RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000497977.1

PTPRN-218, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type N, humanhuman

TSL 3

Gene PTPRN, Length 701 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRN-218ENST00000497977 CHIC1Q5VXU3 224 aa17.21■□□□□ 0.35
PTPRN-218ENST00000497977 EEA1Q15075 1411 aa17.21■□□□□ 0.34
PTPRN-218ENST00000497977 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP17.21■□□□□ 0.34
PTPRN-218ENST00000497977 CUL7Q14999 1698 aa17.2■□□□□ 0.34
PTPRN-218ENST00000497977 TRHP20396 242 aaPredicted RBP17.19■□□□□ 0.34
PTPRN-218ENST00000497977 CARMIL2Q6F5E8 1435 aa17.17■□□□□ 0.34
PTPRN-218ENST00000497977 CEP170Q5SW79 1584 aa17.16■□□□□ 0.34
PTPRN-218ENST00000497977 ARAP1Q96P48 1450 aa17.16■□□□□ 0.34
PTPRN-218ENST00000497977 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa17.13■□□□□ 0.33
PTPRN-218ENST00000497977 PTPRGP23470 1445 aa17.08■□□□□ 0.32
PTPRN-218ENST00000497977 PRXQ9BXM0 1461 aa17.06■□□□□ 0.32
PTPRN-218ENST00000497977 TNIKQ9UKE5 1360 aa17.06■□□□□ 0.32
PTPRN-218ENST00000497977 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP17.05■□□□□ 0.32
PTPRN-218ENST00000497977 SHROOM2Q13796 1616 aa17.02■□□□□ 0.31
PTPRN-218ENST00000497977 UBTFP17480 764 aaKnown RBP17.01■□□□□ 0.31
PTPRN-218ENST00000497977 GOLGA3Q08378 1498 aa16.99■□□□□ 0.31
PTPRN-218ENST00000497977 IQGAP2Q13576 1575 aa16.98■□□□□ 0.31
PTPRN-218ENST00000497977 ERCC6L2Q5T890 1561 aa16.95■□□□□ 0.3
PTPRN-218ENST00000497977 UGGT2Q9NYU1 1516 aa16.92■□□□□ 0.3
PTPRN-218ENST00000497977 UACAQ9BZF9 1416 aa16.9■□□□□ 0.3
PTPRN-218ENST00000497977 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP16.9■□□□□ 0.3
PTPRN-218ENST00000497977 FAM69CQ0P6D2 419 aa16.89■□□□□ 0.29
PTPRN-218ENST00000497977 P3H3Q8IVL6 736 aa16.89■□□□□ 0.29
PTPRN-218ENST00000497977 DISP1Q96F81 1524 aa16.87■□□□□ 0.29
PTPRN-218ENST00000497977 EHMT2Q96KQ7 1210 aa16.85■□□□□ 0.29
PTPRN-218ENST00000497977 UHRF1BP1LA0JNW5 1464 aa16.83■□□□□ 0.28
PTPRN-218ENST00000497977 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP16.81■□□□□ 0.28
PTPRN-218ENST00000497977 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP16.81■□□□□ 0.28
PTPRN-218ENST00000497977 ABCC2Q92887 1545 aa16.8■□□□□ 0.28
PTPRN-218ENST00000497977 PLB1Q6P1J6 1458 aa16.79■□□□□ 0.28
PTPRN-218ENST00000497977 KIF21BO75037 1637 aa16.77■□□□□ 0.27
PTPRN-218ENST00000497977 KIAA0556O60303 1618 aa16.76■□□□□ 0.27
PTPRN-218ENST00000497977 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa16.75■□□□□ 0.27
PTPRN-218ENST00000497977 ABCC10Q5T3U5 1492 aa16.75■□□□□ 0.27
PTPRN-218ENST00000497977 MAPKBP1O60336 1514 aa16.75■□□□□ 0.27
PTPRN-218ENST00000497977 PLEKHD1A6NEE1 506 aa16.73■□□□□ 0.27
PTPRN-218ENST00000497977 KCNH8Q96L42 1107 aa16.73■□□□□ 0.27
PTPRN-218ENST00000497977 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP16.72■□□□□ 0.27
PTPRN-218ENST00000497977 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP16.72■□□□□ 0.27
PTPRN-218ENST00000497977 ASXL2Q76L83 1435 aa16.71■□□□□ 0.27
PTPRN-218ENST00000497977 KDM5BQ9UGL1 1544 aa16.71■□□□□ 0.27
PTPRN-218ENST00000497977 ADCY10Q96PN6 1610 aa16.7■□□□□ 0.26
PTPRN-218ENST00000497977 EFCAB5A4FU69 1503 aa16.67■□□□□ 0.26
PTPRN-218ENST00000497977 FMN1Q68DA7 1419 aa16.67■□□□□ 0.26
PTPRN-218ENST00000497977 ARID3CA6NKF2 412 aa16.66■□□□□ 0.26
PTPRN-218ENST00000497977 FHOD3Q2V2M9 1422 aa16.64■□□□□ 0.25
PTPRN-218ENST00000497977 ATP10BO94823 1461 aa16.61■□□□□ 0.25
PTPRN-218ENST00000497977 WDR7Q9Y4E6 1490 aa16.61■□□□□ 0.25
PTPRN-218ENST00000497977 ABCA8O94911 1581 aa16.6■□□□□ 0.25
PTPRN-218ENST00000497977 SAMD9Q5K651 1589 aa16.6■□□□□ 0.25
