RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000509638.5

LIMCH1-211, Transcript of LIM and calponin homology domains 1, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene LIMCH1, Length 1,570 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1-211ENST00000509638 GOLGA3Q08378 1498 aa48.7■■■■■ 5.39
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LIMCH1-211ENST00000509638 SHROOM2Q13796 1616 aa48.63■■■■■ 5.38
LIMCH1-211ENST00000509638 EHMT2Q96KQ7 1210 aa48.61■■■■■ 5.37
LIMCH1-211ENST00000509638 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa48.53■■■■■ 5.36
LIMCH1-211ENST00000509638 ARHGEF11O15085 1522 aa48.43■■■■■ 5.34
LIMCH1-211ENST00000509638 UBTFP17480 764 aaKnown RBP48.4■■■■■ 5.34
LIMCH1-211ENST00000509638 JPH4Q96JJ6 628 aa48.4■■■■■ 5.34
LIMCH1-211ENST00000509638 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa48.39■■■■■ 5.34
LIMCH1-211ENST00000509638 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa48.39■■■■■ 5.34
LIMCH1-211ENST00000509638 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa48.39■■■■■ 5.34
LIMCH1-211ENST00000509638 ERCC6L2Q5T890 1561 aa48.36■■■■■ 5.33
LIMCH1-211ENST00000509638 UGGT2Q9NYU1 1516 aa48.36■■■■■ 5.33
LIMCH1-211ENST00000509638 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP48.35■■■■■ 5.33
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LIMCH1-211ENST00000509638 KIAA0556O60303 1618 aa48.2■■■■■ 5.31
LIMCH1-211ENST00000509638 CARMIL2Q6F5E8 1435 aa48.15■■■■■ 5.3
LIMCH1-211ENST00000509638 TNIKQ9UKE5 1360 aa48.15■■■■■ 5.3
LIMCH1-211ENST00000509638 SAMD9Q5K651 1589 aa48.13■■■■■ 5.3
LIMCH1-211ENST00000509638 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa48.13■■■■■ 5.29
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LIMCH1-211ENST00000509638 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP48.09■■■■■ 5.29
LIMCH1-211ENST00000509638 EFCAB5A4FU69 1503 aa48.03■■■■■ 5.28
LIMCH1-211ENST00000509638 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa47.88■■■■■ 5.26
LIMCH1-211ENST00000509638 P3H3Q8IVL6 736 aa47.85■■■■■ 5.25
LIMCH1-211ENST00000509638 FHOD3Q2V2M9 1422 aa47.83■■■■■ 5.25
LIMCH1-211ENST00000509638 PTPRGP23470 1445 aa47.83■■■■■ 5.25
LIMCH1-211ENST00000509638 CLIP1P30622 1438 aa47.83■■■■■ 5.25
LIMCH1-211ENST00000509638 CEP162Q5TB80 1403 aa47.83■■■■■ 5.25
LIMCH1-211ENST00000509638 CYB5RLQ6IPT4 315 aa47.81■■■■■ 5.24
LIMCH1-211ENST00000509638 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP47.81■■■■■ 5.24
LIMCH1-211ENST00000509638 ADCY10Q96PN6 1610 aa47.62■■■■■ 5.21
LIMCH1-211ENST00000509638 PLB1Q6P1J6 1458 aa47.59■■■■■ 5.21
LIMCH1-211ENST00000509638 ABCA8O94911 1581 aa47.57■■■■■ 5.21
LIMCH1-211ENST00000509638 UACAQ9BZF9 1416 aa47.56■■■■■ 5.2
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LIMCH1-211ENST00000509638 FMN1Q68DA7 1419 aa47.51■■■■■ 5.2
LIMCH1-211ENST00000509638 RAPGEF6Q8TEU7 1601 aa47.51■■■■■ 5.2
LIMCH1-211ENST00000509638 UHRF1BP1LA0JNW5 1464 aa47.49■■■■■ 5.19
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LIMCH1-211ENST00000509638 HECW1Q76N89 1606 aa47.31■■■■■ 5.16
LIMCH1-211ENST00000509638 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP47.3■■■■■ 5.16
LIMCH1-211ENST00000509638 ZCCHC11Q5TAX3 1644 aaKnown RBP47.29■■■■■ 5.16
LIMCH1-211ENST00000509638 KDM5BQ9UGL1 1544 aa47.28■■■■■ 5.16
LIMCH1-211ENST00000509638 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa47.23■■■■■ 5.15
LIMCH1-211ENST00000509638 FYCO1Q9BQS8 1478 aa47.22■■■■■ 5.15
LIMCH1-211ENST00000509638 VPS8Q8N3P4 1428 aa47.18■■■■■ 5.14
LIMCH1-211ENST00000509638 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa47.18■■■■■ 5.14
LIMCH1-211ENST00000509638 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP47.16■■■■■ 5.14
LIMCH1-211ENST00000509638 ARID3CA6NKF2 412 aa47.15■■■■■ 5.14
LIMCH1-211ENST00000509638 ATP10BO94823 1461 aa47.12■■■■■ 5.13
LIMCH1-211ENST00000509638 MAPKBP1O60336 1514 aa47.12■■■■■ 5.13
LIMCH1-211ENST00000509638 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP47.11■■■■■ 5.13
LIMCH1-211ENST00000509638 EPRSP07814 1512 aaKnown RBP47.09■■■■■ 5.13
LIMCH1-211ENST00000509638 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP47.09■■■■■ 5.13
LIMCH1-211ENST00000509638 CCDC18Q5T9S5 1454 aa47■■■■■ 5.11
LIMCH1-211ENST00000509638 ASXL2Q76L83 1435 aa46.99■■■■■ 5.11
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LIMCH1-211ENST00000509638 KIF13AQ9H1H9 1805 aa46.77■■■■■ 5.08
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LIMCH1-211ENST00000509638 ABCC10Q5T3U5 1492 aa46.75■■■■■ 5.07
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LIMCH1-211ENST00000509638 PLEKHD1A6NEE1 506 aa46.69■■■■■ 5.07
LIMCH1-211ENST00000509638 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP46.69■■■■■ 5.06
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LIMCH1-211ENST00000509638 KCNH8Q96L42 1107 aa46.6■■■■■ 5.05
LIMCH1-211ENST00000509638 KIF14Q15058 1648 aa46.59■■■■■ 5.05
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LIMCH1-211ENST00000509638 ABCA9Q8IUA7 1624 aa46.53■■■■■ 5.04
LIMCH1-211ENST00000509638 APLP2Q06481 763 aa46.52■■■■■ 5.04
LIMCH1-211ENST00000509638 MAP3K4Q9Y6R4 1608 aa46.51■■■■■ 5.04
LIMCH1-211ENST00000509638 TTC37Q6PGP7 1564 aa46.5■■■■■ 5.03
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LIMCH1-211ENST00000509638 CD109Q6YHK3 1445 aa46.32■■■■■ 5.01
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LIMCH1-211ENST00000509638 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa46.16■■■■■ 4.98
LIMCH1-211ENST00000509638 TEX14Q8IWB6 1497 aa46.16■■■■■ 4.98
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LIMCH1-211ENST00000509638 ARAP3Q8WWN8 1544 aa46.13■■■■■ 4.98
LIMCH1-211ENST00000509638 PLCH2O75038 1416 aa46.12■■■■■ 4.97
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LIMCH1-211ENST00000509638 ARHGAP5Q13017 1502 aa46.09■■■■■ 4.97
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