RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000475240.5

ABCD4-208, Transcript of ATP binding cassette subfamily D member 4, human

TSL 5

Gene ABCD4, Length 546 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ABCD4-208	ENST00000475240	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	33.34	■■■□□ 2.93
ABCD4-208	ENST00000475240	JPH4	Q96JJ6	628 aa		33.31	■■■□□ 2.92
ABCD4-208	ENST00000475240	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		33.19	■■■□□ 2.9
ABCD4-208	ENST00000475240	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		33.16	■■■□□ 2.9
ABCD4-208	ENST00000475240	IQGAP2	Q13576	1575 aa		32.94	■■■□□ 2.86
ABCD4-208	ENST00000475240	ADCY10	Q96PN6	1610 aa		32.93	■■■□□ 2.86
ABCD4-208	ENST00000475240	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	32.91	■■■□□ 2.86
ABCD4-208	ENST00000475240	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		32.9	■■■□□ 2.86
ABCD4-208	ENST00000475240	CARMIL2	Q6F5E8	1435 aa		32.88	■■■□□ 2.85
ABCD4-208	ENST00000475240	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		32.87	■■■□□ 2.85
ABCD4-208	ENST00000475240	MAPKBP1	O60336	1514 aa		32.85	■■■□□ 2.85
ABCD4-208	ENST00000475240	PTPRG	P23470	1445 aa		32.85	■■■□□ 2.85
ABCD4-208	ENST00000475240	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		32.81	■■■□□ 2.84
ABCD4-208	ENST00000475240	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	32.8	■■■□□ 2.84
ABCD4-208	ENST00000475240	ABCC10	Q5T3U5	1492 aa		32.78	■■■□□ 2.84
ABCD4-208	ENST00000475240	DISP1	Q96F81	1524 aa		32.73	■■■□□ 2.83
ABCD4-208	ENST00000475240	FAM69C	Q0P6D2	419 aa		32.73	■■■□□ 2.83
ABCD4-208	ENST00000475240	DIP2B	Q9P265	1576 aa		32.72	■■■□□ 2.83
ABCD4-208	ENST00000475240	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		32.72	■■■□□ 2.83
ABCD4-208	ENST00000475240	ABCC2	Q92887	1545 aa		32.66	■■■□□ 2.82
ABCD4-208	ENST00000475240	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		32.64	■■■□□ 2.82
ABCD4-208	ENST00000475240	KIAA0556	O60303	1618 aa		32.63	■■■□□ 2.81
ABCD4-208	ENST00000475240	UHRF1BP1L	A0JNW5	1464 aa		32.61	■■■□□ 2.81
ABCD4-208	ENST00000475240	PRX	Q9BXM0	1461 aa		32.61	■■■□□ 2.81
ABCD4-208	ENST00000475240	UACA	Q9BZF9	1416 aa		32.6	■■■□□ 2.81
ABCD4-208	ENST00000475240	ASXL2	Q76L83	1435 aa		32.51	■■■□□ 2.8
ABCD4-208	ENST00000475240	PLB1	Q6P1J6	1458 aa		32.5	■■■□□ 2.79
ABCD4-208	ENST00000475240	GOLGA3	Q08378	1498 aa		32.49	■■■□□ 2.79
ABCD4-208	ENST00000475240	TSPOAP1	O95153	1857 aa		32.46	■■■□□ 2.79
ABCD4-208	ENST00000475240	KDM5B	Q9UGL1	1544 aa		32.46	■■■□□ 2.79
ABCD4-208	ENST00000475240	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	32.42	■■■□□ 2.78
