□ 2.24
CLN3-231	ENST00000568422	FAM69C	Q0P6D2	419 aa		29.04	■■■□□ 2.24
CLN3-231	ENST00000568422	DIP2B	Q9P265	1576 aa		29.03	■■■□□ 2.24
CLN3-231	ENST00000568422	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		29.01	■■■□□ 2.24
CLN3-231	ENST00000568422	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		29	■■■□□ 2.23
CLN3-231	ENST00000568422	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	29	■■■□□ 2.23
CLN3-231	ENST00000568422	ABCC2	Q92887	1545 aa		28.91	■■■□□ 2.22
CLN3-231	ENST00000568422	DISP1	Q96F81	1524 aa		28.9	■■■□□ 2.22
CLN3-231	ENST00000568422	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	28.89	■■■□□ 2.21
CLN3-231	ENST00000568422	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		28.89	■■■□□ 2.21
CLN3-231	ENST00000568422	UHRF1BP1L	A0JNW5	1464 aa		28.88	■■■□□ 2.21
CLN3-231	ENST00000568422	UACA	Q9BZF9	1416 aa		28.84	■■■□□ 2.21
CLN3-231	ENST00000568422	TSPOAP1	O95153	1857 aa		28.83	■■■□□ 2.21
CLN3-231	ENST00000568422	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		28.81	■■■□□ 2.2
CLN3-231	ENST00000568422	PLB1	Q6P1J6	1458 aa		28.81	■■■□□ 2.2
CLN3-231	ENST00000568422	KIAA0556	O60303	1618 aa		28.8	■■■□□ 2.2
CLN3-231	ENST00000568422	ASXL2	Q76L83	1435 aa		28.78	■■■□□ 2.2
CLN3-231	ENST00000568422	KDM6B	O15054	1643 aa		28.78	■■■□□ 2.2
CLN3-231	ENST00000568422	GLI2	P10070	1586 aa		28.75	■■■□□ 2.19
CLN3-231	ENST00000568422	KDM5B	Q9UGL1	1544 aa		28.74	■■■□□ 2.19
CLN3-231	ENST00000568422	GOLGA3	Q08378	1498 aa		28.69	■■■□□ 2.18
CLN3-231	ENST00000568422	PRX	Q9BXM0	1461 aa		28.69	■■■□□ 2.18
CLN3-231	ENST00000568422	ZCCHC11	Q5TAX3	1644 aa	Known RBP	28.67	■■■□□ 2.18
CLN3-231	ENST00000568422	PPRC1	Q5VV67	1664 aa	Known RBP	28.64	■■■□□ 2.17
CLN3-231	ENST00000568422	EPRS	P07814	1512 aa	Known RBP	28.61	■■■□□ 2.17
CLN3-231	ENST00000568422	MAP3K4	Q9Y6R4	1608 aa		28.59	■■■□□ 2.17
CLN3-231	ENST00000568422	ABCA8	O94911	1581 aa		28.54	■■■□□ 2.16
CLN3-231	ENST00000568422	TEX14	Q8IWB6	1497 aa		28.53	■■■□□ 2.16
CLN3-231	ENST00000568422	WDR7	Q9Y4E6	1490 aa		28.53	■■■□□ 2.16
CLN3-231	ENST00000568422	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	28.48	■■■□□ 2.15
CLN3-231	ENST00000568422	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		28.47	■■■□□ 2.15
CLN3-231	ENST00000568422	EEA1	Q15075	1411 aa		28.43	■■■□□ 2.14
CLN3-231	ENST00000568422	KDM4F	A0A1W2PPD8	638 aa		28.41	■■■□□ 2.14
CLN3-231	ENST00000568422	CFAP43	Q8NDM7	1665 aa		28.41	■■■□□ 2.14
CLN3-231	ENST00000568422	COL17A1	Q9UMD9	1497 aa	Predicted RBP	28.38	■■■□□ 2.13
CLN3-231	ENST00000568422	SAMD9	Q5K651	1589 aa		28.36	■■■□□ 2.13
CLN3-231	ENST00000568422	MAGI3	Q5TCQ9	1506 aa		28.35	■■■□□ 2.13
CLN3-231	ENST00000568422	CD109	Q6YHK3	1445 aa		28.35	■■■□□ 2.13
CLN3-231	ENST00000568422	KCNH8	Q96L42	1107 aa		28.33	■■■□□ 2.13
CLN3-231	ENST00000568422	P3H3	Q8IVL6	736 aa		28.31	■■■□□ 2.12
CLN3-231	ENST00000568422	ATP10B	O94823	1461 aa		28.27	■■■□□ 2.12
CLN3-231	ENST00000568422	RAPGEF6	Q8TEU7	1601 aa		28.25	■■■□□ 2.11
CLN3-231	ENST00000568422	ADGRL1	O94910	1474 aa		28.22	■■■□□ 2.11
CLN3-231	ENST00000568422	ARID3C	A6NKF2	412 aa		28.19	■■■□□ 2.1
CLN3-231	ENST00000568422	KIF21B	O75037	1637 aa		28.18	■■■□□ 2.1
CLN3-231	ENST00000568422	ABCA9	Q8IUA7	1624 aa		28.18	■■■□□ 2.1
CLN3-231	ENST00000568422	ARAP3	Q8WWN8	1544 aa		28.13	■■■□□ 2.09