PTPRN-218ENST00000497977 EPRSP07814 1512 aaKnown RBP16.58■□□□□ 0.24
PTPRN-218ENST00000497977 TEX14Q8IWB6 1497 aa16.56■□□□□ 0.24
PTPRN-218ENST00000497977 CD109Q6YHK3 1445 aa16.56■□□□□ 0.24
PTPRN-218ENST00000497977 GLI2P10070 1586 aa16.55■□□□□ 0.24
PTPRN-218ENST00000497977 CLIP1P30622 1438 aa16.54■□□□□ 0.24
PTPRN-218ENST00000497977 PHLDB1Q86UU1 1377 aa16.54■□□□□ 0.24
PTPRN-218ENST00000497977 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa16.54■□□□□ 0.24
PTPRN-218ENST00000497977 DIP2BQ9P265 1576 aa16.53■□□□□ 0.24
PTPRN-218ENST00000497977 ZCCHC11Q5TAX3 1644 aaKnown RBP16.51■□□□□ 0.23
PTPRN-218ENST00000497977 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP16.5■□□□□ 0.23
PTPRN-218ENST00000497977 RAPGEF6Q8TEU7 1601 aa16.5■□□□□ 0.23
PTPRN-218ENST00000497977 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa16.5■□□□□ 0.23
PTPRN-218ENST00000497977 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP16.45■□□□□ 0.22
PTPRN-218ENST00000497977 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa16.45■□□□□ 0.22
PTPRN-218ENST00000497977 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa16.45■□□□□ 0.22
PTPRN-218ENST00000497977 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa16.44■□□□□ 0.22
PTPRN-218ENST00000497977 APLP2Q06481 763 aa16.41■□□□□ 0.22
PTPRN-218ENST00000497977 CEP162Q5TB80 1403 aa16.4■□□□□ 0.22
PTPRN-218ENST00000497977 CCDC18Q5T9S5 1454 aa16.4■□□□□ 0.22
PTPRN-218ENST00000497977 KIF13AQ9H1H9 1805 aa16.4■□□□□ 0.22
PTPRN-218ENST00000497977 HECW1Q76N89 1606 aa16.38■□□□□ 0.21
PTPRN-218ENST00000497977 KDM6BO15054 1643 aa16.37■□□□□ 0.21
PTPRN-218ENST00000497977 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP16.36■□□□□ 0.21
PTPRN-218ENST00000497977 NEO1Q92859 1461 aa16.35■□□□□ 0.21
PTPRN-218ENST00000497977 FYCO1Q9BQS8 1478 aa16.35■□□□□ 0.21
PTPRN-218ENST00000497977 MAP3K4Q9Y6R4 1608 aa16.34■□□□□ 0.21
PTPRN-218ENST00000497977 PLCH2O75038 1416 aa16.34■□□□□ 0.21
PTPRN-218ENST00000497977 MTUS2Q5JR59 1369 aa16.33■□□□□ 0.2
PTPRN-218ENST00000497977 RAPGEF3O95398 923 aa16.32■□□□□ 0.2
PTPRN-218ENST00000497977 CFAP43Q8NDM7 1665 aa16.32■□□□□ 0.2
PTPRN-218ENST00000497977 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP16.31■□□□□ 0.2
PTPRN-218ENST00000497977 ARAP3Q8WWN8 1544 aa16.3■□□□□ 0.2
PTPRN-218ENST00000497977 AKNAQ7Z591 1439 aa16.3■□□□□ 0.2
PTPRN-218ENST00000497977 MYT1LQ9UL68 1186 aa16.29■□□□□ 0.2
PTPRN-218ENST00000497977 ABCA9Q8IUA7 1624 aa16.29■□□□□ 0.2
PTPRN-218ENST00000497977 FANCAO15360 1455 aa16.29■□□□□ 0.2
PTPRN-218ENST00000497977 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP16.28■□□□□ 0.2
PTPRN-218ENST00000497977 TSPOAP1O95153 1857 aa16.28■□□□□ 0.2
PTPRN-218ENST00000497977 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP16.27■□□□□ 0.2
PTPRN-218ENST00000497977 DENND4BO75064 1496 aaPredicted RBP16.27■□□□□ 0.19
PTPRN-218ENST00000497977 COL17A1Q9UMD9 1497 aaPredicted RBP16.27■□□□□ 0.19
PTPRN-218ENST00000497977 GEMIN5Q8TEQ6 1508 aaKnown RBP eCLIP16.25■□□□□ 0.19
PTPRN-218ENST00000497977 CCNB3Q8WWL7 1395 aa16.25■□□□□ 0.19
PTPRN-218ENST00000497977 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP16.24■□□□□ 0.19
PTPRN-218ENST00000497977 VPS8Q8N3P4 1428 aa16.24■□□□□ 0.19
PTPRN-218ENST00000497977 SCAPERQ9BY12 1400 aa16.24■□□□□ 0.19
PTPRN-218ENST00000497977 ARID4BQ4LE39 1312 aaPredicted RBP16.23■□□□□ 0.19
PTPRN-218ENST00000497977 RSPH4AQ5TD94 716 aa16.22■□□□□ 0.19
PTPRN-218ENST00000497977 KIF14Q15058 1648 aa16.21■□□□□ 0.19
PTPRN-218ENST00000497977 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa16.2■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 33.2 ms