ABCD4-208	ENST00000475240	ZCCHC11	Q5TAX3	1644 aa	Known RBP	32.4	■■■□□ 2.78
ABCD4-208	ENST00000475240	KDM6B	O15054	1643 aa		32.4	■■■□□ 2.78
ABCD4-208	ENST00000475240	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		32.39	■■■□□ 2.78
ABCD4-208	ENST00000475240	GLI2	P10070	1586 aa		32.39	■■■□□ 2.78
ABCD4-208	ENST00000475240	EEA1	Q15075	1411 aa		32.34	■■■□□ 2.77
ABCD4-208	ENST00000475240	EPRS	P07814	1512 aa	Known RBP	32.31	■■■□□ 2.76
ABCD4-208	ENST00000475240	ABCA8	O94911	1581 aa		32.3	■■■□□ 2.76
ABCD4-208	ENST00000475240	PPRC1	Q5VV67	1664 aa	Known RBP	32.27	■■■□□ 2.76
ABCD4-208	ENST00000475240	WDR7	Q9Y4E6	1490 aa		32.25	■■■□□ 2.75
ABCD4-208	ENST00000475240	MAP3K4	Q9Y6R4	1608 aa		32.23	■■■□□ 2.75
ABCD4-208	ENST00000475240	P3H3	Q8IVL6	736 aa		32.19	■■■□□ 2.74
ABCD4-208	ENST00000475240	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	32.19	■■■□□ 2.74
ABCD4-208	ENST00000475240	SAMD9	Q5K651	1589 aa		32.18	■■■□□ 2.74
ABCD4-208	ENST00000475240	TEX14	Q8IWB6	1497 aa		32.15	■■■□□ 2.74
ABCD4-208	ENST00000475240	KIF21B	O75037	1637 aa		32.08	■■■□□ 2.73
ABCD4-208	ENST00000475240	KCNH8	Q96L42	1107 aa		32.06	■■■□□ 2.72
ABCD4-208	ENST00000475240	ARID3C	A6NKF2	412 aa		32.05	■■■□□ 2.72
ABCD4-208	ENST00000475240	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	32.04	■■■□□ 2.72
ABCD4-208	ENST00000475240	CFAP43	Q8NDM7	1665 aa		32.03	■■■□□ 2.72
ABCD4-208	ENST00000475240	ATP10B	O94823	1461 aa		32.02	■■■□□ 2.72
ABCD4-208	ENST00000475240	COL17A1	Q9UMD9	1497 aa	Predicted RBP	32.02	■■■□□ 2.72
ABCD4-208	ENST00000475240	RAPGEF6	Q8TEU7	1601 aa		32.01	■■■□□ 2.72
ABCD4-208	ENST00000475240	CD109	Q6YHK3	1445 aa		32	■■■□□ 2.71
ABCD4-208	ENST00000475240	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		31.98	■■■□□ 2.71
ABCD4-208	ENST00000475240	MAGI3	Q5TCQ9	1506 aa		31.97	■■■□□ 2.71
ABCD4-208	ENST00000475240	FHOD3	Q2V2M9	1422 aa		31.97	■■■□□ 2.71
ABCD4-208	ENST00000475240	EFCAB5	A4FU69	1503 aa		31.92	■■■□□ 2.7
ABCD4-208	ENST00000475240	KDM4F	A0A1W2PPD8	638 aa		31.9	■■■□□ 2.7
ABCD4-208	ENST00000475240	NUP153	P49790	1475 aa	Known RBP	31.89	■■■□□ 2.7
ABCD4-208	ENST00000475240	HNRNPUL2-BSCL2	H3BQZ7	746 aa	Predicted RBP	31.87	■■■□□ 2.69
ABCD4-208	ENST00000475240	HNRNPUL2	Q1KMD3	747 aa	Known RBP	31.87	■■■□□ 2.69
ABCD4-208	ENST00000475240	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		31.84	■■■□□ 2.69
ABCD4-208	ENST00000475240	ABCA9	Q8IUA7	1624 aa		31.83	■■■□□ 2.69
ABCD4-208	ENST00000475240	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	31.81	■■■□□ 2.68
ABCD4-208	ENST00000475240	ADGRL1	O94910	1474 aa		31.77	■■■□□ 2.68
ABCD4-208	ENST00000475240	ARAP3	Q8WWN8	1544 aa		31.72	■■■□□ 2.67