CLN3-231	ENST00000568422	PHLDB1	Q86UU1	1377 aa		28.12	■■■□□ 2.09
CLN3-231	ENST00000568422	EFCAB5	A4FU69	1503 aa		28.11	■■■□□ 2.09
CLN3-231	ENST00000568422	NUP153	P49790	1475 aa	Known RBP	28.1	■■■□□ 2.09
CLN3-231	ENST00000568422	FHOD3	Q2V2M9	1422 aa		28.09	■■■□□ 2.09
CLN3-231	ENST00000568422	HNRNPUL2-BSCL2	H3BQZ7	746 aa	Predicted RBP	28.09	■■■□□ 2.09
CLN3-231	ENST00000568422	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	28.09	■■■□□ 2.09
CLN3-231	ENST00000568422	HNRNPUL2	Q1KMD3	747 aa	Known RBP	28.09	■■■□□ 2.09
CLN3-231	ENST00000568422	NEO1	Q92859	1461 aa		28.02	■■■□□ 2.08
CLN3-231	ENST00000568422	PLEKHD1	A6NEE1	506 aa		27.99	■■■□□ 2.07
CLN3-231	ENST00000568422	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		27.92	■■■□□ 2.06
CLN3-231	ENST00000568422	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	27.91	■■■□□ 2.06
CLN3-231	ENST00000568422	RAPGEF3	O95398	923 aa		27.89	■■■□□ 2.06
CLN3-231	ENST00000568422	CFAP74	Q9C0B2	1584 aa		27.88	■■■□□ 2.05
CLN3-231	ENST00000568422	GEMIN5	Q8TEQ6	1508 aa	Known RBP eCLIP	27.86	■■■□□ 2.05
CLN3-231	ENST00000568422	FRMPD1	Q5SYB0	1578 aa		27.86	■■■□□ 2.05
CLN3-231	ENST00000568422	FMN1	Q68DA7	1419 aa		27.85	■■■□□ 2.05
CLN3-231	ENST00000568422	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		27.84	■■■□□ 2.05
CLN3-231	ENST00000568422	FANCA	O15360	1455 aa		27.82	■■■□□ 2.04
CLN3-231	ENST00000568422	AKNA	Q7Z591	1439 aa		27.81	■■■□□ 2.04
CLN3-231	ENST00000568422	CDK13	Q14004	1512 aa	Known RBP	27.81	■■■□□ 2.04
CLN3-231	ENST00000568422	TTC37	Q6PGP7	1564 aa		27.81	■■■□□ 2.04
CLN3-231	ENST00000568422	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	27.8	■■■□□ 2.04
CLN3-231	ENST00000568422	HECW1	Q76N89	1606 aa		27.8	■■■□□ 2.04
CLN3-231	ENST00000568422	RICTOR	Q6R327	1708 aa		27.8	■■■□□ 2.04
CLN3-231	ENST00000568422	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		27.79	■■■□□ 2.04
CLN3-231	ENST00000568422	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		27.79	■■■□□ 2.04
CLN3-231	ENST00000568422	ADAMTSL3	P82987	1691 aa		27.78	■■■□□ 2.04
CLN3-231	ENST00000568422	ARHGEF40	Q8TER5	1519 aa		27.74	■■■□□ 2.03
CLN3-231	ENST00000568422	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		27.73	■■■□□ 2.03
CLN3-231	ENST00000568422	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	27.73	■■■□□ 2.03
CLN3-231	ENST00000568422	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	27.71	■■■□□ 2.03
CLN3-231	ENST00000568422	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		27.7	■■■□□ 2.02
CLN3-231	ENST00000568422	PLCH2	O75038	1416 aa		27.69	■■■□□ 2.02
CLN3-231	ENST00000568422	PTPRM	P28827	1452 aa		27.69	■■■□□ 2.02
CLN3-231	ENST00000568422	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	27.68	■■■□□ 2.02
CLN3-231	ENST00000568422	MYO5C	Q9NQX4	1742 aa		27.67	■■■□□ 2.02
CLN3-231	ENST00000568422	MAGI2	Q86UL8	1455 aa		27.66	■■■□□ 2.02
CLN3-231	ENST00000568422	KIF14	Q15058	1648 aa		27.63	■■■□□ 2.01
CLN3-231	ENST00000568422	MADD	Q8WXG6	1647 aa		27.63	■■■□□ 2.01
CLN3-231	ENST00000568422	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		27.62	■■■□□ 2.01
CLN3-231	ENST00000568422	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		27.61	■■■□□ 2.01
CLN3-231	ENST00000568422	TRO	Q12816	1431 aa	Predicted RBP	27.6	■■■□□ 2.01

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