RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000550857.5

PTPRB-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type B, humanhuman

APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRB, Length 5,839 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRB-209ENST00000550857 CUX2O14529 1486 aa11.04□□□□□ -0.64
PTPRB-209ENST00000550857 GOLGA3Q08378 1498 aa11.04□□□□□ -0.64
PTPRB-209ENST00000550857 CCNB3Q8WWL7 1395 aa11.02□□□□□ -0.64
PTPRB-209ENST00000550857 SMARCA4P51532 1647 aa11.02□□□□□ -0.64
PTPRB-209ENST00000550857 WIZO95785 1651 aa11.02□□□□□ -0.65
PTPRB-209ENST00000550857 EID1Q9Y6B2 187 aa11.02□□□□□ -0.65
PTPRB-209ENST00000550857 CEP162Q5TB80 1403 aa11.01□□□□□ -0.65
PTPRB-209ENST00000550857 NEUROD1Q13562 356 aa11.01□□□□□ -0.65
PTPRB-209ENST00000550857 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP11.01□□□□□ -0.65
PTPRB-209ENST00000550857 TONSLQ96HA7 1378 aa11□□□□□ -0.65
PTPRB-209ENST00000550857 EIF4G2P78344 907 aaKnown RBP eCLIP10.99□□□□□ -0.65
PTPRB-209ENST00000550857 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa10.98□□□□□ -0.65
PTPRB-209ENST00000550857 DCAF8L1A6NGE4 600 aa10.98□□□□□ -0.65
PTPRB-209ENST00000550857 A0A0G2JS52 829 aa10.97□□□□□ -0.65
PTPRB-209ENST00000550857 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP10.97□□□□□ -0.65
PTPRB-209ENST00000550857 CCDC88BA6NC98 1476 aa10.96□□□□□ -0.65
PTPRB-209ENST00000550857 CYB5RLQ6IPT4 315 aa10.96□□□□□ -0.66
PTPRB-209ENST00000550857 CLSPNQ9HAW4 1339 aa10.96□□□□□ -0.66
PTPRB-209ENST00000550857 CANXP27824 592 aaKnown RBP10.95□□□□□ -0.66
PTPRB-209ENST00000550857 ANP32CO43423 234 aa10.95□□□□□ -0.66
PTPRB-209ENST00000550857 NCAPD3P42695 1498 aa10.95□□□□□ -0.66
PTPRB-209ENST00000550857 FANCD2Q9BXW9 1451 aa10.94□□□□□ -0.66
PTPRB-209ENST00000550857 POGKQ9P215 609 aa10.94□□□□□ -0.66
PTPRB-209ENST00000550857 MYT1Q01538 1121 aa10.93□□□□□ -0.66
PTPRB-209ENST00000550857 FMN1Q68DA7 1419 aa10.93□□□□□ -0.66
PTPRB-209ENST00000550857 JPH4Q96JJ6 628 aa10.92□□□□□ -0.66
PTPRB-209ENST00000550857 HMGB2P26583 209 aaKnown RBP10.92□□□□□ -0.66
PTPRB-209ENST00000550857 MLECQ14165 292 aa10.92□□□□□ -0.66
PTPRB-209ENST00000550857 PTPRGP23470 1445 aa10.9□□□□□ -0.66
PTPRB-209ENST00000550857 CFAP53Q96M91 514 aa10.9□□□□□ -0.66
PTPRB-209ENST00000550857 CHMP4AQ9BY43 222 aa10.89□□□□□ -0.67
PTPRB-209ENST00000550857 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP10.89□□□□□ -0.67
PTPRB-209ENST00000550857 CNGB1Q14028 1251 aaPredicted RBP10.89□□□□□ -0.67
PTPRB-209ENST00000550857 CHIC2Q9UKJ5 165 aa10.89□□□□□ -0.67
PTPRB-209ENST00000550857 PNNQ9H307 717 aaKnown RBP10.86□□□□□ -0.67
PTPRB-209ENST00000550857 MRC2Q9UBG0 1479 aa10.85□□□□□ -0.67
PTPRB-209ENST00000550857 LMOD2Q6P5Q4 547 aa10.85□□□□□ -0.67
PTPRB-209ENST00000550857 POGZQ7Z3K3 1410 aa10.84□□□□□ -0.67
PTPRB-209ENST00000550857 ZBTB7CA1YPR0 619 aa10.84□□□□□ -0.67
PTPRB-209ENST00000550857 NPHP1O15259 732 aa10.83□□□□□ -0.68
PTPRB-209ENST00000550857 IFT140Q96RY7 1462 aa10.83□□□□□ -0.68
PTPRB-209ENST00000550857 FAM69CQ0P6D2 419 aa10.83□□□□□ -0.68
PTPRB-209ENST00000550857 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP10.83□□□□□ -0.68
PTPRB-209ENST00000550857 TMX4Q9H1E5 349 aaPredicted RBP10.83□□□□□ -0.68
PTPRB-209ENST00000550857 GGT6Q6P531 493 aa10.82□□□□□ -0.68
PTPRB-209ENST00000550857 TNIKQ9UKE5 1360 aa10.82□□□□□ -0.68
PTPRB-209ENST00000550857 NUDCQ9Y266 331 aa10.81□□□□□ -0.68
PTPRB-209ENST00000550857 BICRAQ9NZM4 1560 aa10.8□□□□□ -0.68
PTPRB-209ENST00000550857 CCDC18Q5T9S5 1454 aa10.8□□□□□ -0.68
PTPRB-209ENST00000550857 WDR43Q15061 677 aaKnown RBP eCLIP10.8□□□□□ -0.68