ABCD4-208	ENST00000475240	PLEKHD1	A6NEE1	506 aa		31.68	■■■□□ 2.66
ABCD4-208	ENST00000475240	PHLDB1	Q86UU1	1377 aa		31.68	■■■□□ 2.66
ABCD4-208	ENST00000475240	NEO1	Q92859	1461 aa		31.65	■■■□□ 2.66
ABCD4-208	ENST00000475240	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		31.64	■■■□□ 2.66
ABCD4-208	ENST00000475240	FMN1	Q68DA7	1419 aa		31.63	■■■□□ 2.65
ABCD4-208	ENST00000475240	CDK13	Q14004	1512 aa	Known RBP	31.61	■■■□□ 2.65
ABCD4-208	ENST00000475240	HECW1	Q76N89	1606 aa		31.57	■■■□□ 2.64
ABCD4-208	ENST00000475240	GEMIN5	Q8TEQ6	1508 aa	Known RBP eCLIP	31.54	■■■□□ 2.64
ABCD4-208	ENST00000475240	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	31.54	■■■□□ 2.64
ABCD4-208	ENST00000475240	TTC37	Q6PGP7	1564 aa		31.52	■■■□□ 2.64
ABCD4-208	ENST00000475240	RAPGEF3	O95398	923 aa		31.52	■■■□□ 2.64
ABCD4-208	ENST00000475240	CFAP74	Q9C0B2	1584 aa		31.49	■■■□□ 2.63
ABCD4-208	ENST00000475240	FRMPD1	Q5SYB0	1578 aa		31.48	■■■□□ 2.63
ABCD4-208	ENST00000475240	FANCA	O15360	1455 aa		31.48	■■■□□ 2.63
ABCD4-208	ENST00000475240	AKNA	Q7Z591	1439 aa		31.44	■■■□□ 2.62
ABCD4-208	ENST00000475240	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	31.42	■■■□□ 2.62
ABCD4-208	ENST00000475240	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	31.41	■■■□□ 2.62
ABCD4-208	ENST00000475240	RICTOR	Q6R327	1708 aa		31.38	■■■□□ 2.61
ABCD4-208	ENST00000475240	ARHGEF40	Q8TER5	1519 aa		31.34	■■■□□ 2.61
ABCD4-208	ENST00000475240	PLCH2	O75038	1416 aa		31.34	■■■□□ 2.61
ABCD4-208	ENST00000475240	KIF14	Q15058	1648 aa		31.34	■■■□□ 2.61
ABCD4-208	ENST00000475240	PCF11	O94913	1555 aa	Known RBP	31.33	■■■□□ 2.61
ABCD4-208	ENST00000475240	TRO	Q12816	1431 aa	Predicted RBP	31.32	■■■□□ 2.61
ABCD4-208	ENST00000475240	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		31.32	■■■□□ 2.61
ABCD4-208	ENST00000475240	MYO5C	Q9NQX4	1742 aa		31.31	■■■□□ 2.6
ABCD4-208	ENST00000475240	CLIP1	P30622	1438 aa		31.31	■■■□□ 2.6
ABCD4-208	ENST00000475240	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		31.3	■■■□□ 2.6
ABCD4-208	ENST00000475240	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		31.29	■■■□□ 2.6
ABCD4-208	ENST00000475240	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	31.27	■■■□□ 2.6
ABCD4-208	ENST00000475240	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		31.27	■■■□□ 2.6
ABCD4-208	ENST00000475240	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		31.26	■■■□□ 2.59
ABCD4-208	ENST00000475240	ADAMTSL3	P82987	1691 aa		31.25	■■■□□ 2.59
ABCD4-208	ENST00000475240	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		31.24	■■■□□ 2.59

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 7.6 ms