PTPRB-209ENST00000550857 ANKRD30AQ9BXX3 1397 aa10.78□□□□□ -0.68
PTPRB-209ENST00000550857 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa10.78□□□□□ -0.68
PTPRB-209ENST00000550857 GOLGA6L2Q8N9W4 650 aaPredicted RBP10.78□□□□□ -0.68
PTPRB-209ENST00000550857 ABCF1Q8NE71 845 aaKnown RBP eCLIP10.78□□□□□ -0.68
PTPRB-209ENST00000550857 EIF5BO60841 1220 aaKnown RBP10.77□□□□□ -0.68
PTPRB-209ENST00000550857 GRIN2BQ13224 1484 aa10.77□□□□□ -0.69
PTPRB-209ENST00000550857 HRCP23327 699 aa10.76□□□□□ -0.69
PTPRB-209ENST00000550857 UNC13AQ9UPW8 1703 aa10.76□□□□□ -0.69
PTPRB-209ENST00000550857 WASHC2CQ9Y4E1 1318 aa10.75□□□□□ -0.69
PTPRB-209ENST00000550857 TMC1Q8TDI8 760 aa10.75□□□□□ -0.69
PTPRB-209ENST00000550857 DMRT2Q9Y5R5 561 aa10.75□□□□□ -0.69
PTPRB-209ENST00000550857 KDM2AQ9Y2K7 1162 aa10.75□□□□□ -0.69
PTPRB-209ENST00000550857 GAPVD1Q14C86 1478 aa10.75□□□□□ -0.69
PTPRB-209ENST00000550857 HMGXB3Q12766 1538 aa10.74□□□□□ -0.69
PTPRB-209ENST00000550857 MEX3CQ5U5Q3 659 aaKnown RBP10.74□□□□□ -0.69
PTPRB-209ENST00000550857 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa10.74□□□□□ -0.69
PTPRB-209ENST00000550857 ZNF316A6NFI3 1004 aaPredicted RBP10.73□□□□□ -0.69
PTPRB-209ENST00000550857 MYH16Q9H6N6 1097 aa10.73□□□□□ -0.69
PTPRB-209ENST00000550857 HDGFL2Q7Z4V5 671 aaPredicted RBP10.73□□□□□ -0.69
PTPRB-209ENST00000550857 CHMP4BQ9H444 224 aaKnown RBP10.73□□□□□ -0.69
PTPRB-209ENST00000550857 UACAQ9BZF9 1416 aa10.73□□□□□ -0.69
PTPRB-209ENST00000550857 CCDC9Q9Y3X0 531 aaKnown RBP10.73□□□□□ -0.69
PTPRB-209ENST00000550857 WASHC2AQ641Q2 1341 aa10.71□□□□□ -0.69
PTPRB-209ENST00000550857 ANO8Q9HCE9 1232 aaPredicted RBP10.71□□□□□ -0.69
PTPRB-209ENST00000550857 PHF23Q9BUL5 403 aaPredicted RBP10.71□□□□□ -0.7
PTPRB-209ENST00000550857 KIF3BO15066 747 aa10.7□□□□□ -0.7
PTPRB-209ENST00000550857 KNSTRNQ9Y448 316 aa10.69□□□□□ -0.7
PTPRB-209ENST00000550857 CSB-PGBD3P0DP91 1061 aa10.69□□□□□ -0.7
PTPRB-209ENST00000550857 YTHDC1Q96MU7 727 aaKnown RBP10.69□□□□□ -0.7
PTPRB-209ENST00000550857 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa10.69□□□□□ -0.7
PTPRB-209ENST00000550857 EIF3AQ14152 1382 aaKnown RBP10.68□□□□□ -0.7
PTPRB-209ENST00000550857 STAC3Q96MF2 364 aa10.68□□□□□ -0.7
PTPRB-209ENST00000550857 MAPK8IP3Q9UPT6 1336 aa10.67□□□□□ -0.7
PTPRB-209ENST00000550857 RGL3Q3MIN7 710 aa10.67□□□□□ -0.7
PTPRB-209ENST00000550857 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa10.67□□□□□ -0.7
PTPRB-209ENST00000550857 SF3B2Q13435 895 aaKnown RBP10.66□□□□□ -0.7
PTPRB-209ENST00000550857 HDAC5Q9UQL6 1122 aa10.66□□□□□ -0.7
PTPRB-209ENST00000550857 ARXQ96QS3 562 aa10.65□□□□□ -0.7
PTPRB-209ENST00000550857 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa10.65□□□□□ -0.71
PTPRB-209ENST00000550857 VGFO15240 615 aaPredicted RBP10.64□□□□□ -0.71
PTPRB-209ENST00000550857 SRPK2P78362 688 aaKnown RBP10.64□□□□□ -0.71
PTPRB-209ENST00000550857 TMF1P82094 1093 aa10.64□□□□□ -0.71
PTPRB-209ENST00000550857 ATF3P18847 181 aa10.63□□□□□ -0.71
PTPRB-209ENST00000550857 TIMELESSQ9UNS1 1208 aa10.63□□□□□ -0.71
PTPRB-209ENST00000550857 PLEKHG5O94827 1062 aa10.62□□□□□ -0.71
PTPRB-209ENST00000550857 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa10.62□□□□□ -0.71
PTPRB-209ENST00000550857 CARD11Q9BXL7 1154 aa10.62□□□□□ -0.71
PTPRB-209ENST00000550857 MS4A1P11836 297 aa10.62□□□□□ -0.71
PTPRB-209ENST00000550857 THEMISQ8N1K5 641 aaPredicted RBP10.62□□□□□ -0.71
PTPRB-209ENST00000550857 SYNJ2O15056 1496 aa10.61□□□□□ -0.71
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 8.3 ms